絶望的に酷い

学様の「STAP細胞は、元の細胞が…ESとされて終わってしまった・・・。」という記事の最後が、「どなたか、ご意見ありますか?」とあり、阿塁未央児さんがこの記事を引用して「やっぱりちょっと絶望的に酷いな。」とツイートしている(2018.10.3 午前7時現在の8時間)ので、学様の記事にコメントしてみました(本日朝6時前)。

普通に考えると、キメラマウスにおいては、ホスト細胞のTCR(BCR)パターンも混ざってしまう。
このホスト細胞のTCR(BCR)パターンも多様だから、もう、何がなんだか、わからなくなってしまうだろうなあ~。

の件です。
承認されないでしょうから、ここに転載しておきます(阿塁未央児さんの「酷いな」の意味が、下記のコメントのようなことかどうかはわかりません。ツイートで文字数が少ないので、当方が意味を誤解しているかもしれません)。朝8時頃、承認されました。

学さん

免疫系の細胞を除く体細胞(以下、単に体細胞)にはTCR再構成は生じません。ですからキメラの体細胞にTCR再構成があったら、その再構成されたTCR遺伝子の由来は注入されたTCR再構成があったT細胞からなのです。再構成遺伝子のパターンはなんでもいいのです。注入されたT細胞の遺伝子構成パターンがわからなくてもいいのです。遺伝子配列にともかくTCR再構成が見られればいいのです。

ですからキメラ体細胞のTCR再構成の有無を調べようということになったのです。なかったわけです。あったらSTAP説が成立しますが、なくてもSTAP説の否定にはなりません。なにか他の理由でできなかったのかもしれないからです。

この議論は4年前のことです。ご理解できますか?

当方をTCRについて何もわかってないとの批判でしたので、答えてみました。

なにやら、例によって理解してもらえそうにない返事がありましたので、しつこくコメントしてみましたよ(9時11分)。

キメラの尾っぽでも、どこでもいいから体細胞をとりだしTCR遺伝子の構成を調べるのです。具体的なTCR遺伝子構成の調査方法は、私は専門家でもないので知りませんが、できるわけで、行ったのでしょ?その結果、キメラの体細胞にはTCR再構成はなかったわけでしょ?

ここまで(1)は同意していただけますか?

TCR再構成のパターンは関係ないのです。本来(キメラでも)体細胞ではTCR再構成がないからです。「元ドナーTCR再構成パターン」はどうでもいいのです。どんな形でも再構成があればいいのです。あれば、その由来はTCR再構成のあった注入したT細胞にあるのです。つまり初期化されたT細胞が増殖分化してキメラの体細胞になったわけです。STAP現象の証明ができたことになります。

これ(2)は同意していただけますか?

方法の議論ではないです。ロジックです。学さんは注入したT細胞のTCR再構成パターンがわからないから、論理的にできないとおっしゃっているんでしょ?その意見はちがうと私は言っているのです。

実験の組み立ては専門ではないので実験方法を知らないから、当方にはできません。もし(実際にそうでしたが)TCR再構成が認められなければ、方法の議論をしてもいいです。(丹羽氏が解説したように)本来はあるべきなのに、検出できない理由を議論してもいいのです。しかし、その議論ではSTAP現象があったともなかったとも結論できないでしょう。

まだ理解できていないようなのでしつこく(13時10分ころ)

> 学とみ子さん

aruimioujiさんと同じことなんですけど…繰り返していっているんですけど。

キメラ動物の体細胞(免疫関係を除く)のDNAにTCR再構成があったらその原因はなんですか?
キメラだろうと正常発生した動物であろうと、体細胞にはTCR再構成が生じないのだから、原因は注入したTCR再構成があるT細胞にしかないでしょ?

ほかに理由があるのなら教えてください。

この場合、注入したT細胞のTCR再構成遺伝子パターンを知る必要があるのですか?
「TCRパターンが個々の細胞ごとに違う」ことと、この実験には直接の関係がないのです。

同一のTCR再構成パターンを持ったT細胞を注入する必要はないのです。複数のT細胞のTCR再構成パターンでもいいのです。ともかくキメラの体細胞に、どのようなパターンであってもTCR再構成が認められれば、そのTCR再構成は注入したT細胞に由来することになるのはおわかりでないのでしょうか?

2018.10.3 20時ころ

>学とみ子さん
議論が同じところを回っているというのは互いに質問に答えていないからではないでしょうか?三択です。まずは答えていただけないでしょうか?質問に質問で答えないでください。

(1)TCR再構成はT細胞(議論を簡単にするためB細胞とかは無視します)で生じるが免疫系細胞以外の体細胞では生じない。つまり免疫系以外の体細胞ではTCRを担う遺伝子群は変化していない。
Yes or NO わからない

(2)どのような細胞であっても、TCR再構成の有無は、TCRの遺伝子の組み合わせがどうなっているかは別にして、基本的に調べることができる。(PCRで調べることができると思うのですがぎ技術的な面は当方の専門でないので調べることができるとしました。技術的な解説があるのなら答えに加えてください)
Yes or NO わからない

(3)TCR遺伝子の再構成の有無は、再構成された遺伝子配列がわかってないと検出できない。
Yes or NO(わかってなくてもできる) わからない

(続く)
(続き)

(3)T細胞ごとにTCR遺伝子構成のパターンは異なる。
Yes or NO わからない

(4)TCR再構成が生じたあと初期化されたT細胞を胞胚期に注入すると増殖して体細胞になる可能性がある。
Yes or NO わからない  
理論的にNOなら根拠となる論文等をあげてください。

(5)キメラの体細胞の遺伝子構成(TCR関係遺伝子だけでなくすべての遺伝子)は、注入された細胞かホストの細胞に由来するが、どちらになるかは確率の問題である。
Yes or NO わからない

上記は承認していただけないようですのでさらに 2018.10.4 午前10時7分ごろ

> 学とみ子さん
しつこいですけど、理解できいないようなので再度。

『2018/10/3(水) 午後 10:39[ aruimiouji ]
ホスト由来の「免疫細胞以外の体細胞」に遺伝子再構成がないのは自明です。』

『2018/10/3(水) 午後 0:18[ aruimiouji ]
(ホストのT細胞が混ざる確率について)
免疫系細胞は(事実上)混じりません。
実験系の正当性を担保するに十分です。』

ですから

『2018/10/3(水) 午後 7:44学とみ子
STAP実験の場合は、尻尾細胞に寄与したT細胞のTCRは元から多様ですから、バンドが無数に出てしまいます。そこにさらに、ホスト細胞のTCRも混じります。』

のホスト細胞のTCRの混入は皆無ではないにしろノイズレベルでしょう(2018/10/3(水) 午後 10:39[ aruimiouji ])。

『2018/10/3(水) 午後 8:33学とみ子
遺伝子ゲル展開の図では、バンドの情報だけで元の細胞を判別する必要があります。』

は必要なく、複数のバンドに分かれれば(TCR再構成があったことを示すことができれば)、注入したT細胞が1個でも複数でもいいのが理解できませんか?ホストの体細胞やインジェクションしたT細胞以外のSTAP体細胞にはTCR再構成がないことを考えてちょうだい。

『2018/10/3(水) 午後 8:33学とみ子
STAP論文の方法ではできないです。』

ということは、西川氏のT細胞を使ったらというアイデア、笹井氏、丹羽氏がTCR再構成の実験結果を議論したことは、理論的にありえないことを行おうとした・議論したということなんですね?

『2018/10/3(水) 午後 8:33学とみ子
専門家でない人には、学とみ子がでたらめを言っているかどうかを決めつけることができないはずです。』

学さんはSTAP関連分野の専門家ではないでしょ?それでも議論しているでしょ、なぜ専門家ではない当方あるいは当方のブログのコメンテータが発言したらいけないの?悪口と思うのは意見に対して、その意見の意味を理解せずに、まともに答えない、答えがあっちを向いているからですよ。

次の記事も書いているので、そっちのほうにも、2018.10.4 午前10時頃

> 学とみ子さん

plus99%さんは、学さんの「STAP論文の方法ではできないです。」という発言は、「キメラでも試したと論文に明記し」ているのだから学さんが「著者らは出鱈目を記述した」と言っているのに等しいと解釈できるとしているのであって、「学とみ子がSTAP全体を否定した」などとは解釈していませんよ。しっかり読んでください。

Lさんかがコメントしてきた(2018/10/4(木) 午前 2:53 [ L ] )ので

> Lさん

解説ありがとうございます。ホストのT細胞がどのくらい混入するのかは、素人なのでアルイミさんがコメントするまでよくわからなかたのですが、Lさんの説明で、実験手法がわかりました。
ということで、胎生10日以内のキメラを材料とすれば、注入したT細胞が寄与するかどうかを調べることは、理論的には意味があるといということですね。

注入したT細胞のTCR再構成パターンがわからなくても、胎生10日以内のキメラ体細胞にTCR再構成の有無があるかを調べればいいのですね?

とコメントしましたが、承認していただけるか….

2018.10.5 19時20分頃 https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15692089.html へのコメント

> 学とみ子さん

「こんな自明な事を、学とみ子が理解してない!」と言われるのは学さんが、

「ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15683730.html
2018/9/28(金) 午前 10:57学とみ子
一部の方は、リプログラミングの必須の証拠として、TCRをあげています。つまり、キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物と言う人がいるのです。」と発言するからです。

どこにこのような発言をした一部の方がいたのですか?具体的に提示してください。学さんの妄想でしょ。仮にいたとしても誤りなのは学さんも認めているんでしょ。何故あえてこのようなことを言うのでしょうか?藁人形を作って自説が正しいことを示そうとしているとしか思えませんね。

線路は続く〜よ、どこまでも〜♬

台風一過

台風24号は日本を縦断し、あちこち被害を及ぼしている(現時点ではまだ東北にいるので)わけですが、当方の住んでいる地域では、今朝は台風一過の晴天で、なにやら気温は南風のため30度を越えるらしい。

雨も止み、風もたいしたことがないのでWalkingが可能なので歩き回ったのですが、あちこちで木が倒れて、障害物競走のようなことになりました。

遊歩道を塞ぐようにたおれています。

こんなのも

あなたの家のリビングの床が見えないように、まだ緑の落ち葉と枝が道路を隠しています。

トイレの香りと称される金木犀の花も散り、

葉っぱや枝や木だけでなく
オニグルミ?と??

銀杏

どんぐり(シラカシ?

モミジバフウらしい

という木の実も落ちているのですが、わかるのは、銀杏とトングリと栗くらいしかないのが情けない。