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Webページ作成.app(サムネイル付きの写真をアップする)

スポーツフェスティバルとかがあって(管理者は参加しなかったけど)そのとき撮影したスナップ写真を学生に配布したいがどうしたらいい?と相談があった。いまどきのコンパクトカメラは解像度がよくてファイルが大きい。それが何枚もあると、配布するのが大変だ。
専用サイトがあるのはわかっているけど、学生に実習資料とかを配布するサイトがあるので、ここにアップして学生が勝手に落とせばいいということになった。

しかし、写真なので、サムネイルで表示し、選択してフルサイズの絵がでてくる・ダウンロードできるとするのがのぞましい。数十枚あるとこれをつくるのは結構たいへんだ。どっかにフリーのソフトがあるに違いない、というわけで探したら、なんとMacでは最初からWeb掲載用のページができるソフトがあった。

20160525webpageapp

アプリケーションにあるのではなく、/システム/ライブラリ/Image Capture/Automatic Tasks/Webページ作成.app というのが隠されていたのだ。

このアプリに、画像が詰まったフォルダをドラッグ&ドロップすると出来あがる。フォルダの名前が日本語になっていたりして、アップロードしたときにふさわしいフォルダ名にならない。フォルダ名(directory名)をアルファベット名に変更して、最初のページ(index.htmlができる)のdirectory名を置換すれば一発でできる。

サムネールの絵が並んだページ(index.html)と、フルサイズの写真が掲載されるページが自動的にできるから、これらをアップロードしたらおしまい。凝ったサイトをつくるわけではないので便利だ。

1年生の実習レポート

1年生に生理学実習のレポートを書かせるようになったわけだ。最初は統計計算の演習のようなものだったのだが、いよいよ、機器を使って測定し、レポートを書かせるような実習になってきた。

なにせ、高校時代はレポートを書いたことがないわけで、目的ー方法ー結果ー考察ー引用文献とセットになったレポートをいきなり書くのは無理である。最初のうちは、表とかグラフには単位があること、軸の説明があること、表、グラフにはタイトルがあることなどができていればいいことになる。1年かかって、考察までものにできればいいという方針なのだ。

しかし、中年Hに任せているコースでは、中年Hはそれでは満足できず、例えば引用文献(文献といっても教科書だが)がないと30点減点するとか学生に宣言するのだ。

学生は、びびっちゃって、先生の言うとおりのフォーマットでないといけないわけで、戦々恐々なのだ。結果とか考察が十分まだ書けないのに文献引用がなくて30点も減点されちゃうと、最終的に20点とかの評価になっちゃう。一生懸命努力した結果が20点だったら学生はやる気をなくす。0点の時もある。

だから、最終成績が60点を超えない学生がごろごろ出てきちゃうわけで、それでは、まずいので最終的に下駄をはかせることになる。そんな方法はやめろというのだが、変わらない。

こっちは、最初のうちは、いくつか不備があって、指摘はするけど、そんなに減点にはしない。満点になるようなレポートを見つけてこれを基準に点数をつけるのだ。だから、毎回満点のレポートが数通できるが、本当の意味での満点ではない。年度最後になって本当の満点レポートがでてくるようになればいいのだ。

考察に、気の利いたことが書いてあったら、かりに誤りであっても、考えて書いてあったら、加点するのだ。100点を超えちゃってもいい。通年で平均したら100点を超えることはないからな。ほめてあげないとね。

またphpが動いていない

OSXサーバで、また、php で構成したページ(ownCloudとかWebメールのroundcubeなど)が動いていない。CGI は問題ない。OSをアップデートしたからだ。

/Library/Server/Web/Config/apache2 の

httpd_server_app.conf の110行目の

LoadModule php5_module modules/libphp5.so

がコメントアウトされている(#が頭に付いている)からだ。この# を削除すればいい。apache が php モジュールを読み込んでないからだ。削除して

$ /usr/sbin/apachectl restart でapachを再起動しておしまい。

もう何回目かなこのトラブルは。どうやって直したか、覚えていないんだよね。

ちゃんと記録してあってよかったね。毎回このメモを見るんだよな。なさけない。

WinのHDがこけた

HDがコケたのでそのリカバリーを朝からやっているんだけど、終わらない。外付けHDに回復させ、一時的に使う古いデスクトップでファイルを読んで作業したいのだ。処理する必要のあるマークシートの束が2部たまっているのだ。

コケたPCはHDを取り換えてリカバリーDVDで新しく構築できるはずなのに、何回か電源を入れたり切ったりしてたらモニターに何も出てこなくなっちゃった。なので新規のWin機を発注したから、これが来るまでだから、ジャンクPCを使って外付けHDに回復させておいて、新規のPCへはあとでコピーするつもりなのだ。

同じことをすでに何回かやっているので、マイドキュメントにはprevious win とかいうフォルダが入れ子のになって存在する。ダブっているファイルがいくつもあるのだけど、いつもHDがコケたときは、何か仕事があるわけで、整理していないんだよね。HDが安いからね。2Tで1万円を切る。初めて研究費で購入したMacに外付けHD20MBを用意したときHDは20万円だった。1MB /1万円だったんだよ。信じられる?

しょうがない、別のノートにスキャナとマークシートリーダーのアプリをインストールして実施するしかない。こっちのインストールも、アップデートなんかがあってすぐに終了してくれない。

別のノートにインストールして起動して終わった…  30分もあればマークシートをスキャンしてエクセルで採点できるんだよね。

Typical results

あらま、小保方氏のSTAP HOPE PAGETypical Resultの図

20160519typicalresult

STAP cell cluster derived from Oct4-GFP mice Bright field (left), Oct4-GFP (middle), Autofluorescence (right) These photos were taken during the STAP verification experiment in Riken CDB

と説明では、理研の検証実験の結果と表示されているんだけど、Facebook「STAP細胞を語る会 小保方さん擁護派も批判派も越智武義氏(20165月19日 15:18の投稿)によると、

理研より得られた回答は、
① Typical Resultで示された写真3枚は、理研に存在しない。
② 類似のものも(理研が)調べた限り、見当たらない。

とのことだ。

そうだろうな。理研の検証実験の結果だったら、理研の許可無しに公開することはできないだろう。ハーバードの実験結果を調査委員会に提出しなかったのはハーバードの許可がないからという主張だったのだから、理研の結果を許可なしに公開するのはおかしいことになる。しかし理研の所有物ではなく「小保方氏の創作?」だから公開してもいいわけだ。

この真中の緑のやつ、Photoshopで作ってみるかな。

20160519typicalresultfakeanalysis-1

どうだろ?ちと大きいか?新規レイヤーにして、緑を選び、左の明視野の細胞の塊の上で6ptのブラシでぐるぐると描いたあとぼかしを入れ、真ん中の写真に移動して、画像を統合にしたらおしまいだ。

あの電気泳動のレーンを切り取り引き伸ばして貼り付けたことから判断すると、もし小保方氏が捏造したのだったらこんな程度の創作しかできないだろという想定だ。捏造だと言っているわけじゃないよ。こいつを解析してみる。まずは、STAP事件でちと有名になった画像解析ソフトLPixel / LP-exam Ver.1.03だ。全部は上の図を使ってだれでも解析でるだろ。Schrödingerの狸さんもやっているのよ。

20160519typicalresultfakeanalysis-2

20160519typicalresultfakeanalysis-3

20160519typicalresultfakeanalysis-4

小保方氏の緑のボールと、管理者が手抜きで作成した緑のボールに差があったりなかったりだな。創作ボールの真ん中がちと黒いな。

次に、捏造でないと主張している 白鳥は鳥にあらず というブログを公開している方の方法、「Photoshopで、彩度を最低にして、フィルターで「表現手法>輪郭抽出」を実行する」と

20160519typicalresultfakeanalysis-5

と小保方氏の緑の玉と、管理者が手抜きで作成した緑の玉に、これまた差が見られない。

単純に中央の写真の輪郭抽出を行い、拡大して画面のハードコピーを取ると

20160519typicalresultfakeanalysis-6

どこがちがうだろ?ちがいはきっと、ぼかしの程度に依存するようだ。もっと手抜きしてぼかしをかけるのを少なくしたらもっと似たのになるのではないかな。

手作りだと断定しているわけではないですよ。同じようなのが作れるよと言っているだけですね。誤解しないでちょうだい。

なんでこんな暇なことやっているかというと、一昨日、PCのHDDがコケたのだ。でバックアップからデータの回復を試みているのだ。なぜか、去年の11月以降の変更が反映されていない。コケたPCより古いWindows機でともかく仕事をしないといけないので回復を試みているのだが、昨日は授業や会議があったし…時間がとれない。回復動作を開始させておいてうっちゃっておけばいいのだが、必ず途中で、このファイルは「なんちゃら」なのでできないとか言ってきて進まないので、近くにいて実施する必要がある。夜動作させて朝みても途中で止まっていて進まないのだ。だから、暇つぶしにMacの方でこんなことをやっているのだ。Macが仕事のメインマシンなんだから「Macで仕事しろと」いわないでね。Winのマシンも、事務書類がWinでないとだめなんでWin が動かないとまずいのだ。また、普通紙マークシートで学生の毎週の小テストとかアンケートを実施しているのだ。スキャナの方はWin/Mac どっちでもいいのだがマークを読み取るアプリにMacで対応しているのがなさそうなのでWinも使わないといけないのだ。

だからWindows回復が優先なのだ。ジャンクのPCなんで、とりあえずの仕事ができるようにして、バックアップファイルを外付けのHDに復活させておいて、新しいWin 機がくるまで我慢なのだ。またPCを購入しないといけない。とほほ。コケたのは5年以上経過した化石だから買い替えの良い口実なのだ。

というわけで、来週からはいやでもWin10、Office2016 なのだ。いやなんだよね、ジジイだから新しいのについていくのが辛いんだよね。

平衡状態

科学誌印刷業者さんから、浸透圧実習での平衡状態についてのコメントをいただいた。平衡状態という概念を学生がどこまで理解しているかわからないわけです。

そこで、ちとひらめいたデモ実験は;

用意するもの:2 Lペットボトル2本、網、発泡スチロールボール(網の目を通る大きさ、網の目を通らない大きさの2種類、それぞれ色が付いているといいのだが、白しかなければ色を付ける。水溶性アクリルスプレーがいいのでは?)

ペットボトルの底を切り取り、網をはさむようにしてくっつける。中に入れるボールを取り出したりするので、網はフレームをつけてとりはずせるように工夫する必要があるだろう。

20160514osmoticpressure-1

大きさが同じ色の異なる小さいボールを、それぞれうボトルのほうに入れ、激しく振る。色の違うボールが混ざるが、高さはかわらないだろう。出入りがあるが全体としては変わらないという平衡状態が理解できるか?

20160514osmoticpressure-2

さらに、片側に網目を通らない大きなボールと一方の色の小さなボール、反対側には異なった色の小さなボールを入れ、高さを等しくしておく。これを激しく振ると大きなボールのある方の高さが増える。色の異なる小さいボールは混在するだろう。浸透圧が理解できるか?

20160514osmoticpressure-3

机上だけのアイデアだけど、うまくいくかな?浸透圧のシミレーションとして正しいのかしらん?

[ 追記 ] 2016.5.15

上の浸透圧のシミレーション、高さを揃えて、左側に大きなボールのみ右側に小さいボールのみを入れ振ると、小さいボールが左側に一方的に移動し、高さに違いがでてくるだろう。ボールの大小の比が極端に異なり、小さいボールが小さすぎると、はっきりとした高さの違いがでてこないだろう。

追記はここまで。

大小大きさの異なる発泡スチロールのボールは東急ハンズとかホームセンターで売っているはず。色違いはあるかどうかわからない。水性アクリルスプレーだったら発泡スチロールは溶けないだろう。単なる水性塗料だとうまく色がつかないだろう。発泡スチロールのボールは糸でぶら下げて薄くペイントする。塗料が変な形でくっついて球形が保たれないとだめだろう。

うまくボールを選別してくれるような網目の大きさのネット(網)があるだろうか?網をペットボトルの底に接着剤等で固定するわけに行かない。ボールを出し入れすることになるから、篩のような枠があって、うまくペットボトルがはまり込むようにする必要があるだろう。ペットボトルの口は使えないだろう。

[ 追記2 ]

http://www.geocities.jp/kajitadani/newpage39.htm では大小の発泡スチロールボールではなく、大きいほうは小さいのを幾つか接着しているな。アミを通す・通らないというのは同じ発想だ。

浸透圧説明アイテム♪・・・失敗 2010-04-27  でも同じ発想のようだけど、在米ポスドクさんの指摘のように、静電気で失敗したようだ。 うーん。やってみないとわからないもんだな。

条件付き承認

ある委員会のメンバーとして申請された書類の審査を行っている。3,4年前の審査は内容がひどくて大変だったが、最近はずっと形になってきた。かなりごりごり言って形を作ってきたからだ。

この審査は申請書の軽微な不備については、訂正され訂正内容を委員長を含む複数の委員が承認すればいいということになっている。条件付き承認というわけだ。年5回の審査委員会だから、不備で却下すると2,3ヶ月の間調査研究が実施できないことになり、実施するのが大学院修士の学生の場合、年限内に修了できなくなってしまうことになりうる。

管理者の研究分野では信じられない*1のだが、別の分野では、修士論文の研究計画は1年次修了時頃、研究科が計画を承認する必要があるらしい。その後に、この委員会の承認を受けなければならない。ということで2年次の春にこの委員会に申請して承認されないと2年次の夏休みに調査研究ができないことになる。承認されないと夏休みに実施できなので、事実上、留年だ。そんなのは、前からわかっているから、その研究分野には、間に合わなくなるから、間に合うように制度を整えよと忠告してきたのだ。昨年度は、これが現実になり、大騒ぎ。学長裁量で(最終的な承認は学長だからな)でなんとかとりなしたわけだ。

今年度は、さすがにそんなことはないと思いきや、また別のトラブルだ。申請書類に軽度の不備があるから直しなさい。書き直したら、承認しますとと突っ返したわけだ。よくあることで、通常は、指摘部分のみを書き直してて承認される。1ヶ月もかからない。ところが、指摘部分以外にも、研究課題等あちこち変更されてきた。

管理者は、そんなことがありえないとおもっていたから、指摘部分のみチェックし、改訂されていたのでOKとしたのだが(うかつだからね)、担当事務が、「タイトルや指導教員が違っているんですよね」と言ってきた。

ぎょぎょですよね。ありえないことだ。どうやら指導教員が代わり、そのため申請書を新しい指導教員が添削して書き換えたらしい。指導教員が事故で変わるとかいうのはありうることだが、今回はそうではないらしい。ちゃんと教授として職務を続けているらしい。何故指導教員が変わったのかわからない。もし指摘以外の研究タイトルなんかが変更されたのなら、次の審査委員会に再申請する必要がある。あたりまえだよね。この前の指導教員は無責任だよな。こいうおったまげることが、しばしばあるんだよね。それでも、なぁなぁで動いているんだよね。

*1 研究室で大きなテーマが決まっているから、新入りの大学院学生はその中の一部を実施するということになる。研究へ加わる学生が増減するだけなので、年度の初めの申請に新入生の名前が加わっていれば問題ない。申請はすべての研究方法・材料をカバーするように書くからね。申請書に書いた方法を使わなくてもかまわないわけで、使うかもと思ったら申請書に書くわけだ。それが普通だと思っていたのだが、分野が違うと違うようだ。指導教員の研究テーマと異なるテーマで大学院学生は論文を書くことになるらしい。だからかどうかわからないけど、修士1年の終わりまで修論のテーマが決まってないようだ。そんなので指導できるのかよと思うのだが。だから大学の紀要て必要なんだろうな。

浸透圧実習

浸透圧の実習なんて中学や高校でやったに違いないのだが、学生は全く理解していない。大学生が定量的な測定を行う実習として適当な課題のように思うが、実は、きちんと定量的に実施するためにはそれなりの装置等が必要だ。時間もかかる。というわけで2年前に安易な装置を作ったわけだ。予算もないから自作だな。作った当初は改良すべき点を挙げていたが、例によって、管理者はズボラなのでそのままだ。問題ないからな。耐久性に欠けるが、今年は3回目で、結果として壊れなかった。

20140426osmotic_pressure-1

卵殻膜を一端に取り付けたガラス管内に水、0.5 M、1.0 M 蔗糖液を入れて、水を張った容器(ステンレスのパッド)内に入れ、液面の高さの変化量を5分毎に測定させてグラフを作らせるわけだ。正確ではないが、ま、それなりに定量的なデータを取り扱うわけで、中学や高校では「水が移動したでしょ」で終わったと思うので、すこしは大学らしいかもね。モル濃度の概念を理解してもらうために、0.5 M、1.0 M 蔗糖液を作らせたいのだが悲惨なことになりそうだし、時間もないからこっちで準備する。大名実習というわけだ(こういうことをやるから、小保方のようなモル計算のできない学生ができちゃうのだ)。濃度が異なっても色は透明なので、学生は区別できなくなり、混乱しちゃう。だから食用の赤と緑の色素で色を付けることにしている。色素が混ざるので当然モル濃度は蔗糖の重さを測定して作った正確な濃度の液とは少し異るわけだが、そんなことにクレームを付ける学生がいたら、レポートは何が書いてあっても満点にしちゃうよ。

期待とか理解とかできるようになってほしいなというのは;

(1)1つのグラフに3本も線があると学生は理解できない。自分で複数の線のあるグラフを作成したら、1つのグラフに複数の線があっても理解できるようになるだろう。

(2)エクセルでは散布図からグラフを作らせることになるができるだろうか?一定時間毎の測定だから散布図でなくてもできるけどね。

(3)液面の変化速度が濃度によって異った訳だがなぜか説明できるだろうか?

(4)何故、水が移動したかは理解しているだろう。しかしいつまでも続くのだろうか?実習は30分まで、もしくはオーバーフローするまでだ。

(4)を設問として、「ガラス管の長さに制限がなく、時間にも制限がないとどうなるか?」と問うたら、昨日の実習で本日朝までに届いたレポート21通では;

ステンレスのパッドの水がなくなるまで水が移動する:6通

濃度が等しくなるまで水が移動する:8通

何言っているか理解し難い答え:4通

液面が高くなりその水圧と浸透圧が等しくなった時点で液面の変化が止まる:3通

んが!!!

実習の前に、浸透となぜ「圧」が付くのかを、半透膜を水が移動しようとする力と水面が高くなって水面が下がろうとする力=圧が同じになってバランスがとれるまで水面が高くなる、だから半透膜を横切る水の力を圧;浸透圧というのだと説明したんだけどね。理解している学生は2割にも満たないのかよ。

この程度なんだから、こんな高校のに毛が生えた程度の実習でいいんだろな。

(3)の速度の違いの説明は、課題として問うてはないけど(教科書に書いてないし、説明できないだろうから)、考察になんらかの言及があったら満点だな。

オームの法則だよね、圧=流れ(流量)x抵抗 だ。抵抗は半透膜で、面積が大きければ小さくなる。今回の場合は膜の面積は一定ではないけど、だいたい同じとすれば圧(浸透圧と静水圧の差)が高い方、モル濃度の高い方が流れ(流量)が大きくなるわけだ。時間がたつと浸透圧=静水圧だから圧がゼロ、流量がゼロだ。液面の高さが変わらないというわけだ。

アクアパッツァ

5月の連休は、ちと遊びではないけれど用事があって、たいしたことではないのだけど、ジジイだからルーチンでないと疲れるのだ。ということとは関係なく、美味しいものだけは食べたいという意地汚さは年齢と関係がないのだ。

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ま、煮魚イタリア風というわけですな。おいちかった。

グルテン5%蕎麦

100%蕎麦粉の蕎麦はどうしてもブチ切れる。小麦粉を混ぜるのはつなぐためだ。つなぐのは小麦粉に含まれるグルテンというタンパクなのだ。だからつなぐためにはグルテンを加えればいいのだ。小麦粉より確実だろ。グルテン粉が市販されているからな。というわけでグルテン粉を10%から8%と減らしていき、今回は5%にしてみた。ヌードルメーカで作るのだ。問題ない。冷蔵して翌日もぶちぎれない。

蕎麦粉 237 g、グルテン粉 13 g、水 88 mL (加水率35%)、1.6 mm ノズル。こね時間5分の標準。

20160506soba

切れてないでしょ。下の茶色の塊はエビと三つ葉のかき揚げですね。

ヌードルメーカを使っての記録はこっち。

スマホ買い替え

アンドロイドを使っていたのだが、突然、毎分の時刻をわめきだしたり、機内設定になったり、WiFi経由しか使えなくなったり、ともかく設定が勝手に変更されたりするようになってしまった。パソコンの場合、クライアントがジジイだとそのジジイは勝手に変わったと主張することがしばしばある。管理者もジジイだから、自分で誤って設定したのでは?と指摘されても反論できない。

どっちにしろ、アプリの起動が遅くなってきたので、もう交換しかない。何故、新しいアプリを入れたりしていないのに、起動が遅くなるのかわからん。電池はずして、リセットして、再起動したりするのだが、変わらない、だめだ。

最初に、ガラケーを購入したのが、2008年7月。不幸があって親戚はみな携帯を持っているのに管理者が持っていないから連絡がとれないと非難轟々だったのだ。次にスマホであるアンドロイド、エクスペリアに変更したのが、2012年12月。このときも周囲からスマホにしろとの圧力があったからだ。で今回は、圧力があったわけではないのだが、上述のように不具合があるのでiPhone6sにした。2016年5月だから4年ごとに交換だ。

世の中、「スマホは何年で買い替え?」とかで検索すると2年が普通らしいことがわかる。これは、本体の分割払いとかの契約が2年で、その前に機種変更とか電話会社を変更すると、割引がなくなってペナルティがごとく支払いが発生するからだろう。パソコンの減価償却は4年だから、4年すぎたらゴミになるのと同じに、スマホもパソコンと同じような機器だから4年でゴミなんだな。国税庁のページにスマホの減価償却期間は書いてなかった。

パソコンもスマホも交換すると、進化・変化?しているので頭の中の使い方がフォローできないのでつらい。ジジイだからな。スマホでは入力するのが辛くて、スマホからメールを打ったことがない。しょうがなくLINEを使わされているのだが、入力するのがいやで、LINEで連絡が来ると電話に変えたり、パソコンからメールしたりしているよ。

しかし、10万円だぜ。

20160507docomo

身に付ける物品で10万円を超える物品はこれまでなかった。耳にピアス用の穴もないしね。せいぜい腕時計で1万円だな。500円のオメガをベトナムで仕入れたこともあった。それに比べると高いね〜。

ほぼ、毎日夜は充電器に繋がないといけないわけで、管理者のように別宅があると別途充電器も必要だ。(別宅に住む異性を求めているのだが、いまだ得られていない。)コネクタが違うから充電器のUSBは同じでもケーブルが異なる。実質0円とかいう契約でなく一括購入にしたから10万円以上財布から飛んでいってしまったのだ。家計に占める情報・通信の経費て、すごいんだよな。エンゲル係数、エンジエル係数ならぬ家計に占める通信経費は最近の日本では4%程度らしい。それに今年は10万円が加算されちゃったわけで、つらいね。

インターネットが無料だなんていう嘘が言われていたネットの黎明期がなつかしいですな。

おばさん会

おばさんが集まって、自ら女子会と称して大喜びで…20160423appetizer

歓待する理由は何もないのに、管理者はひたすらこのような料理を作って疲れ果てるだけでした。

ヒラメと筍のオリーブ油漬けとオレンジのカルパッチョ。餃子を作った時に残った皮にオリーブ油を塗って味付け海苔、明太子、スタッフド・オリーブを乗せ、チーズを乗せてオーブントースターで焼いたおつまみ。ローストビーフ、クレソンと紅白なます添え。

スズキの塩竈、春野菜の煮物、刺身盛り合わせ、茶碗蒸し、タケノコご飯、お吸い物、いちごのデザートというコースでございました。なんせ、おばさんが主役なのでメインに肉料理はございませんでしたよ。

疲れるね。

木星はジャーナリストを自称するが…

外国語ができない自称ジャーナリストが、日本語にも不自由だとすると、どうやってジャーナリストとして生きてていけるのだろうか?
小保方晴子さんへの不正な報道を追及する有志の会 の記事 小保方晴子さんの実験ノートの疑義 のコメント欄でこのブログの主催者である木星の発言;

66. 木星 2016年04月21日 15:19
現象が酸による初期化の変化が癌化のフォルムだ、は、STAP現象が酸以外の方法でも初期化するため、無意味な論争です。

これを読んで理解できる人がいるんだろうか?
「現象が酸による初期化の変化が癌化のフォルムだ」には「現象」と「変化」という2つの主語があってこのどっちか?両方?が「癌化のフォルム」らしい。 で、これは「無意味な論争」だと書いてある。意味がわからん。「STAP現象が初期化する」とはなんだろ?

めちゃくちゃですな。小学生でも書かない文字列だ。

都合が悪いと、断りなしに削除しちゃうブログだから、画像をはりつけておこう。20160422mokusei

 

消化試合の外野からのヤジ

一研究者・教育者の意見というブログの2016年04月02日の記事のコメンントに科学誌印刷業者さんが、いわゆる小保方擁護派を

1226. 科学誌印刷業者
前略
「プロ野球の消化試合のガラガラのスタンドで、相手チームに口汚いヤジを飛ばすタチの悪い私設応援団」

と例えているのは言い得て妙で、ぴったんこ という感じですね。

で、この私設応援団は、STAP という文字の論文が出ると、大喜びになって、STAP再現を試みた研究者がいると大騒ぎなわけです。

Kim JY1, Cheng X2, Alborzinia H3, Wölfl S4. Modified STAP conditions facilitate bivalent fate decision between pluripotency and apoptosis in Jurkat T-lymphocytes. Biochem Biophys Res Commun. 2016, 472(4):585-91. という論文なんですけど、結論は、「細胞を酸性環境においたらどんどん死んでいくよ。生き延びた細胞に多能性のマーカーの一つであるalkaline phosphatase が発現している細胞があるよ。STAP 事件で問題とされている多能性のマーカーOct4 は出てもわずかで、細胞が生き延びるかどうかとは関係ないよ。」ということですね。論文はがん細胞を取り巻くローカルな環境が酸性になることについての議論ですね。STAPのレシピを実施したとぬか喜びしているわけですね。結果にpH5.7のObokata condition でOct4は出てないよという図があるようです。ワトソンさんも都合のいいように解釈しないほうがいいのでは?

レシピを実行した人がでてきたことを喜んでもしょうがない。それでSTAP細胞ができたとしたら喜ばないと。Oct4が発現しなかったんで、がっかりというコメントであるべきですね。

また訂正された。

STAP HOPE PAGE で Correction – April 18, 2016 ということで Role-sharing in STAP study のページの一部

“Although the idea of STAP was born in Dr. Vacanti’s lab at Harvard University, all practical experiments for STAP papers were performed in Dr. Wakayama’s lab at RIKEN CDB in Japan.”

“Although the idea of STAP was conceived of by Drs. Charles and Martin Vacanti, and born in Dr. Vacanti’s lab at Harvard University, where the preliminary studies were done, all practical experiments for STAP papers were performed in Dr. Wakayama’s lab at RIKEN CDB in Japan.”

に訂正された。訂正前の文章を読むと、明確ではないが、小保方の個人的なページに書いてあるのだから、「STAPのアイデアは(小保方が)ハーバードで思いついたもの」と解釈される。これが訂正されて「「STAPのアイデアはVacanti兄弟が思いついて(妊娠させて)、ハーバードで生まれた(産ませた)もの」ということになった。

Dana Goodyear The Stress Test Rivalries, intrigue, and fraud in the world of stem-cell research The New Yorker, FEBRUARY 29, 2016. によると、バカンティ兄弟がアイデアを剽窃されたと主張しているので、これに対応したんだろうか?

成功しなかった実験のアイデアの出処を、本人ではないとして、逃げを打ったのか?それとも、実験結果は真実で、その発想のアイデアはバカンティに帰すという仁義を通したのかな?まだ、前者ではないだろうね。訂正を加えているところをみると、まだ諦めていないようだ。

200 nM を 200 mM に訂正したという訂正記録を消しちゃった。[ 追記 ] 訂正します。News のタブには記録が残っていました。トップページから削除されただけでした。2016.4,24。トップページ(Home)の意味がわからん。最新の「xx日更新しました」だけの表示でいいじゃん。

Adenosin5’-triphosphate disodium salt hydrate (Sigma, A3377) と Adenosine に訂正されていない。

数字と単位の間に半角スペースがないのも訂正されていない。

意見等を受け付けていないのだから、訂正されることないだろう。ここの・あるいはどこかからの指摘を受けても、その指摘元がSTAP HOPE PAGEに提示されることはないだろう。

 

エクセルでこんなグラフやめてよね

STAP現象の検証の中間報告 (2014年8月27日)相澤 慎一&丹羽 仁史 のスライドのページ4のグラフ;

20160418 graph

だれが作ったのか知らないけど、エクセルの表に数値を入れて折れ線グラフにしたんだよね。色がエクセルのデフォルトだからね。事務方が作ったんだろうか?まさか丹波氏作成の図じゃないだろうね。散布図にしないと。横軸が 2単位ずつ増加するのなら0-2-4-6-….とならないといけないんだよね。エクセルで表を作る高校生/大学1年生の最初のミスがこれなんだよね。縦軸・横軸の測定値は等間隔にならないことが多いので20160418 graph-excelの「折れ線」ではなく、「散布図」を選択しないといけないのね。再来週あたりの実習で使うから教えないとね。

青い血

イカ、タコの血液は青いのだ。茹でタコとか、イカ焼きだったらわからないけど、刺身用のだったらわかる。イカの腹を割くと、内臓が出てくるわけで、

20160417squid_lung3

エラが見える。この内臓に消毒用のオキシフル(過酸化水素水)を振りかける。

20160417squid_lung4

エラが青くなるのがわかるでしょ?エラに血液が残っていて酸素運搬タンパク、ヘモシアニン (Hemocyanin) に酸素が結合したからですね。

軟体動物ではヘモシアニンを酸素を運搬するタンパクとして使うのだがヘモシアニンは 銅イオンを使うのね。だから青くなるのだ。だから青いというのは、管理者には….ま、銅イオンは青いんだよ。

この図を、呼吸の授業のヘモグロビンタンパクのイントロに使うのだけど、学生さんの反応がないんだよね。へーと思ってもいいじゃんと思うのだけどね。

このイカはイカ納豆になり、今晩のおかずでした。

このヒト最悪!

ジャーナリストを自称するくらいなら、根拠をもって発言してほしい。

笹井芳樹博士 言質 記者会見書き起こし」という例のデマ飛ばし自称ジャーナリストおばさんはブログ記事で、実は単なる記載ミスだった神戸市立医療センター中央市民病院での麻酔薬剤「プロポフォール」紛失事件が、ちょうど笹井氏の自殺と時期が近接していたことを、あえて暗示的に関係があるように書いて、煽っている。

さらに実験ノートが2冊しかないことを

小保方氏のノートも14年4月17日までは4、5冊ある事になってるのに(笹井博士も数を言っている)何故か三年間で二冊しか存在しなかった事になってますし、数が増えたり減ったり。
魔術ですか?

だって。ひどいね。小保方がもっとあると主張しているのにもかかわらず2冊しか提出しなかったんだろうが。

これは「若山照彦博士、STAP幹細胞は43株樹立 いくつ山梨大学に運んだか」の記事で

> わたくし、理系でないので引き算足し算が苦手でございますので皆さん、計算なさって下さい。

と言って
えりさんという方から

当時の朝日の記事(http://nueq.exblog.jp/22510986/)には「論文や共著者の若山照彦山梨大教授によると、STAP幹細胞は若山教授が少なくとも43株を作った。」とありますけど。
「少なくとも43株」なんですから、44株以上あっても特に問題ないんじゃないんですか?

と諭され、

3. 木星 2016年04月14日 18:15
えりさん、三木弁護士にどれくらいの数量だったのか、確認できたらしてみます。それから「少なくとも」という表現はわたくしも同意します

と返事をした後の記事だよ。最悪だね。

風が吹けば

鹿児島の友人から。

熊本で地震が頻発していますが、鹿児島は3回ぐらい揺れただけで最高でも震度4で、職場も家も問題ないです。ただ、既に物流への影響が出始めており、コンビニで弁当の品不足が起き始めています。

だそうで。風が吹けば桶屋が儲かるみたいだ。コンビニ弁当てそんなに、トヨタの車みたいにグローバルなのか。