レーンがよく似ている

Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency, Haruko Obokata et al., Nature Article 505, 641-647, 2014 の Extended Data Figure 2g の lymphocyte と T cell STAP #1 のレーンがよく似ているという議論です。

確かによく似ていてT cell STAP #1 のG.L.の位置が黒く塗りつぶされているのでは?という疑問が湧きますが、Fig.1i の切り貼りのような明瞭な境目はみあたりません。バンドの位置や明るさがよく似ているので、ImageDiff  で調べてみました。

ダウンロードしてあったArticle(pdf)をPhotoshopで開き、Extended Data Figure 2gを切り取り、それぞれのレーンを切り取りpngファイルとして保存します。ImageDiff で比較します。

左がからリンパ球、T細胞由来STAP細胞、2つを重ねて半分ずつ表示(左がSTAP細胞、右がリンパ球)、差分(同一部分は黒となる)です。重ねあわせるとき上下左右の基準となる点がありません。T細胞由来STAP細胞のみ明るさ・コントラストを(-10,-20)にして、目測で上下左右をずらして最も一致するような位置で重ねてみました。G.L.のバンドの直下から、一番下のバンドまでの中央部の真っ黒の部分は一致したということです。

どうでしょうか。別々のサンプルなのにたまたま一致したのでしょうか?Photpshopでの加工があったのでしょうか?それとも流したサンプルに共通なものがあったのでしょうか?

学とみ子曰く:「ラダーバンドは一致しても良いと思います。同じサンプルの酸浴前、酸浴後で説明可能です。 」えええ?サンプルの酸浴前と後などが採取できるのかよ??採取された血球細胞を含む溶液を2分しても構成されるT細胞が同一ということはありえない、バンドが一致することはありえないのでは?T細胞がそれなりに多数含まれていたのなら、ほぼ似たような複数のバンドになるのかな?

T細胞は生き残り凝集する場合、かたや、酸浴後はT細胞はいなくなっちゃう事もあるのかとーー。」→ 意味不明。

T Cell Stap #2 はSTAP細胞(群)にはT細胞を含まない細胞塊もあるよという意味なんだろうか?だったら何故、このレーンにはG.L.バンドがないのだろうか?

考えてみればSTAP細胞塊にT細胞が含まれているのは確率的にあり得るのだから、このゲル図の意味はなんだろね。幹細胞とかキメラ体細胞だったら、まだわかるけど。

「レーンがよく似ている」への14件のフィードバック

  1. LPIXELという会社が無償で画像解析ツールを公開していた頃、Figure 2gのT cell STAP #1 のレーンに、明確な痕跡はなかったのですが、どうもG.L.が消されているんじゃないか、という議論になった記憶があります。

    捏造というか、2つのレーンに同じものを流した疑惑です。

    画像解析ツール(とその結果のページ)は、現在閲覧不可能なので、私の記憶違いかも...。

  2. 軒下管理人さん

    当方もこの図をみたとき、あまりにもよく似ているので G.L.バンドをフォトショで消したのでは?と思いましたが、Fig.1i の切り貼りのような明確な線は見えませんでした。小保方氏はFig.1i のお粗末な捏造しかできないのだから、これはフォトショでの改ざんではないのかと思ったり、同じサンプルを流したとき、どの艇庫一致するものなのかなどを考えていたら、Lさんがこの記事を読んでコメントされていました。
    5266. L 2019年06月06日 03:17
    たとえ同じサンプルを流してもこれほどの一致はないだろうとのことです。この辺は当方は素人なのでわかりませんが、Lさんの発言は信頼できそうです。
    そして、これ以上、論文掲載用のトリミング等の加工前の生データや実験記録がわからない限り詮索するのは意味がないだろうというご意見には当方も賛成します。

    学とみ子も、酸浴前後で比較したなどというありえない妄想は止めたほうがいいですね。酸浴しないと細胞塊にならないのだから、前後のサンプルとはどういうことでしょね?

  3. 時間がないので簡単に。

    sighさん、詳細な解析、ありがとうございました。
    自分で「ほぼ完全に一致しているといえるほど酷似」と指摘しておきながら、あらためてsighさんの画像解析ソフトでの結果を見て、ちょっと恐ろしくなりました。

    やはり生データというのは、情報の宝庫ですね。

    また、あちらにLさんが書かれていたコメントを読んで、私の見解が妥当であることが分かり、安心しました。やはり、実際に電気泳動実験をしている人には分かることなんでしょうね。

    学さんのことは諦めました。

    「よく似ている」と「ほぼ完全に一致しているといえるほど酷似している」というのは、科学的な意味が全く違うということが理解できないようです。

    というか、何度も何度も、400%くらいに拡大して良く見てくださいとお願いしたのに、「よく似ている」としか見えず、TCR再構成のラダーバンドが何を意味するのかも理解できないために、酸浴の前後で説明がつくと思っているようでは、科学的議論は不可能ですね。

  4. sighさん、 Lさん

    大事なことを一点、見逃していました。

    Lさんのコメントに
    「流すDNAの総量を完璧に揃えるのも困難になるので、完全に近い一致が見られる可能性は非常に低いです。」
    とありましたが、
    sighさんの画像ソフトによる重ね合わせの検討では
    「T細胞由来STAP細胞のみ明るさ・コントラストを(-10,-20)にして、目測で上下左右をずらして最も一致するような位置で重ねてみました。」
    とありますので、

    DNA総量まで完全一致はしておらず、相対的濃度と位置が一致しているということかと思います。

    すなわち、レーン2とレーン3は、画像でのコピー、改ざんではなく、少なくともラダー部分を示すところは同じサンプルが流されたものと思われます。(もちろん、画像のコピペの可能性も完全に否定できるわけではありません。)

    そのうえでの可能性ですが

    (1)レーン2が本当に得られたサンプルの画像で、レーン3ではGLバンドを画像ソフトで消した
    (2)レーン3が本当に得られたサンプルの画像で、レーン2ではGLバンドを画像ソフトで描き足した。
    (3)レーン2は、レーン3と同じサンプルにGLバンドになるDNAサンプルが加えられて流された。

    というあたりかと思われます。

    軒下管理人さんのご記憶ですが、、
    多分、結論ありきのブログで、私が(3)ではないかとの推測をした際に、GLのような分子量の大きいサンプルが混合された場合には、より分子量の小さいラダーバンド部分も多少は影響を受けるので、ここまで完璧近いほど酷似することは考えにくい、 ということで、(1)または(2)の画像修正ではないかと回答されたものかと思います。

    まあ、生データを触ったことのない人には議論できない話でしょうけど。

  5. yap*ari*w*katt*na*さん

    当方の明るさ・コントラストの調整は、中央あたりのバンドが同じになるように目視で変えたということです。

    具体的には、目視で中央の数本のバンドのうちの一番下の最も明るいバンドを中心に明度が同一になるように明度を変え、バンドの太さが同じになるようにコントラストを変えて、重ね、差分を抽出したわけです。
    それでも広範囲にわたり差がない(黒くなった)ということです。

    この明度が異なる理由は、バンドに含まれるDNAの量が異なったからなのか、コピペで作成する際、一方の明るさ・コントラストを変えて(意識してかアクシデントかわかりませんが)ペーストしたからなのかはわかりません。

    当方もこのような実験を商売にしてきたわけではないので、同一サンプルを隣り合ったレーンに流したとき、どのくらい一致するかはわかりません。Lさんは「一般論として、同じサンプルを並べて電気泳動しても、泳動の乱れなどもあったりするので、それぞれのバンドは多少異なった形になるものです。」としていますのでこれほど一致するのは、同じDNAに何かを加え・削除して電気泳動したとは思えないのですが、一致したのかもしれません。投稿用にアセンブルした図ではなく生のゲルの写真を見たいですね。

  6. sigh さん

    >この明度が異なる理由は、バンドに含まれるDNAの量が異なったからなのか、コピペで作成する際、一方の明るさ・コントラストを変えて(意識してかアクシデントかわかりませんが)ペーストしたからなのかはわかりません。

    はい、おっしゃる通りです。
    だからこそ、私も (もちろん、画像のコピペの可能性も完全に否定できるわけではありません。)と書きました。

    ただ、一番したのバンドを見れば、少し斜めに流れた感じで、レーン2と3で完全一致はしていないように見えますので、それぞれサンプルを流したゲルの写真である可能性が高いと思っています。
    (Lさんの言う、同じサンプル並べて電気泳動した場合でも少しはバンドの形が違う、という範疇 かと)

    まあ、いずれにせよ、実際の研究者の経験に基づく視点からは、違和感のある画像であると言えますね。
    (捏造かどうかの議論は止めたいとのご意見は了解したので、これ以上は止めておきます)

    で、まあ、私が言いたいのは、結局

    >生のデータを読むために、基礎知識を得るのです。
    >生データを読めない基礎知識なら、勉学方向に問題あり。

    と豪語していた誰かさんは、結局、まともに生データを読めなかったということで、身に着けた基礎知識(?)も勉学の方向も問題あり、ということでしたね。

    それから、そのお方はこんなことも書いていました。

    >意味がわからない専門領域に入り込んで、勝手な理解を披露する人たちです。

    PCRの原理も理解できず、電気泳動の実験の経験もないのに、ゲル図について勝手な理解を披露しているのは、どこのどなたなのでしょうかねえ。

  7. やれやれ、、

    学さんが必死に間違い間違いと連呼していたのは、

    「1つのT細胞のTCR再構成のバンドは1本です。」

    という部分で、正確に言えばアレル2本の両方に再構成が起こる場合を含めて、0本、1本、または2本ということですかね。

    まあ、この程度の指摘で大騒ぎすればするほど、何が重要なのか、何が論点なのかを学さんはまるで理解できていないことを示すだけなんですけどね。

    そもそもの私の説明(学さんは多分、理解できていないけど)は、ゲル上でTCR再構成を示すラダー状のバンドというのは、それぞれ異なるTCR再構成を持つ細胞の集合由来であるということ、そして、もし仮に、レーン2のLymphocyteそのものを原料として酸浴して得られたのがレーン3のSTAP細胞だとしても、「各バンドの相対位置や相対濃度がほぼ完全に一致といえるくらい酷似している」ということは、異なるTCR再構成を持つT細胞がその比率が全く変わらないままSTAP細胞になったということであり、果たして、過半数が死滅する酸浴条件を経て、そんなことがありうるのか? ということなんですよね。

    即ち、「1つのT細胞のTCR再構成のバンドは1本です。」であっても、「「1つのT細胞のTCR再構成のバンドは0~2本です。」であっても、上記の重要な論点には全く影響はないということです。

    何が重要なのか、その優先順位が理解できない学さんには、このような本質的ではないちょっとしたミスを大騒ぎするしかないんでしょうね。

    それよりも、
    >あなたはGLバンドでは無いと書いたので
    という出鱈目を謝罪、訂正する方が先でしょうに。

    まあ、自分の間違いは棚に上げて逃げることしかできない学さんには無理でしょうけどね。

    ちなみに、学さんは

    >Lさんに対してもこうですから

    なんて書いてますけど、基本的にExt Fig 2gにおける違和感は私もLさんも同様に感じていることを学さんは理解できないのでしょうね。
    実際に実験をしている研究者には分かる話なんですよ。
    ただ、その違和感をもって、不正の有無の議論はしたくないというのがLさんのお考えであり、私はそれを尊重しています。

    まあ、学さんには理解できないレベルのお話ですよ。

    それから、私のコメントは別に学さんだけを意識しているのではなく、むしろその後ろにいる、そこそこ科学が理解できる人にも向けていますので、その辺はよろしく。

    (そちらに時々出てくる研究者であるAさんも、Ext Fig 2gにおける違和感は理解できるはずですよ。)

  8. さてと、これも一見学さん宛ですが、その先の別のターゲットを意識してるかもしれませんね。

    一方、学とみ子は実験などしたこと無く、だから、細かいことはわかりません。
    その学とみ子が
    >生のデータを読むために、基礎知識を得るのです。
    >生データを読めない基礎知識なら、勉学方向に問題あり。
    などと、生意気なことを言うなんて、やっぱりさんには許さないのかもしれませんね。

    まあ、別に許す許さないという話ではありません。
    生意気なことを言ってもいいのですが、結局、中身がない、豪語した割には生データを読めないということを指摘しているだけですね。

    まあ、今回は

    素人、学とみ子は、明らかにTCRラダーが出ている、出ていない(コンタミ)を見るだけです。

    と、少しわきまえた発言なので、多少は自覚があるのかもしれませんが、、

    続くコメント

    拡大などしなくても、明らかにTCRラダーが出ている、それを皆、見逃した!と、学とみ子の驚きを書いただけですが、そうはとってくれないヤッパリさんです。

    ここでまた出鱈目な誤魔化しをしていますね。

    拡大して見てほしいとお願いしたのは、Nature誌Article論文のExt Fig 2gです。 明らかなTCRラダーを見逃したとかいう話はゲル2の話で、ごちゃまぜになってますね。
    まあ、いつもの学さんということで、今更救いようもありませんけど。

    一応、個人的な見解ですが、、

    Ext Fig 2gを見て、、

    「レーン3のSTAP細胞にはTCR再構成がある」ということしか読めないのは中学生レベル

    「レーン2とレーン3のラダー部分はよく似てるけど、レーン2のLymphocytesを材料として酸浴してレーン3のSTAP細胞を作ったのだとしたらおかしくない」というのは高校生レベルか、文献でしか研究を語れない、底浅な考察力しかないなんちゃって理系人

    「レーン2とレーン3のラダー部分はほぼ完全に一致するほど酷似しており、このようなゲルが記載通りの実験で得られるとは考え難い」 というのが、実際に実験を理解している研究者レベル

    なんじゃないかな、と思いますね。 あくまで個人的見解ですけど。

  9. どこかで間抜けな人が無駄な汗をかいているようで。

    再度書くけど

    「レーン2とレーン3のラダー部分はほぼ完全に一致するほど酷似しており、このようなゲルが記載通りの実験で得られるとは考え難い」 というのが、実際に実験を理解している研究者レベル

    これを理解できない人間が、いくら画像ソフトを弄り回して汗かいても、レーン2とレーン3は画像コピーではなさそうだということしか示せていないことが認識できていない。

    すでに私が推測しているように、少なくともラダー部分に関しては、レーン2とレーン3に同じサンプルを流したとしか考えられないということを支持しているだけなんだよね。

    (というか、、 私の表現は「ほぼ完全に一致」であって「完全に一致」ではないこと、その意味に気が付かないんだろうね。前者ならば同じサンプル(+α)が実際に流された、後者ならば画像ソフトによるコピー、ということに対応する訳で、私は最初から前者を意図しているんだけど、、必死に無駄な汗かいて後者を否定してもまるで無意味ということが認識できないんだろうね。)

    それで、今度は必至に反論を考察をするんだろうけど、、

    前にも書いたけど、1つの疑念はこれで解決、別の疑念は別の考えで解決、というやり方で自己満足するのは、いくら文献を持ち出そうが、科学的考察ではないんだよね。すべての疑念が矛盾なく解決できるかどうかを考察するのが科学的考察。

    レーン2のLymphocyteを原料としてSTAP細胞を作成すれば、レーン3のようなバンドになる、というので説明できるというのなら、、、、

    過半数の細胞が死滅する酸浴処理を経て、
    「GLバンドを有する細胞(T細胞も含まれるはず)は完全に消滅するが、ラダーバンドを示す異なるTCR再構成を有するT細胞はその比率をほぼ完全に維持したままSTAP細胞になる」 ということを主張することになるんだよね。

    まあ、本気??  正気?? というところかな。

    私がひっくり返るような科学的考察を期待してますよー。

  10. 判断するのは読者です。になりましたね。北方領土でも行ってきたのでしょうか、

  11. yap*ari*w*katt*na*さんの回答されたもの(?)は、
    http://blog.livedoor.jp/peter_cetera/archives/7445342.html#comments
    の3712. Zephyrusさん 2017年09月05日 09:35のコメントがヒットしました。内容から、その前にもご指摘されていたようですが、そちらまでは辿り着きませんでした。

    画像検索でヒットしたのは、
    http://blogimg.goo.ne.jp/user_image/79/94/5fe2cff6ff3463dcb0b81516fec07ef8.jpg
    オリジナルの画像ではありませんが、逆にレーン2と3の違いがハッキリしています。

    LPIXEL社の、解析カタログの魚拓orExt Fig 2gの解析画像の魚拓も探したんですが、見つからずorz。

    Article論文をいじっていたら、パワポの図を確認できたんですが、現時点でその操作を再現できず。その際、Ext Figの方は、パワポの図のリンクがなく、オリジナル画像はやっぱり入手できなかったのでした。

    Ext Fig 2gも、論文公開直後から疑義が生じていたようですが、決定的な痕跡が見つからず、決着が付かないまま。

    ということで、お宝はこれ以上やっても見つかりそうにないので、調査終了。

    おしまい。

  12. 軒下管理人さん

    ご紹介の記事「雑談コーナー」のコメント欄を広げて「学とみ子」で検索すると、2年前も現在も評価に変化がないですね。
    もし、当方が「「学とみ子」とやらは自称医者の小保方教の宗教家です。まともなコメントを書き込んでも意味があるとは思えません。」「学とみ子といいイモムシPTA会長mといいまともな知識もないのに無駄で有害な自分の経験だけある老人たちが小保方を擁護しているのをみていると老害が滅ぼす日本の縮図を見るようで未来ある学生にこういうのを信じないように指導するだけでも疲弊します」というような評価をされたら、しなびちゃって、ブログを閉じちゃいますね。そういう意味でも学とみ子はすごいですね。

  13. 「まともな日本語が使えない、論理的思考ができない、相手の意見が理解できない」という三重苦を背負った学さんが、またまた、その証明のような酷いコメントを書いていますね。

    また相手にすると、学さん相手にそんなことをしても無駄だとか、ますます酷くなるだけだとかのご意見をいただくことになるかもしれませんが、、

    先にも書きましたが、私は学さんだけを相手にしているわけでもないので、その辺はご容赦いただければと思います。

    さて、、どれもこれも出鱈目満載の非道コメントですが、まあ、適当に見繕って。

    >科学的考察ではないんだよね。すべての疑念が矛盾なく解決できるかどうかを考察するのが科学的考察。

    ご自身が全ての科学的知識を持ち、科学的考察に優れていると自負するようなコメントですね。

    まるで私のコメントが理解できないようです。  まあ、前半部分をカットしているのは、いつもの薄汚い戦法なのかもしれませんが、逆に学さんの愚劣さを映し出しているだけですね。

    私が書いたのはどういうことか、今更説明することでもありませんが、、

    そもそものお題

    Nature誌Article論文における Figure 1i と Extended Data Figure 2g の 電気泳動画像を比較して、読み取れることを論ぜよ。(ただし、切り貼りについては不問とする)

    この論点・疑念として、とりあえずExtFig2gのレーン2と3に絞って、以下3点がある。
    ①レーン2と3には、GLバンドのすぐ下に変なバンドがある
    ②レーン2と3は、TCR再構成を示すラダーバンドが相対位置も相対濃度もほぼ完全に一致してる。
     (①で述べた、すぐ下の変なバンドもほぼ完全に一致している)
    ③レーン2ではGLバンドが明確に見えるが、レーン3では見えない

    これらに対して、一個一個、疑念の解決を試みて、
    ①の変なバンドは混在するCD90+CD45+造血前駆細胞のGLバンドだとすると説明できる
    ②は、レーン2を酸浴させてレーン3のSTAP細胞を作成したと考えると説明できる
    ③は、T細胞でGLバンドが見えないことは過去の論文でもあるのでおかしくない。

    と説明できたとしても、、それらの説明が矛盾なく成立しうるのかということまで考えるのが科学的考察だと言っているわけですね。③の説明としてGLバンドが見えない電気泳動の図のある過去論文を持ち出してエビデンスとかいって自己満足してたって、状況が同じなのかどうかの詰めもない。

    そして書いたのが、この文章ですね。

    前にも書いたけど、1つの疑念はこれで解決、別の疑念は別の考えで解決、というやり方で自己満足するのは、いくら文献を持ち出そうが、科学的考察ではないんだよね。すべての疑念が矛盾なく解決できるかどうかを考察するのが科学的考察。  と書いたわけです。

    しかし、この文章のどこをどう捻じ曲げたら
    「ご自身が全ての科学的知識を持ち、」になるんだろう。  

    長くなったけど、これも触れておきましょう。

    やっぱりさんの言い分は、細かい実験手技に関連した話に限定するなら、学とみ子もわかります。
    しかし、そこそこ科学を理解している人の中にすら、学とみ子は入らないと主張するやっぱりさんの文章は心外です。
    突っ張り、やっぱり、突っ張り、やっぱりさんです。素人のみんな、気づいちゃいます。
    実験をやったことの無いは認めない!、実験が下手な人は認めない!と、やっぱりさんの以下の主張です。

    誰も、「実験をやったことの無いは認めない!、実験が下手な人は認めない!」なんて主張はしていないのですが、、、  「まともな日本語が使えない、論理的思考ができない、相手の意見が理解できない」という三重苦を背負った学さんの脳内では、またもや幻の主張になっているようです。

    Extended Data Figure 2g、これを拡大してじっくり眺めた場合、実際に実験を理解している研究者レベルにあれば、「レーン2とレーン3のラダー部分はほぼ完全に一致するほど酷似しており、このようなゲルが記載通りの実験で得られるとは考え難い」 となるのですよ。 Lさんの見解も同じであり、学さんはそれすら読み取れないようですけど、、失礼ですけど、この手の実験をやっていないと言われるsighさんでも、Lさんのコメントを理解されているので同じレベルと言えますね。

    そして、Lさんのコメントや私の説明を読んでも、いまだに学さんは

    >どんなに図表が一致しても、著者が「たまたま一致しました」と言ったら、それで終わる話です。
    >今回のレーン2,3は全く問題ないし、逆に全然別のバンドパターンだったら、かえって疑わしくないですか?PCRで増幅しているわけですから。

    などと言っているので、、、図表と画像の違いも認識できていないようだし、「そこそこ科学を理解している人の中にすら、学とみ子は入らない」というのは明らかですね。

    学さんが心外であろうとなかろうと関係ない話です。素人のみんなでも、気づいちゃってますよ。

  14. yap*ari*w*katt*na*さん

    5チャンネルの評価ですら、学とみ子を支持するコメントはなく

    630名無しゲノムのクローンさん (ワッチョイ cb0c-r8+6)2019/06/09(日) 08:27:26.76ID:UiDHsCHa0
    何か相手の文章を読めない人が、上から目線で語るっていうのは腹が立ってくるなぁ~。
    学の話だけど。皆そんな気持ちじゃないのかな。

    631名無しゲノムのクローンさん (スッップ Sd2f-thOj)2019/06/09(日) 13:29:30.99ID:SDKuTRACd
    >>630
    科学リテラシーゼロ、基本的な知識もない、理解力認知能力にも障害あり、国語能力も怪しくておかしな文章を書く、で結局は自分が理解できていないことすら解らずに上から目線でエラソーに間違ったことや妄想を言うのが擁護のお約束。w

    ですからね。で、自分が論争に勝ったという認識はどこからでてくるのでしょうかね。よく医師が務まるなと思うのは当方だけではないでしょうね。

    但し、学とみ子も易しい話であれば、他の方並みには文章を作れます。」→ また嘘をついている。小学生にも劣る文章しか書けないくせに。

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