“STAP細胞”の大きさ

問題になっている細胞の大きさについてArticle(Retracted: Haruko Obokata, et al., Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency Nature 505: 641-647 2014.)にある細胞塊と電顕写真をまとめてみました。ダウンロードした論文はpdfで、これをイラストレータで開き、図がパーツに分解できる場合は該当部分を、一つにまとめられている場合は、同様にイラストレータで開き画面に最大に表示させ、スクリーンショットを得て、これをイラストレータに貼り付け縮小させた。

(2019.3.6 改訂:以下の論文に掲載されていた図は、論文掲載の図を部分的にカットし拡大するという加工をしたものでした。著者等の意図にそぐわないおそれがあるので、削除しました。したがって記事本文はオリジナルの論文の図を参照にして読んでください。)

細胞塊
Fig.1b と Fig.4a
電顕図
Fig.1g と Extended Data Figure 8e

なにがわかる?改めて見ると”STAP細胞”てのは貧相な細胞で死にかけみたい。”STAP幹細胞(STAP-SC)”になるとES細胞とよく似ているね。

[ 加筆 ] 2019.3.7
論文等の図をオリジナルから加工して掲載するのがどこまで許されるのか、よくわからないのですが議論の参考になるので、引用元を示しているので、異議がでるまで下図を掲載してみます。上記の電顕の図も再掲載してみました。

左:笹井氏の記者会見時に配布された資料(http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf)はロックされており図を分解できないので、Acrobatで開いて500%に拡大しスクリーンショットで得た図。
右:https://blog.goo.ne.jp/narmuqym/e/36ffc2e651ee56a5c29751bbc19169bb あるいは
https://blogs.yahoo.co.jp/metoronjr7/55585438.html
にある若山氏のHP(http://www.yamanashi.ac.jp/topics/post-1005/)にかつて掲載されていたらしい写真。ガラス管の径は20μm。
胚が同じくらいになるように並べてみました。

さって、左の図は矢印の内部細胞塊の細胞がガラス管内の細胞より大きそうですが、右の図では内部細胞塊がはっきりしませんので比較できないですね。

「“STAP細胞”の大きさ」への124件のフィードバック

  1. はなさん

    では私は「一人だけ」をとりましょうか

    おかしな事件は確かにあったのだしそれは誰かに責任がある。
    これの責任については一応決着がついてるんですけどね。
    そうではない、某がいけないんだと言う人がいるんですよ。

    これでいいですかね。

  2. 小保方氏の学位取り消しがアンフェアなものだったのか、日記の記述内容を確認したいと思い、昨夜、仕事帰りに図書館に行ってきました。
    「小保方晴子日記」は管内多数の図書館に計2冊しか所蔵されていないはずなのですが、最寄の図書館には綺麗なまま棚に収まっていました。こういうシーンに遭遇すると、既に世間がSTAP問題に関心がなくなっていることを知らされます。
    貸出しカウンターに本書を置いた時、職員の方の表情が気になりましたが、特に「ヤバイ」という目では見られなかったので良かったです。

    気になった個所を引用します。

    7月23日(木)
    主査からメール。(中略)
    コメントを読んだ。科学的な質問というより、大きな要求が二つ。一つは、すべての生データを実験した日付がわかる状態で提出するように、という異例の要求だった。博士論文の実験の多くはハーバード大学で行われ、現在、私の研究に関する資料はハーバード大学に回収され保管されている。早稲田の調査委員会に私が入手できる限りのものを提出したので、今はそれが提出できるもののすべてだ。そのコピーも調査委員会から取り寄せる必要がある。そのことは事前に主査に伝えてあった。もう一つは、章立ての変更を元の戻し、エイプリルフール先生が担当した実験部分の詳細な説明とその説明を裏付けるデータを全て提出することを要求された。(後略)

    婦人公論で連載中だった日記には、大学が小保方氏にハーバードに関するデータの要求をしていた記憶がなかったため、雑誌の該当箇所を確認したところ、7月23日(木)、24日(金)の日記には上記の記載はなく、代わりに書籍版にない以下の文章が書かれていました。

    7月23日(木)
    (前略)先生。指導は終わりですか?必要な指導は終わったとお考えですか?心に浮かんだことは何一ついうことができなかった。本当は面倒見のいい先生なのかも知れない。でも今は、指導教官が私を指導することから逃げようとしているのを、ひしひしと感じてしまうのだ。できるだけ、自分に責任が及ぶ範囲を減らしたい、という意図が伝わってくる。意思ではなくて本能なのかもしれない。(後略)

    7月24日(金)
    昨日のコメントの中に、博士論文に使ったデータの資料を見せてほしいという要求があった。だが、私の研究に関する資料は、理研とハーバード大学ににすべて回収されてしまっていて、私の手元にはもう何も残っていない。早稲田大学の調査委員会に提出した資料を取り戻すことはできるのかな。それが私に提出できるすべてだ。今、資料が私の手元にないのは、私が紛失したせいではなく、ましてもともとないわけでもない。それでも提出できないのは私のせいにされてしまうのだな。

    連載版から書籍版へ、日記内容が大幅に書き換えられている事は、以前も指摘させていただいたのですが、
    http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=11594#comment-13367
    大学の博論指導内容に関する重要な内容が、
    「博士論文に使ったデータの資料を見せてほしい」から
    「すべての生データを実験した日付がわかる状態で提出するように、という異例の要求」
    へ書き変えられていることには違和感があります。
    書籍版に改定される際、不適切な言葉や感情的な部分が修正されるのであれば許容範囲なのかもしれませんが、相手への批判内容を大きく盛った形で「日記」として出版するしてしまったことは、小保方氏本人よりも出版社の責任を感じざるを得ません。

    また、その後の8月8日(土)の日記では、連載版、書籍版共に

    死にたくてたまらない。博士論文の図表に使用した元の実験データをすべて提出するように指示をされた(連載版では『言われている)ので、今日はその準備をしていた。

    とありますが、小保方氏が手元にないはずの生データをどのように準備したのかは、連載版、書籍版共、記載は見つけられませんでした。

    無駄な作業だったのかも知れませんが、アップさせていただきます。

  3. 体内時計さん

    「黒くて硬いやつ 30部とレザック(簡易)製本 30部を 理工社に注文して、337,134 円」
    すごいね。こんなに多く印刷してさばけるんだろうか?学会で有名な実験結果だったら別だけど。
    それにしても小保方氏は2部とはね。偉い違いですな。

    早稲田大学全体の審査だとは思いませんんが、小保方氏の例をみれば、審査会で指摘されたことを訂正・改訂し、印刷した結果を主査が見ないというのは該当研究科の習わしだたんでしょね。

    その年度に何名の博論審査があるかにもよりますが、年間というか年末に5本も審査があったら主査はやってられないでしょうね。指導教員=主査だったら、手を抜くことが多いかもね。

  4. ため息先生

    >小保方氏の例をみれば、審査会で指摘されたことを訂正・改訂し、印刷した結果を主査が見ないというのは該当研究科の習わしだたんでしょね。

    習わしだったのか否かはわかりませんが、小保方氏の博論審査が杜撰で無責任であった、ということは確かですよね。
    あの時点でしっかり主査が確認していれば、とは思いますが、早稲田大学自身もSTAPでは建学以来の傷を負ったと思いますし、その後、倫理教育を徹底し、信頼を回復し研究機関として生き残るために相当の努力をしたと、私は思っています。
    もっとも、STAP事件が起きても、早稲田の偏差値も人気も下がっていないということですので、世間からすればSTAP事件などこの程度の事なのだということかもしれません。
    だからこそ、教育機関としての責任を放棄したこの博論問題を風化させてはいけない、とは思いますが、過失を認め、必死に前を向いて歩いている人がいたら、その障害になるような言動はしたくない、という気持ちはあります。なので、私はplus99%さんが「2019年3月10日 12:08 PM」に言われた様な意見
    http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=14967#comment-35709
    にはとても好感を持ちます。

    こう書くと、擁護の方から「お前は小保方さんの障害だろ」と言われるかも知れませんが、私は小保方氏の障害になっているのは擁護の方だと思っています。
    私は何かを批判するときには、過失か故意か、という部分にばかり目が言ってしまうのですが、小保方氏には「過失」を「故意」だと訂正できる機会はあったと思います。
    小保方氏は会見で「マイナス100からのスタート」という言葉を震えながら話していたと思いますが、これは彼女の本心だと思いますし、彼女がマイナス100からスタートできなかった理由を擁護の方々には考えてほしいです。

  5. なんとなく、コメント

    要因Aと要因Bが重なって、結果Cになったとする。

    「Aがなければ、Cにはならなかった」 ⇒ 正しい
    「Bがなければ、Cにはならなかった」 ⇒ 正しい

    「Aがなければ、Cにはならなかったのだから、Aが100%悪い」 ⇒ 正しくない
    「Bがなければ、Cにはならなかったのだから、Aが100%悪い」 ⇒ 正しくない

    掲示板などで頻繁に見かける論争
    「Aがなければ、Cにはならなかった」という意見を見て、「じゃあBは問題ないというのか!」と反論する。
    (最初に意見は、Bについては何も言及していない場合でも)
    その反論に対して、「じゃあ、Aは問題ないというのか!」と反論。(相手の反論の中でもAについて言及していない場合でも)

    こんなパターン、山ほど見てきたような気がします。
    AとBでどちらが大きいか、となると複雑ですが、そもそも次元の違う要因を並べて大小を議論するのはふさわしくない場合もあるでしょう。

    また、何らかの裁定の結果も出ていて、「Aは懲戒解雇相当、Bは出勤停止相当」となっていた場合でも、事実を認識せずに「Aを責めるのはおかしい、Bにも責任があるはずだ」なんて言い続ける人もいたりします。

    あるブログで「研究不正の要因にはAとBがある」と書いてあるのに、「このブログでは、研究不正の要因はAであると示されています」なんて書いてしまう人もいます。

    なかなか、冷静な議論を維持するのは難しいですねえ。

  6. あら、凡ミス

    「Aがなければ、Cにはならなかったのだから、Aが100%悪い」 ⇒ 正しくない
    「Bがなければ、Cにはならなかったのだから、Bが100%悪い」 ⇒ 正しくない

    ですね。

    「Bがなければ、Cにはならなかったのだから、Aが100%悪い」 ⇒ メチャクチャ正しくない (笑)

  7. 学さんが、Lさんのコメントを「>記号以後の五行です。」https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15892901.html#15896906 と説明されているのですが、パソコンでは以下の記述になります。

    >この様なストーリーでありながら、ゲノムシーケンスの結果から、ES混入と判断されました。混入の経過については不明なので推測になりますが、

    なぜ、DNA配列の類似性だけで、STAPキメラや幹細胞は、ESだったと桂報告書は言えるのでしょうか?

    トランスクリプトームの遺伝子発現などはなぜ考慮されないのでしょうか?

    時間がなく、Lさんのコメントを確認できないのですが、Lさんが以下の文章を書かれている個所はありますか?

    なぜ、DNA配列の類似性だけで、STAPキメラや幹細胞は、ESだったと桂報告書は言えるのでしょうか?

    トランスクリプトームの遺伝子発現などはなぜ考慮されないのでしょうか?

  8. ため息先生、申し訳ありませんでした。
    メールアドレスを間違えてしまった様です。
    上記のコメントは、いつもの「体内時計」です。
    失礼いたしました。

  9. 体内時計さん

    http://blog.livedoor.jp/peter_cetera/archives/7445342.html
    5223. L 2019年03月12日 05:04
    この様なストーリーでありながら、ゲノムシーケンスの結果から、ES混入と判断されました。混入の経過については不明なので推測になりますが、

    が該当する部分可と思います
    「なぜ、DNA配列の類似性だけで、STAPキメラや幹細胞は、ESだったと桂報告書は言えるのでしょうか?」は学とみ子の考えでしょ。

  10. 体内時計さん

    以下の文章はLさんコメントでは当該コメントにも前後にもありません。
    学さんが「記号以後の五行です。」と書いているのは、二行のミスタイプでしょう。
    もしくは、それこそスマホで確認したので五行になったのか。(スマホでの検証はしてません)

    学とみ子 2019/3/13(水) 午後 8:33

    なぜ、DNA配列の類似性だけで、STAPキメラや幹細胞は、ESだったと桂報告書は言えるのでしょうか?

    トランスクリプトームの遺伝子発現などはなぜ考慮されないのでしょうか?

  11. あら
    ため息先生 おはようございます。
    結論ありきのLさんコメントを、前後も合わせて確認している間に、ため息先生が応答なさっていたのですね。

    枠は使えますね♪

  12. 3/12 8:12のコメントで
    武岡氏の専門を細胞シートと書いてしまいましたが、生体分子、ナノシートの間違いです。
    謹んでお詫びして訂正します。
    セルシードと関係するような誤解をした方がいらっしゃいましたらお詫びいたします。

    また、バカンティ氏が小保方氏の博士論文を読んでいないという発言はネイチャーのウエブサイトに掲載されました。

  13. ため息先生、はなさん

    ありがとうございました。お手数おかけして申し訳ありません。
    学さんはスマホ画面で確認されたようですね。
    私のスマホでLさんが仰られたコメントを確認したところ、3行と2文字でした。しかし、人によって文字サイズの設定が異なるので、学さんのスマホでは5行だったのでしょうね。

    他者のコメントを引用するときは、引用先を明記し、どこからどこまでがその方のコメントなのかを明確にするべきだと思いますが、学さんはそのルールを全く無視されていますね。論文を書いたことがある方とは思えません。
    Ooboeさんのリターン多用コメントを非難されていますが、学さんの引用の仕方の方がずっと問題だと思います。

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