線路は続く〜よ、どこまでも〜♬

             2018.10.9 午前 加筆があります
             2018.10.10 午前 加筆があります
             2018.10.11 午前 加筆があります
             2018.10.11 午後 加筆があります
             2018.10.12 午後 加筆があります
あっちのブログは承認・非承認の基準がわからないもんで、コメントするたびに、コピーを残す必要があります。どれがいつ承認されるのか、わからないので、その記録です。ですから、呆れ返っている方ばかりでしょうけど、お許しを。


PCR増幅してD2J2バンドをきれいなパターンでみる、現実的には起こらない? 」へのコメント。2018.10.8 8:30 頃

> 学とみ子さん

「D2J2バンドは、不鮮明になる」でもいいのでは?
体細胞にはそもそもTCR再構成がないのだからバンドがないはすですよね?どんな形でもキメラの体細胞にTCR再構成があれば、そのバンドが鮮明であれ、不鮮明であれ、「”キメラ体細胞にTCRがある”で、”キメラはT細胞からできた”が十分」証明できるのでは?

「ゲル図でTCRバンドが”きれい”に見れる状態」は必要なく「ゲル図で複数のTCRバンドがあればいい」というのが当方の考えです。注入したT細胞が複数でも1ケでもともかくTCR再構成が(免疫細胞を除く、あるいは母体から混入した細胞でもない)体細胞にあればいいという考えのどこがおかしいのか教えてください。

現実にはそのような実験はできないのなら其の理由もね。

つづき

Lさんのコメント(ttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13222&cpage=1#comment-18350)には、ホストの動物についてT細胞がない、まだできないのを使えば?ということで、注入するT細胞のTCR再構成パターンがわかっているかどうかは問題にしていませんよ。

例によってこの質問は承認されないのに、返事だけはあって、 2018/10/8(月) 午前 10:09 学とみ子 で

以前より、理解が進んだような質問内容になってきました。
以前は答えられないような質問内容でしたからね。

学とみ子は、承認する必要もないし、答える義務もありませんね。
私は、ため池一家の教育係ではありませんので・・・。

以前から同じ質問をしているのですけどね。理解が進んだのは学様の方で、ようやく質問内容をご理解できたようです。しかし、理解したが故に、答えられないようです。

2018.10.8 11:05 頃のコメント。当然、承認されないでしょうね。

> > 学とみ子さん以外の方々へ

当方からの質問は承認されなかったので、質問はttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13272#more-13272 に掲載してあります。

以前から全く同じ質問だったんですけど、質問の意味がようやく理解できたようですね。その結果答えられないなんですね。了解しました。

これまでも、これからも学さんに教えを乞うことはないと思います。

2018.10.8 16:30 ころ。承認されないでしょうけど2つコメントしました。

>学さん

しつこいようですが、そして絶縁状のようなコメントをいただいているわけですが、学さんの誤解を2点指摘しておきます。
承認されなくても当方のブログに記載します。

まず第一点。
「ホスト細胞のT細胞を含まない体細胞を得ることができるとSTAP実験者が思ったと、ため息氏は、言いたいのでしょうか?ため息氏には、実験者の気持ちがわかるのですか?」

そういう実験を企画、実行したのですから、実験者はそう思ったと推測するのが当然ですね。そのような企画が誤りかどうかとは別のことですよ。

「研究者たちは、TCRを理解できなくて(若山研究室員ですら)間違ったのです。」

研究者たちとは提案した西川氏、実行した筆頭著者、若山氏、議論して論文に一部でも書いた笹井氏、丹羽氏が含まれ、彼らはナンセンスだったと思っているんですね。
「西村先生は」 だれ?西川氏のこと?

> 学とみ子さん

第二点。
「T細胞の宿命として、特異的抗原刺激が増殖に必要だと言っても、ため息氏には通じません。」

これも何回も言ったのですが、通常のT細胞はそうでしょうけど、初期化されたT細胞なんですよ。初期化されたんだからどうなるかわからないでしょ。初期化されたんだから増殖能力は抗原がなくてもあると思いませんか?酸浴ではわかりませんが、iPSでは初期化されたT細胞は増殖するわけですね。その例をかつて示しましたし、ハンナさんはB細胞ですけどBCR再構成のある初期化されたB細胞がキメラになることを立証したわけでしょ。

まさに、ため息氏のすり抜け作戦…が透けて見えます。2018/10/8(月) 午後 6:53という記事が引き続きありましたので、これに対するコメントを。前の記事のコメントは絶縁状(2018/10/8(月) 午後 0:02 学とみ子)かと思ったのですが、まだからんでくるので。2018.10.9 10時頃

>学とみ子さん

「注入したT細胞が複数でも1ケでもともかくTCR再構成が(免疫細胞を除く、あるいは母体から混入した細胞でもない)体細胞にあればいいという考えのどこがおかしいのか」
という質問に対し、「答えられない」と言うので、「理解したが故に、(これまでの学さんの考えに一致しないので)答えられない」と判断したのですが、今回の記事の冒頭部分は、これに対する反論でははないようです。
「科学的なご質問にはお答えしますよ。2018/10/9(火) 午前 9:36 学とみ子」ですか。答えてないようですね。

(続き)
「実験を企画、実行したのですから、実験者はそう思ったと推測する」のが当然という当方の主張に対し、「その場にいない素人が推測したらいけないでしょうよ!」というのが学さんの考えです。素人だろうが、玄人だろうが、推測してはいけない理由が書いて無いです。何故、いけないのでしょ?

「体細胞のTCRをPCRゲル化実験」ねぇ。何回も言いますが新しい言葉「PCRゲル化実験」を使うのなら定義してちょうだい。わけのわからない言葉は使わないでね。

「実験手法は実験者の裁量部分なのですから、第三者にはわからない」意味不明ですね。第三者にわからなくても、第三者が推測するのにどのような不都合があるんでしょ?

(続き)
「初期化されたんだから増殖能力は抗原がなくてもあると思いませんか?」に対する返事は、珍しくはっきりおっしゃってくれたんですが「思いません。」ですか。

そもそも、その存在が肯定されたなかったSTAP細胞・STAP現象ですから、学さんの見解の根拠を問いただす等のこれ以上議論する意味がないから止めます。「はいそうですか」としか返事のしようがないですね。

「酸浴初期化の実態は解明されていません。ただ、事実があるのみです。」
「酸浴による初期化」そのものが肯定されませんでした。その事実をご確認ください。

「一般人は、iPS細胞並みの多能性がSTAP細胞に無ければ意味がないと言います。」
一般人のみならず、この分野の研究者も、iPS細胞並あるいはそれを上回る全能性があるという論文の主張があったわけですから「iPS細胞並みの多能性がSTAP細胞に」あると期待したわけでしょ。複数の同分野の研究者が追試をした理由でしょ。なにが言いたい文なのか、前後の文とのつながりがなく、sentenceのsalad になっていて、わからないです。

(続き)
学さんのご意見から帰結される結論は;
『酸浴で初期化されたT細胞は増殖能力に欠けるからキメラに貢献できない。仮にTCR再構成のあるT細胞がキメラの免疫細胞以外の体細胞の由来になったとしても、その体細胞のTCR遺伝子の再構成を調べても電気泳動のバンドは複数ある(TCR再構成を示す)かもしれないが、どれも不鮮明になり、注入したT細胞のそれが判明していないのだから検出は不可能で、T細胞のキメラ体細胞への貢献は証明できない。

このようなことは、学とみ子とはちがう免疫学に詳しい者ではない西川氏や筆頭著者を始めとする発生生物学を専門とする共著者が企画し実行した実験は、”結果として”無意味であった。』ですね

(続き)
ただし、仮説が正しくても、それを証明するための方法に欠陥がある、その方法では証明できない等、仮説を証明できない実験結果がでることは頻繁にでてきます。実験者が知らなくても、別の分野では常識ということはたくさんあります。したがって、STAP論文共著者が、学とみ子曰く実現不可能な実験を企画実施しても、ちっとも恥でもなんでもありません。Journal of Negative Results なんていう雑誌があれば、業績が増えるのにと思う研究者は沢山いると思います。

ただし、今回はpositiveな結果が出たかのように論文に記載していたから、非難されるわけですね。

長々とコメントしました。承認されなくても当方のブログにコピーを置きます。

PCR増幅して…現実的には起こらない?」に学様が当方を批判(「2018/10/9(火) 午後 7:29 学とみ子)しているので、コメントしました。2018,10.9 20時ころ

> 学とみ子さん

学さんと当方は専門が同じではないようです。ブログでのコメントは学会での議論ではありません。お互いの誤解を招かぬような言葉使いは必須です。専門家のみが分かる専門用語は、相手の専門を考慮して使うべきです。必要なら解説も加えたほうが誤解を招きません。いわんや、定義されていない言葉を新たに作る、すでに定義されている言葉があるのに異なった言葉で表現するなどは、相手に理解を求めるのなら極力避けるべきです。好意的に解釈するはいいのですが誤解を伴ってはなんにもなりません。ですので、学さんの言葉に疑問があるから聞くわけですね。誤解を避けたいからですね。「西村さんとは誰?」というわけです。

「この原則がため息氏には通じません。」は当然です。当方と学さんの専門が異なるからです。

ですから、PCRゲル化実験、遺伝子異常感知能力なんて言葉は使わないで頂戴とお願いしているわけですね。学さんと同じ免疫の専門家でもわからないでしょ。

理解していただきたいと思うのなら、タイトルと記事内容を一致させることから始めることをお薦めします。

PCR増幅してD2J2バ….ないといけないと思います。こうしたことは、現実的には起こらない?」の方にコメントがありましたので、これに対するコメントのコピーを以下に書きます2018.10.10 10時頃

>セイヤさん

「TCR再構成がないから駄目だという人は、吉村さん、kaho日記などいっぱいいたじゃないですか。」
TCR再構成がないから初期化はなかったと吉村氏他がおっしゃったのですか?
TCR再構成がないから初期化の証明に失敗したけれども、初期化を否定できたわけではないでしょ。初期化に成功したがTCR再構成がみられないことはありうることですがらね。
そもそもは「ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15683730.html
2018/9/28(金) 午前 10:57学とみ子:一部の方は、….つまり、キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物と言う人がいるのです。」に始まったのですよ。
だから誰がそんなことを言った?と返したんですよ。
セイヤさんは吉村氏他が言ったというのだから、その根拠となる記事等を示してちょうだい。

>セイヤさん

(続き)
「捏造の科学者」の笹井さん、丹羽さんのとのメールやり取り は何ページにどのようにかいてあるから どうだ と教えていただけませんか。そうでないとセイヤさんがなにをおっしゃたいのか理解しがたいので。

アノ姐さんは関係ないでしょ。セイヤさんがプレスリリースがあるとおしゃったから、どこにあるの?ということになったわけでしょ。ごまかさないでちょうだい。自分の足でお探しくださいな。

>mさん
議論に加わりたいのならTCRについて勉強したら?学さんに教わったら?
学さんは当方へ答える義務はないとおっしゃってますが、mjもんた君は別でしょう。教わって勉強してから加わりなさい。

お坊ちゃまからでもいいですけど指摘された盗用、誹謗中傷は解消したの?記事が残っているよ。これらを解消してから「腹を立」てください。
「人として彼は許せません」は、人様の写真・図を盗用する方の発言することですか?

実のないコメントは止めなさいね。学さんに迷惑でしょ。

mjもんた君に限らず、学さんの味方の擁護の方々は勉強して学説「TCR再構成を利用した初期化の証明は理論的に不可能ーー初期化されたT細胞は脆弱でキメラに貢献できない、TCR再構成を示す電気泳動のバンドは注入したT細胞のそれがわからないと意味がないーーをサポートする文献等を挙げて、応援してあげなさいよ。あるいは、学さんの考えのここが良い、おかしいを根拠をもってコメントしてあげなさいよ。コメント欄を利用するだけなんですか?

2018/10/10(水) 午後 6:02[ セイヤ ]がコメントしてきたので、コメントをかえしました。2018.10.11 13:45頃

「文章の断片でも……言われますよ。」
文章の断片じゃないです。あら捜しでもないです。学さんが「STAPが偽物と言う人がいる」の主張は、そんなこと言った科学者はいないと思うから、学さんの作った藁人形だといっているのです。

吉村氏はもともとあった多能性細胞がselectされた可能性があるといっているのであって、「もともとあった多能性細胞が選ばれた」という結論はだしていません(ttp://n-seikei.jp/2014/03/stap-1.html)。いわんや「キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物」などとは言っていません。

「過去、新聞4紙の同じ記事を示しても信用しないんだから、ヤダ 」:どの新聞でも記事は同じだったということは認めています。そのソースが問題だったのを理解しているのにもかかわらず、このようなあっちを向いた発言しか出てこないのは、プレスリリースはなかったと認めた、「STAPが偽物と言う人がいる」の根拠もなかったということですね。

これ以上答えはでてこないでしょうから、ここまでですね。
おしまい。

君、そんなに激昂して意味ないよね。そんな状態になったのは君の不徳の結果だよ。2018/10/10(水) 午後 9:27」という新しい記事がでてきたので、そして当方について記載しているのでコメントしました。
2018.10.11.9:15頃

> 学とみ子さん

”おほっちゃま”からですよ
「STAP事件は、冤罪事件だとおもいます。」と思うのはご自由で論を張って納得できる主張になるのを期待していますよ。

「桂報告書がごまかした学術的部分」を明らかにしたいのなら、理研内部のSTAP派とES派のせめぎあいなどという妄想を止めて、科学的に辻褄の合わない点を論理的に指摘したらどうでしょ。

> 学とみ子さん

再度、”おほっちゃま”からですよ。

「嘘ばかりついて、嘘を全て忘れてしまい、尚、知識人として社会に通用する人があなたの周りにいるか?」
普通は、いませんよね、そんな方。だからこんな事件になったんでしょうが。データの捏造を忘れて(ホントは覚えているけど意識下に押し込んじゃって)共著者にデータを持って行ったら、嘘を付いた目ではないから共著者は信じちゃいますね。学生じゃないから、生データを見せろなんて言えない場合もありますね。

「記者が科学記事を書くときは、取材先の人を尊敬しないといけない」かもしれませんが、対象者は尊敬できる行動を取っていたのでしょうかね?科学的なデータも出さず記者会見、手記、日記、グラビアですからね。

論文がないから「STAP理論」は空想です。わからせるなんて無意味です。やめたら?

この2つのコメントの前半は承認されていません(2018.10.11 :11:30現在)。非承認の基準がわからん。

2018/10/11(木) 午後 4:13 [ セイヤ ]がコメントしてきたので、コメントをかえしました。2018.10.11 20:03頃

> セイヤさん

何回もキメラ体細胞にTCR再構成が見つからなくてもSTAP現象の否定にはならないと言っているでしょ。。初期化されキメラに貢献したけど、TCR再構成が認められないことは、丹羽氏や笹井氏の解説・弁解にあるような原因、あるいは他の理由で、生じうるわけです。だから誰が「TCR再構成がないから駄目だ」と言ったのだ聞いているのです。吉村氏でも遠藤氏でもないでしょ?そのへんのおっさんじゃだめですよ。

STAP仮説がつぶれちゃったのは、4件の不正と、もっとあるようだけどデータを提出できないから、当時の理研の規則では不正と認定できないというのが理由であって、当方は潰れても当然だと思うのですが、セイヤさんは誰かが潰したというわけですね。

誰かが潰したのではなく、そもそもインチキだったわけで、早々にご退場願ったのは、そこそこ税金を無駄使いしてしまったけど、さらに使うことがなく、幸いだったわけですね。

(続き)
笹井氏、若山氏は立派な業績のある研究者です。でもだまされちゃったんですね。すごい方だったようなのは、捏造の科学の完全版の第12章にあるように桂委員会の委員の方々も一瞬同情してしまったことからも伺えます。

意見の比較は、どちらが理論的に説得性があるかで判断します。権威の有無ではありません。

「何度も説明してきたのに今頃なんですか!」:プレスリリースがあったというのだから証明してちょうだいと要求しているのにいまだ説明がないです。

小生はセイヤさんを『「当方の頭はボケている」とか言って』いませんよ。どこに書いてあるんでしょ?当方のブログでは、mjもんたのブログとは異なり、多重ハンネを使ってコメントしている方はいません。

体内時計さんのコメントに対して学様がコメント(2018/10/12(金) 午後 2:00 学とみ子)したので、これに対して、僭越ながらご助言をさしあげました。2018.10.12. 15:24 頃 余計なことだったかしらん?

> 学とみ子さん

僭越ながら当方の見解を。

公的文書でなくても精度や信頼性は必要です。根拠を示して、事実と学とみ子の想像・推測を明確に分離するのです。そうではないから悪口を言われるのです。妄想だと言われるのです。

推敲したら、良くなります。推敲とは他人に誤解を招かぬようにすることでもありますから良くなります。どんどん独断的になっても論理的に意味が通るように、作文してください。途中からわけのわからない枝分かれに入ったりしないためにも推敲が必要です。 phrase salad や sentence salad にならぬよう、いきなりブログに書き込まず、ワープロやエディタに書いて、遂行してから、初めてブログにコピペするのをお薦めします。タイトルが記事内容と一致しているか再考してください。

そしたら、コメント(2018/10/12(金) 午後 4:29 学とみ子)が返ってきましたので、さらにコメントしてみました。2018.10.12 17:25 頃

> 学とみ子さん

学生向けの指導ねぇ。大の大人なのにできないから書いてみたんですけど…だめですか。謙虚なんて言葉は学様の辞書にないのですか。

「STAP新情報」ねぇ。もうSTAP現象自体は結論がでた、オワコンなんですよね。そうではないという学さんは、きちんと理解できる論を張ってくださいね。当方のブログはSTAPだけに、学とみ子批判だけにあるわけではないのですね。

2018.10.12 18:20 頃

> 学とみ子さん

学さんに尊敬されようとは、ハナから思っていませんよ。一般論を、学様に当てはめて書いたのですが、ため息が書いているということだけで拒否されているんでしょうね。当たり前と思うところを書いただけですよ。

「女子大あるいは…です。これと似てますね。」意味不明です。どこがなにと似ているのでしょうか?

だからといって、Ooboeさんはもとより渋谷とかmjもんた君は、このようなサポートはできないでしょうね。STAP現象を肯定する・否定するとは関係のないことですからね。

擁護の皆さんも学さんの記事に理解し難い点があるのはわかっているでしょ?
コメントするため息を罵倒・非難するのが学さんをサポートすることではないのですよ。学さんを、まともにサポートしてあげなさいよ。学さんが嘲笑されていてもいいのですか?

渋谷さんに敬称が欠けていました。失礼しました。

しかし、こんなに親切にアドバイスをしてあげているのはため息も人がいいんですな。

「線路は続く〜よ、どこまでも〜♬」への47件のフィードバック

  1. >当時、実際に実験をした科学者(若山研究員?)が当時、何を考え、何を目的としていたかを、その場にいない素人が推測したらいけないでしょうよ!というがここでの私の意見です

    ってゆうのは誰の意見?

    この実験のデータを学とみ子氏より詳しいものまで見たはずの小保方氏、笹井氏、丹羽氏がなにを目的とし、なにを考え、どんな討論をした末に、その実験は実施したと論文に含めるという決断をしたのか、学とみ子氏は知らないと思われるが、この実験はできないはずと言いはっている。

    plus99%とヤッパリ氏とため息氏は「出来ると書いたのは論文著者ですが」と言っている。

    推測しちゃっている「その場にいない素人」とは誰だ?

    その実験はできないと言うなら、できなかったことを出来たと書いたということであり、捏造の可能性が有るという本庶氏の見解は無条件に正しかったとなる。
    厳しい物言いが誤解を招いたとかそういう次元ではない。

    学とみ子氏は、科学がどうのいう前に、一続きの文章のなかでさえ、論理が破綻どころかまったく崩壊している。
    そのことに気づかないのはご本人だけだと思うが。

  2. 某悪臭ブログに直接コメントしても、某老女医は都合の悪いコメントは未承認で逃げ回る愚劣な行動を取るので、こちらでちょいとコメントしますね。

    T細胞から作成されたSTAP細胞はモノクローナルではなく様々なTCR再構成を持つのでD2J2は何本もバンドが出て不鮮明になるとかいう間抜けな考察について。

    認知能力欠如の脳味噌では、キメラマウス作成の実験がどういうものか理解できないのでしょうね。
    まさか、胎盤胞の中に何百何千もの細胞を注入できるとでも本気で思っているのでしょうか?

    インジェクション法でキメラマウスを作成する場合、通常は胎盤胞に1個から数個の多能性細胞をマイクロマニピュレーターで注入するのですが、STAP論文の場合は単離した細胞ではなく、細胞塊をマイクロナイフで切り刻んだものを注入したとあります。

    丹羽先生らの再現実験における説明資料を見れば、注入する細胞塊は細胞数にすれば15個程度となっています。(まあ、胎盤胞のサイズを考えれば理解できる話ですね)

    同じく説明資料には、
    1週令マウス脾臓由来CD45陽性血液細胞の10−20%がT細胞で、
    そのうち10−20%がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ。
    すなわち、全CD45陽性細胞のうち、TCR再構成を持つのは1−4%となる。
    ということが書いてあるんですよ。

    すなわち確率的に考えれば、「TCR再構成を持つSTAP細胞ができたとしても、胎盤胞に注入された15個程度の細胞からなる細胞塊には含まれないか、含まれてもせいぜい1~2個しかない」となるわけですね。

    はたして、その状況で「D2J2は何本もバンドが出て不鮮明」なんて馬鹿げたことなると思ってる人は、「モノクローナルではない」ということだけしか目に入らず、胎盤胞の大きさや注入される細胞数
    のことはまったく考えていないということなのでしょうね。

    1. 「1週令マウス脾臓由来CD45陽性血液細胞の10−20%がT細胞で、そのうち10−20%がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ。すなわち、全CD45陽性細胞のうち、TCR再構成を持つのは1−4%となる。」

      に関して、もし可能でしたら、裏を取る努力をされてみると良いと思います。 1週齢のマウスは 調べた事がないですが、3−6週齢のマウス(B6)脾臓だと、自分の経験ではCD45陽性細胞のうち20-30%がT細胞 くらいの印象です。

      「T細胞受容体遺伝子再構成」の存在は、T細胞である事の定義と言って良いくらいで、脾臓、リンパ節、血液中にある成熟T細胞は、ほぼ100%「T細胞受容体遺伝子再構成」を持っていると思いますよ。胸腺にある未熟なT細胞にはTCR再構成を起こす前段階の細胞も含まれますが、ごく一部です。よって、「10−20%がT細胞受容体遺伝子再構成」というのは丹羽先生の勘違いではないかと、私は思っています。

      STAP論文ではTCRb再構成のうちD2J2しか調べていないので、「D2J2でのT細胞受容体遺伝子再構成を持つ」細胞が10−20%、という事なら、話が少し変わってきます。ただ、昔の論文などを読むと、TCR再構成においてD1J1またはD2J2の再構成が起きる確率はランダムみたいなので、D2J2に限定しても、半分以上の脾臓T細胞はD2J2再構成を持つと予想します(アレルが2本あるので、少なくとも1アレルはD2J2再構成を生じている可能性が75%)。

      結果として、個人的な試算では、25% x 75% = 18.75%の脾臓CD45陽性細胞がD2J2再構成を持ち、アレル頻度としては、25% x 50% = 12.5%と推測します。若山先生の技術で注入された細胞塊に何個細胞が含まれていたかは、私にはわかりませんが、仮に20個とすると、アレルは計40本、D2J2再構成アレルは5本、と推測されます。結構自信ありますが、もし間違ってたらごめんなさいね。

      もちろん、特許のゲルのバンドの怪しさから考えると、非特異増幅が混じっている可能性も十分あるので、サブクローニングしてシーケンスを読む必要があります(シーケンスしたとNature論文に書いてある事は、やっぱりさんから教えて頂きました)。サイエンス投稿バージョンには、これらの実験結果が入っていたのでしょうか? 見てみたいですね。

      そんなわけで、丹羽先生のこの言い訳を見るたびに、再現検証実験ではTCRキメラをどうしても使いたくない理由があったんだろうな、と思ってしまうんですよ。結果として、アルブミンCreの系統追跡実験系を使うことになり、肝臓に分布するけども肝細胞ではない細胞(間葉系、造血系、血管系など)からSTAPキメラができる可能性を検証できない実験系になってしまったわけです。

      1. Lさん

        こっちの方は素人(どっちが玄人といわれると言葉に詰まるけど)ですが、なるほど、丹羽氏の説明よりもっとT細胞が含まれる可能性は高いわけですね。

        1. sighさん

          大変恐縮ですが、、

          >丹羽氏の説明よりもっとT細胞が含まれる可能性は高いわけですね。

          T細胞という記載は不適切かと思います。
          「TCR再構成を有する細胞」ですよね。

          この辺の用語の使い方は正確にしないと、どこかの誰かさんのようなおかしな話になるリスクがありますので、ご注意を。

          1. yap*ari*w*katt*na*さん

            おっしゃる通りですね。TCR再構成を有する細胞が丹羽氏の説明より多いと想定できるですね。

      2. Lさん

        早速のコメント、ありがとうございます。
        誰か科学的知識のある方がまともにレスしてくれないかなと思って上げたコメントでしたので、ありがたいです。
        まあ、あくまでも理研の資料にこのような記載があるのに、それが考察に入らない人への注意みたいな意味が大きいのですが。

        >もし可能でしたら、裏を取る努力をされてみると良いと思います。 1週齢のマウスは 調べた事がないですが、3−6週齢のマウス(B6)脾臓だと、自分の経験ではCD45陽性細胞のうち20-30%がT細胞 くらいの印象です。

        少し調べてみましたが、まだ裏は取れていません。
        しかしながら、Lさんの経験「3−6週齢のマウス脾臓だと、CD45陽性細胞のうち20-30%がT細胞 くらいの印象」ということであれば、「1週齢のマウスのCD45陽性血液細胞の10−20%がT細胞」というのは違和感はないし、むしろLさんの経験に基づく印象こそが、理研の記載の裏を取っていることのように思えます。

        >脾臓、リンパ節、血液中にある成熟T細胞は、ほぼ100%「T細胞受容体遺伝子再構成」を持っていると思いますよ。胸腺にある未熟なT細胞にはTCR再構成を起こす前段階の細胞も含まれますが、ごく一部です。よって、「10−20%がT細胞受容体遺伝子再構成」というのは丹羽先生の勘違いではないかと、私は思っています。

        こちらも裏は取れませんが、Lさんの見解が正しいようにも思えます。
        まあ、「TCR再構成を持つ成熟T細胞」の多くにはアポトーシスも起こるはずので、「まだTCR再構成されていないT細胞」もそれなりの割合には存在するとは思いますけど。

        >結果として、個人的な試算では、25% x 75% = 18.75%の脾臓CD45陽性細胞がD2J2再構成を持ち、アレル頻度としては、25% x 50% = 12.5%と推測します。

        この試算の25%の部分は3−6週齢のマウスのLさん経験の数字ですので、1週齢マウスの15%に変えさせていただくとして、D2J2再構成を持つのは11.25%、アレル頻度としては7.5% というのが妥当ではないかと。

        細胞塊の細胞数は20個程度というのは確からしいので、D2J2再構成アレルは2~3本という計算になりますね。あくまで私の推測ですけど。

        ということで、先の私のコメントをLさんの経験等をベースに修正するとこうなります。

        確率的に考えれば、「TCR再構成を持つSTAP細胞ができたとしても、胎盤胞に注入された20個程度の細胞からなる細胞塊には2~3個しかない」となるわけですね。

        すなわち、私が最も言いたかったことは変わりません。
        STAP細胞がモノクローナルではなく様々なTCR再構成を持つといっても細胞はせいぜい2~3個なので、キメラマウスに寄与した部分をPCRで調べたとしても、D2J2の再構成のバンドは2~3本しかない。 様々なTCR再構成でバンドは不鮮明になるとかいうのはキメラ実験の実態を理解せず、ポリクローナルという言葉だけに囚われた出鱈目な妄想なんですね。

      3. Lさん

        後半部分ですが、こちらはあまり科学的な議論ではないので、別枠にしました。

        >もちろん、特許のゲルのバンドの怪しさから考えると、非特異増幅が混じっている可能性も十分あるので、サブクローニングしてシーケンスを読む必要があります(シーケンスしたとNature論文に書いてある事は、やっぱりさんから教えて頂きました)。サイエンス投稿バージョンには、これらの実験結果が入っていたのでしょうか? 見てみたいですね。

        あくまで想像ですが、テラトーマ画像の差し替えや、キメラマウス胎児の写真の間違いなどを見ると、Nature論文ではストーリーが先に出来上がっていて、そのストーリーに合うように図表が選択されて作成されていったと思われるので、シーケンスしたとの記載に対して、おそらく笹井先生が小保方氏にデータを要求したところ、とても使い物にならないデータしか出て来なかったので、図を載せるのは止めたのではないかと思います。   Science誌の時は笹井先生は関与してないので不明ですが、、、データは出せる状態ではなかったと思います。 あくまで想像ですが。

        >そんなわけで、丹羽先生のこの言い訳を見るたびに、再現検証実験ではTCRキメラをどうしても使いたくない理由があったんだろうな、と思ってしまうんですよ。結果として、アルブミンCreの系統追跡実験系を使うことになり

        ちょっと、穿った見方のように思いますよ。
        TCRを使いたくない理由というより、やはりprotcol exchenge作成の際にSTAP幹細胞にはTCR再構成は見られなかったという事実・経験から、キメラでもTCRでは出ない可能性が高いと考えて、より初期化の証明としてアルブミンCreを使ったのかと。 つまり理研の説明資料の通り。

        なお、アルブミンCreでは肝細胞ではない細胞からSTAPキメラができる可能性を検証できないというLさんの着眼点については、以前も反論したことがあるかと思いますが、、

        そもそも、STAP細胞の研究ヒストリーから言えば、骨髄由来の細胞から多能性細胞を採取する研究から始まっていて、選択ではなく酸性刺激による初期化ではないかという仮説に変わってからも、生体内の様々な組織・細胞から作成する実験が行われていて、
        その後、初期化を証明するためにTCR再構成を利用してはどうかとの西川先生のアドバイスを受けてから、T細胞を含むCD45陽性細胞を原料として実験を続けたわけで、、、

        論文の構成上は、T細胞からSTAP細胞を作成して多能性を確認し、それからT細胞以外の細胞も試したところいずれからも作成できた、となっていますが、実際の研究の順番ではT細胞は後からなんです。
        そういう理解でみれば、「肝細胞ではない細胞からSTAPキメラができる可能性」を捨てること自体は特におかしな話ではないと思います。

        1. やっぱりさん

          最近ちょっと忙しくて、返事が後手に回ってすいません。できるだけ返答してみます。

          少なくとも私が調べた3週齢のマウスでは、B6マウスの脾臓CD45陽性細胞のうちT細胞が10%まで下がったら、何らかの病態(表現形)が潜在すると解釈しました。B6の野生型でここまで下がったケースを見たことがありません。

          TCR再構成に失敗したT細胞や、自己抗原に反応してアポトーシスを起こすT細胞は、胸腺で除去されます。胸腺での選択を生き残ったT細胞だけが成熟して胸腺外に出てきて、脾臓やリンパ節に集まるわけです。これらの成熟したT細胞はTCR再構成を持っています。ただし、自分で1週齢のマウス脾臓を調べたことがないので、この時期に特異的な現象がある可能性は、完全には否定できません。

          TCR再構成バンドの議論については、特許のゲルのラダー自体が汚いので、何本バンドがあるかわかりませんし、特異的増幅かどうかもわかりません。5本でも、3本でも、あるいは1本でもいいのですが、TCR再構成バンドが存在し、その上に非特異増幅ラダーが被っている状態である可能性が否定できないため、配列を読んで確認すれば良い、と言っているわけです。論文中には「配列を読んだ」と書かれているわけですし。ちゃんとPCRをやれば、ポリクローナルでも 綺麗に分離された複数のTCR再構成バンドとして検出できますので、特許のゲルの図が汚いのは非特異増幅が混じっている可能性を考えるわけです。

          サイエンスバージョンには入っていたと推測される、キメラでのTCR再構成データですが、私の予測はちょっと違っていて、おそらく大人のキメラマウスからのサンプルである事が判明し、宿主由来T細胞の混入を否定できないため論文の図から外されたと推測しています。Nature論文であのように書くのであれば、免疫不全マウスを宿主とするTCRキメラか、胎生早期でのTCRキメラ解析を行うべきであったと考えていることは、他でも書いたとおりです。

          STAP幹細胞でTCR再構成が消失した事から、T細胞STAPは不利であると考えるのは理にかなっていると思います。また、検証実験での遺伝子発現データを見ると、肝臓においてはKLF4の発現が高い細胞塊が得られたようで、この辺のプレリミナリーな情報もあって肝臓を選んだのではないかと推測します。が、STAP研究の歴史を見返すと、骨髄や脾臓といった、造血系細胞が豊富に存在する臓器を主に用いてきた一方で、他の臓器へと展開されたのはかなり後期になってからであり、それらの組織でSTAP化する細胞の起源もきちんと調べられていません。よって、検証実験は、骨髄、脾臓、あるいはCD3でソートしたT細胞、など造血系細胞を用いた実験であるべきだったと、私は今も思っています。系統追跡を使うのであれば、CD45-Creの骨髄あるいは脾臓細胞を使えば、造血細胞からの初期化を評価できたと思います。

  3. セイヤとかいうのはまったくもってゴミだな。
    関係のない話を関係あるがごとく書くというのと、デタラメを放って素早く逃げるのだけが芸。読んでるかい?読んでるならすこしは中身のあることを書くように。
    プレスリリースについて検察からの返答はもらえたのかい?
    ホルマリン漬けも興味があるなら自分で調べろ。あーゴミ、ゴミ。

    学氏も、他所のコメントが減るとかを心配するより、自分のところのお得意さんがずいぶん前から他人を貶めるコメント以外ゼロであることに気付いたらどうだろうか?
    若山氏、科学界、あとはため池一家他諸々、STAP以前の記事でさえも、誰かを貶めるということを封じたらご自分の本文もかなり昔からゼロであるということにも気付いた方がいい。

    1. plus99%さん

      おっしゃる通りで、

      > セイヤさん

      セイヤさんのほうが揚げ足取りそのものですね。学さんはこれまでの議論の中で、専門用語を正しく使っていない、定義のわからない新語を作るという前歴があるので、新しい人物とか、誤った論理を提唱している方がどなたかを確認しているのに、どこが揚げ足取りになるのでしょうかね?わかりきっているのなら、セイヤさんが学さんに訂正をうながしなさいよ。学さんの味方なんでしょ。
      で、プレレスリリースがあったんでしょうか?自分で足を使って調べてないでしょ。体内時計さんは自分で行動していますよ。
      ちょうどいいチャンスですから4Nキメラの所在はご自分の足で探したらどうでしょ?

      と2018.10.9 18:25 頃 コメントしてみましたが、承認されるかどうかわかりません。

  4. TCRの議論そのものが、学氏が、Nスペや本庶氏や慶応の吉村氏などの発言をうろ覚えで非難して発生したものなのですね。自分のうろ覚えを訂正せずに誤魔化し続けていつの間にか、当初発言とスタンスがねじれているのに、あそこに出入りしているgen**ronやセイヤといったコメント者は最初の勘違いも指摘してあげませんでしたし、論旨が当初の反対を向いても指摘しないのですね。
    それを指摘しに来たアルイミ氏は擁護派の中ではまともな感覚の持ち主であったと思いますね。
    それと比較するとセイヤという人は学氏の書いた本文を読んでいるのかどうかすら疑わしいですね。
    自分の質問に学氏から明後日の方向の答えが帰っても擁護派の方々は大抵そのまんまです。何をしに訪れているのか透けて見えるというものです。

    この際ですから、西村氏とあるのを読んで西川氏のあの発言だとすぐにわかるほど熟知しているセイヤ氏の見解を是非伺ってみたいですね。

    あなたはTCR再構成をキメラでも確認したという実験は論文に書かれた方法では不可能だったと思っているのか?

    実験は失敗であると承知していて、論文に「実施して確認したと書いたなら捏造である」は正しいと思うか思わないか?

    1. plus99%さん

      同じ擁護だからといって無批判なのは、おっしゃるように学さんを井戸の底に押し込むだけなんですよね。で、アルイミ氏が批判したら壊れた木管楽器が怒り狂ってアルイミ氏に絶縁状を叩きつけるというわけですな。

      plus99%さんも当方のおかしな点は厳しくご批判ください。批判されないとつけあがる性分なもんで。

      1. sighさん

        身内批判で結論ありきを追放された前科者ですからあまりおだてない方がいいですよ(笑)

  5. 学さんがあちらで私にコメントを下さったようですので、こちらで。

    2018/10/9(火) 午前 9:36 学とみ子
    学とみ子は舌足らずで申し訳ないけど、学とみ子のSTAP解説も今後もしっかりウオッチしてくださいね。
    科学的なご質問にはお答えしますよ。

    ご親切にありがとうございます。
    学さんブログ、ほぼ毎日巡回させていただいております。
    科学的な質問がある時には随時、私の文系頭脳でも理解できる論理立てを基に説明を受けておりますので。

    2014年のSTAP発表から間をおかずに諸々の疑義が表に出てきました。
    その頃、ある研究者に私は基本の基本、根本的な事を質問しました。
    「でも・・・本当にSTAP細胞ってないのかしら?」(あまりに衝撃的な発表だった為、未練がましく)
    バッサリとその人は答えてくれました。
    「博論100ページ余の冒頭に20ページものコピペ(剽窃)は研究者として論外、信じがたいです。STAP論文での画像の使い回しは論文としておしまい。論文がおしまいという事は、その論文で証明したとされるSTAP細胞は無いという事です。」

    その後は科学的な面ではなく、筆頭著者の行動が私の専門とする部分に引っかかり興味を持ってウォッチし続けております。
    検証実験参加、著書”あの日” 出版、グラビアと、当方の仮説にかなり合致した行動です。

    以上です。

    1. 学さんから返信がありましたので。
      学さんコメントを全文下記に写して返信を致します。
      ******************
      学とみ子 2018/10/9(火) 午後 10:22
      はなさんが興味深いコメントをしています。

      >バッサリとその人は答えてくれました。
      「・・20ページものコピペ(剽窃)は研究者として論外、信じがたいです。・・・論文がおしまいという事は、その論文で証明したとされるSTAP細胞は無いという事です。」

      私の意見ですが、剽窃の存在は論文の内容まで決めません、
      著者の英作文のスキルの問題です。
      著者が英文作文に慣れているか、まだ書き始めなのかを意味します。論文の内容に大事なことではありません。
      小保方氏は、元の剽窃文章を直し忘れるミスをしたのです。
      英文論文を書き始めた新人研究者にとって、作文はとてもハードルが高いものです。すでに出ている論文にはお手本となる洗練された文章があります。

      指導教官だって、英文論文書き始めの人に対しては、すでに出ている英文構成をよく勉強して、それを参考に作文をしなさいと指導すると思います。
      著者がどう作文していくかの過程は英語スキル次第でしょう。

      剽窃の存在は、英文初心者の著者とわかりますが、論文の内容にはそれほど関係しないというのが私の意見です。
      論文は新規性が命と思います。
      ******************

      学さん、上のコメントは学さんが小保方氏をなんとかして擁護しようとする余りに「贔屓の引き倒し」になってしまいますし、それどころかご自分の事をも貶めてしまうのではございませんか?
      短い文字数でのコメントなので省略が多くなり、書いていない事を推測できない者が誤解をし非難すると思われるのならば、修正される事を強くお勧めします。

      「すでに出ている英文構成をよく勉強して、それを参考に作文をしなさいと指導」
      剽窃とはまったく質の違う別の問題です。
      前者は「英語の学習」、後者(剽窃)はあえて強く言えば「犯罪」になります。

      「論文は新規性が命」
      命だからこそ、研究者は真摯に論文作成をするのです。
      (以下は、ごくごく常識的な事ですので、こちらにいらっしゃる方々にお読み頂くのは恥ずかしいです。読み飛ばしてください)
      新規性のある仮説、それを立証するために数々の実験を行いデータを取り、英語論文を書き上げる。
      (文章にするとなんと短いのでしょう)
      推敲しジャーナルに投稿する、査読者との幾度ものやりとりを経てようやくacceptに至る。
      仮説を立証する(きちんとした)データが伴ってこそ命なのです。

      新規性のある仮説を立て(それらしき)データを作り上げ(形だけ)論文を作成するだけでしたら、完全文系の私でも作れます。例示します。
      仮説ー岩石は実は生物であるー
      ・生物の概念をどこぞからコピペ(剽窃)し、abstract、introductionに散りばめる。
      ・methodは仮説に合致する実験方法、実験結果等を考え実行する。(必要ならばIllustrator等で作成する。他の論文からコピペしても良いかも?)
      ・バイオミネラリゼーションは面白いのでは?鉱物の甲羅を持つ生物は是非とも取り上げたい。
      ・以上をもってresultを書き上げる。
      英語が苦手なので、論文は日本語で考え作成しています。
      英語論文にする為に、Google先生を駆使しなんとか英文にする。(でもちょっと心配なので、ここは少し奮発し英文校正に出す)

      1. 以前、学さんコメントの時系列を間違えて、自分の推測解釈してしまい、こちらのブログに返信コメントをしてしまいました。
        それすら「なんという初歩的なミスを!!」と、深い深い穴を掘って地中に潜りたくなったのですが。
        それを踏まえた上で。

        医師としてブログ運営をし、研究者達の論文を批判し、研究者達の学さん記述のおかしさ指摘に感情的に非難を続け、その上で、科学的質問を受付けるとおっしゃっている学さん。
        理系ではない私でも、論理的に考えますとウーンとうなります。少し立ち止まってお考えになってはいかがでしょう。
        余計なお世話になりますね。

        1. 学さんより返信コメント、全文を下記に写して返信を致します。
          ※なお、学さんとのやりとりは、今回の返信でとりあえずおしまいです。
          ***************
          学とみ子 2018/10/11(木) 午後 1:15
          >論文のマテメソについて、武田教授が触れていたように、オリジナリティーを出そうと自分で下手な英語で書くより

          論文のマテメソと言えど、他人の著作物なので、そのままではダメです。当然、著者自身の文章に直す必要があります。
          そうすると、文章の精度も格調も落ちますが、他人の文章のままではいけません。
          小保方氏はそうした修正を忘れたと思いますが----。
          はなさん、
          あなたに、剽窃について語った研究者とおぼしき方は、あなたを情報操作したのではないですか?
          その方は、何気なさを装って、この話(剽窃するような奴の書いた論文は偽物確定)をしたのではありませんか?
          今度、その方にお会いになったら、そうした視点から観察されてみたらいかがでしょうか?
          ****************

          何を書きましょうか。
          まずは、学さんが武田教授の「小保方氏コピペは著作権はないから問題ない」を踏襲されず、少なくとも「自身の文章に直す必要がある」とおっしゃったことに安心しました。
          当然の事ですね。

          「剽窃をする研究者は論外」は、知り合いの研究者の言葉ですが、私自身もずっと剽窃(他人の成果を己のものと偽る)は研究者(のみならず人として)として論外としていますので、図表の使い回し等も含めSTAP細胞は無い事が、ストンと腑に落ちました。(剽窃は論外内容については10/10に学さん宛コメントで書いています)
          ですので、調査が行われ検証実験で本人すら作成できなかった今にもなっても「STAP細胞はある。陰謀によって潰された」という方々はウォッチ対象以外の何者でもありません。

          >知人による情報操作との視点で観察

          上記は最初にコメントを読みました時に、学さんも大変なのですね、と失礼ながら同情してしまいました。
          私もそれなりに自分で情報収集し判断する能力はあると思いますので、当方の友人、知人への接し方は学さんにおかれてはご放念くださいませ。

  6. くだらないことしか書けない人のコメント

    「学さんは、このTCR再構成が見られないことについて、あれだけ批判されたのにもかかわらず、著名な論文の著者たちはなぜ平気だったのかという疑問について、真摯に解説されており、いい仕事をされたんですよ。」

    はてさて、この御仁は「TCR再構成が見られないこと」と書いてるけど、

     ①理研が3月に発表したProtocol Exchangeにおいて、STAP幹細胞にはTCR再構成が見られなかった件
     ②Article論文においてキメラマウスのTCR再構成を調べたという記載があるが結果がどこにも記載されていない件

    この二つの区別がついているのでしょうかねえ。

    学さんが最近必死になって出鱈目論を展開しているのは、、、
    最初は記載があることすら知らなかった②であり、「あれだけ批判されたのに」といえそうなのは②ではなく①なんですけどね。

    まあ、どうでもいいや。

    さて、学さんのコメントによると批判の対象者は

    ・相手が何を言わんとしてるかを好意的に解釈して、お互いを理解するとの立場に立てません。
    ・相手の言い分をとりあえず聞いて評価するとかの会話のエチケットもありません。
    ・だから、これだけ、用語の使い方をなじってくるのだと思います。
    ・細かいことにこだわり、相手のレベルの方が低いと周りに印象づけたいのです。

    これって、そのまま学さんのやらかしてきたことなんですけどね。

    6月頃のやり取りだったかな。
    (私のコメントのこの部分が学さんのつけた下線部分)
    「30億塩基対の内のVDjunctionの部分の数百?の塩基対が欠損しただけのことで、」

    >ここの記載は、下線部分で、やっぱり氏はまちがっていますね。
    > 再構成について、やっぱり氏の知識が十分ではありません。
    >なんのために、TCR再構成が起こるのかの理由もわかっていないでしょう。
    >TCR再構成とは、DNA一部が切り取られたとする生体反応ではありません。

    はい、ではもう一度、学さんの書いたことを見てみましょう。(笑)

    ・相手が何を言わんとしてるかを好意的に解釈して、お互いを理解するとの立場に立てません。
    ・相手の言い分をとりあえず聞いて評価するとかの会話のエチケットもありません。
    ・だから、これだけ、用語の使い方をなじってくるのだと思います。
    ・細かいことにこだわり、相手のレベルの方が低いと周りに印象づけたいのです。

  7. セイヤ氏がまた逃げを打っていますね。

    本庶氏の言うのもNスペが言うのも、ネガティブであるという実験結果を得ていながら、「実施し確認した」と書いたことは研究倫理に問題がある、であり、
    Kaho氏が言うのはデータの分析結果からは、行ったとしているのとは違う実験をしているか、違う資料を分析に持ち込んでいることが明らかという内部告発を無視しているということですね。
    吉村氏の見解は元文章が削除されていて確認できないので触れませんが。
    どれもTCRがないからダメだという議論ではない。

    笹井氏、丹羽氏の主張は学氏とは180度異なる見解だと思うのですけれどね。
    学氏は、論文記載の実験はできないと主張しているのだが、
    笹井氏、丹羽氏はその実験は正しく行われたことを前提として、ネガティブな結果がでたことの理由を説明している。

    学ブログの読者ごときは元の文献に当たってなんと書いてあるか確認しないであろうと、見下した上で出鱈目な呪文ばかりを書いて誤魔化そうという根性の悪さは驚くばかりだ。

  8. 学とみ子氏は『当時、実際に実験をした科学者(若山研究員?)が当時、何を考え、何を目的としていたかを、その場にいない素人が推測したらいけないでしょうよ!というがここでの私の意見です。
    ホストのT細胞を含まない体細胞を得ることができると考えたから、(若山研究員?が)実験をやったのでしょうか?』と言っているんだが、“若山研究員?”と意図的に2回使用している。学とみ子氏による実に悪質な印象操作だ。

    まず、問題になっているデータは、“2012 年の 3 月に西川 GD のアドバイスを受けた小保方氏は、2012 年中ごろ、STAP 細胞を含む細胞塊及び一部の STAP 幹細胞に TCR 遺伝子再構成が起こったとするデータを研究室で報告。”に関するもので、アイデアは“西川先生”であり、TCR 遺伝子再構成が起こったとする実験者は“小保方晴子氏”。そのデータが Gel1 と Gel2 の切り貼り合成であり、同時に、2N キメラマウスが含まれていた。特許図 Fig.20 も同様。
    STAP 幹細胞について、若山研メンバーは追試しているが、TCR 遺伝子再構成を確認出来ていない。これらははっきりしているのですよ。

  9. 学とみ子氏のカオスなブログ記事『ため池一家の住み込みの方々に、「もう、かわいそうだからやめたら?」と、oTake氏から言ってくれませんか?』内に

    『>STAP細胞にしても、STAP 幹細胞にしても複数の細胞が含まれています。
    学とみ子:  幹細胞は、モノクローナルではないのですか?』

    とあるんだが…
    こんなクエスチョンが出るということは、
    『笹井先生らは、STAP 幹細胞はヘテロな細胞集団であり、(小保方氏による)長期的な継代培養により再構成が起こっていた細胞が消失したという解釈を採った。』の意味も学とみ子氏は分かっていないのが明らかだよ。

  10. 学さんのコメント 2018/10/9(火) 午後 10:22
    >剽窃の存在は、英文初心者の著者とわかりますが、論文の内容にはそれほど関係しないというのが私の意見です。

    コピペ(剽窃)はその人の人間性を表します。
    剽窃=他人の成果をもって己の成果となす行為=をする人間を信用するのか?信用できるのか?という事です。

    理系論文には疎い私ですが、文系論文、小説、創作物その他諸々で剽窃を「それほど関係しない」と許容しますか?少なくとも社会において許容される文化ではありません。
    100歩譲って許されるのは私的な関係にとどまるものまででしょう。と書いて剽窃が許される私的な関係を考えて見ました。日記なら他人の目に触れませんので自分の心の問題だけですね。
    手紙は判明したら?うーんラブレターだったら相手を信用できなくなりますのでお付き合いはご勘弁。
    町内会報でも、近隣の方々に信用されなくなり近所づきあいが難しくなりますね。
    となると、私的な関係でも剽窃は人間性を疑われることに繋がります。
    ましてや科学論文においておや。

    私は文系大学、文系職業ですが、知識を得るために参考の為に本を多数読みますが、レポートなり発表文章に自分の意見として丸写し(剽窃)をする事は考えられません。参考文献にはあげますが。
    結論を言えば、剽窃はいけないというのは基本の基本、大前提でしたので、なぜいけないかを文章にするのが難しかったほどです。日本語だろうが外国語だろうが同じです。

    学さんがおっしゃる英語習得の難しさは理解します。
    その上で、日常的に英語論文に対している、その上にまたデータを求め続ける研究者。
    だからこそ研究者になるのはハードルが高いし、社会において一定のリスペクトがあるのではありませんか。

    「研究者、かっこいいからなる、努力は苦手だけど何とかなると思う。プレゼンは得意だし」と言ってなれるものではありませんね。
    ※ここに「某筆頭著者を念頭においただろう、失礼だ」との批判がくる事は想定しています。
    影響は受けています。某筆頭著者の事件がなければ、このような事を考える人間がいるとは考えもしませんでしたから、このように文にする事もありませんでしたから。

    1. はなさん

      剽窃についておかしな見解を述べている女医さんがいますが放っておいていいと思いますね。

      私見ですが、学術論文で剽窃していかんのは学問とは知を積み上げる営みだからだと思いますが。
      剽窃され放題だったら誰も知識を公開してくれなくなります。一から全て証明していては手間がかかりすぎて進歩が止まってしまいます。
      先人の業績が公開されていて、それを使えることが科学の進歩に必須であるという認識が大事なんだと思いますね。先人の業績をリスペクトを持って扱えることは学問の道に入る条件である、そこへの切符を授かる博士論文に、ということだと思いますけどね。

      マテメソの文体や図表の型式にオリジナリティを発揮する必要はないという話と、素晴らしい実験方法を開発してくれた先人へのリスペクトを欠いていいかという問題は別問題だと思いますね。

      何にしろ某女史には先人へのリスペクトというものがないんでしょう。奉っている人を見れば分かる気がします。

      創作を齧るものとしては、先人へのリスペクトなく芸術は存続できない、と言い切りますが、某女史にはこれも理解不能だと思いますね。

      1. 学とみ子さんがご返事をくれた様子です。のでお借りしてご返事を。

        >剽窃され放題だったら誰も知識を公開してくれなくなります。

        と、ネイティブがわかりやすい英語を書いてくれることにはなんの関連もないですね。

        剽窃か剽窃でないかと英文か英文でないかなんて関係ないですね。
        学さんの論法だとノンネイティブが上手な英文を書く必要なんてないです。ましてやどこぞの英文を下敷きにする必要などどこにもないではないですか。

        尊敬し合える議論がしたければ、専門外と見るや見下したり、他の誰にもわからないオリジナルな言葉を使ったりしないことです。他の人のコメントに真正面から答える努力とか、まず自分ができる努力があるんじゃないでしょうか。学さん以外の他の人はそういう努力をしているのではないでしょうかね。
        あとは時々自分が過去にした発言を見直す努力も必要だと思いますね。認知症と言われるのが悔しいならそう言われないようにするための努力があるのではないでしょうかね。

    2. 学さんから上記の私のコメント=剽窃について=返信コメントがありましたので。
      学さんコメントを全文下記に写し、私の考えを述べる前に学さんのコメント内容をしっかりと読み取る事ができないので確認のためのコメントを致します。
      ******************
      学とみ子 2018/10/10(水) 午後 3:46
      はなさん、
      以前に、武田教授がこの辺りに触れていました。
      論文の言語は、文学とは違い、手段に過ぎません。

      論文マテメソなどは、オリジナリティは不用です。論文では、典型的見本に近い文章が読みやすいです。文章の技を競っていないし、簡潔で読みやすいく、読者に誤解をさせないのが良い英文です。
      グーグル訳がしっかり機能する文章が望ましいでしょう。

      そうした視点から、以下のはなさん文章を考えてください。

      >小説、創作物その他諸々で剽窃を「それほど関係しない」と許容しますか?
      *****************
      2点伺います。

      1:武田教授が触れていた「この辺り」というのは、何でしょうか?
      私が記憶しているものは下記の2点だけです。
      常識と思っていた事と正反対の事を述べているので驚き記憶に残っているものです。

      ・小保方氏の博論100ページ余の冒頭に20ページものコピペ(剽窃)は、剽窃先=米国立保健研究所(NIH)=がサイトで発表している物だから著作権が無い、だから問題ない
      日本人が書いた下手な英語より、アメリカ人の書いたものを持ってきた方が良い
      ・論文の再現性は普通は取れないものだ

      2:「論文マテメソなどは、オリジナリティは不用」は武田教授の考えですか?学さんの考えですか?
      私が頭をひねって、読み取った内容は以下です。
      学さんが書きたかった内容とは違っているでしょうか?

      =学さんは「論文のマテメソについて、武田教授が触れていたように、オリジナリティーを出そうと自分で下手な英語で書くより、同じような実験をしている典型的見本の英語論文のマテメソを使った方がわかりやすい。文学と違い手段に過ぎないのだから」=

  11. >>論旨が当初の反対を向いても指摘しないのですね。

    について、

    >plusさんは、相変わらずTCRを理解しているふりをして文章作っています。

    だそうなので、当初の発言を貼ってあげましょう。

    ***

    >> xyzさん

    >TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。キメラマウスのリンパ球は常に産生されていて、体内対外に存在する新たな抗原にめぐりあって新たなTCRを構成するのです。新たに作られる多種のTCRをもつリンパ球が淘汰と増殖をくりかえします。この番組を見ると、まるで、キメラマウスになってからも元のTCRを持ち続けているかのような説明です(元のTCRを持ち続けていないからSTAPがおかしいとの説明になっている)。

    >2018/5/18(金) 午後 10:11  学とみ子
    >ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15511898.html

    ***

    ここのTCRについて、DNA上の TCR再構成とT細胞表面のタンパクとの区別がついていないんじゃないの?という指摘がすぐに出ていたのですね。
    そんなことはない、最初からDNAの話をしているそうですから、最近のご説では、ホストのTCRが複数検出され、ドナーのTCRが複数検出されるからその実験はダメなんであると、反対を向いているんですね。

    ***
    STAP―T細胞が、キメラ構成に寄与した場合を考えます。
    STAP‐T細胞がキメラの体細胞を形成したことを証明できれば実験は成功だったことは、皆、知っています。”キメラ体細胞にTCRがある”で、”キメラはT細胞からできた”が十分です。

    その場合でも、特許の図にあるようなD2J2バンドは、不鮮明になるように思います。
    なぜなら、注入したSTAP‐T細胞が、さまざまなTCRパターンを持っているからです(つまり、モノクローナルではない)。

    STAP細胞塊に含まれた個々のT細胞が持っていたさまざまなTCRを反映して、D2J2は何本もバンドがでるでしょう。つまり、不鮮明です。

    ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15697206.html 本文
    ***
    当初
    >まるで、キメラマウスになってからも元のTCRを持ち続けているかのような説明です

    最近
    >STAP‐T細胞がキメラの体細胞を形成したことを証明できれば実験は成功だったことは、皆、知っています。”キメラ体細胞にTCRがある”で、”キメラはT細胞からできた”が十分です。

    ほら。反対向きですね。

    ちなみに。Nスペで語られているのも本庶氏が言うのもSTAP幹細胞についてですね。
    さらに蛇足を言えば笹井氏丹羽氏のメールというのもそうですね。

  12. Ooboeさん、この場をお借りしてコメントさせていただきます。

    学さんのブログ(ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15701589.html#15703100)に書かれた
    『(MEki)や(JAKi)と呼ばれるモノを
    使用した実験で
    StapはESでない!との実験結果だった
    そうですが、であるなら凄いなのに
    このことはあまり注目されてませんから
    私意味がよくわからないのです』

    についてですが、Zephyrusさんから教えていただいた、私のこちらのブログでのコメントが参考になるかも知れません。

    『STAP論文を確認させていただき、私が拘っていた Letter論文の Fig.3e,f(FI幹細胞にMEKiを添加)また、Extended Data Fig.5a〜d(FI幹細胞にJAKiを添加し、FI細胞はES細胞ともES細胞+TS細胞とも異なる新規の多能性幹細胞である)が、調査報告書P.24の
    「11)Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、 Fig.6について
    Oct4-GFP の FI幹細胞が保存されておらず、作製されたとされるこの幹細胞の実在が確認できない点(Oct4-GFPの挿入を持つFI幹細胞がLetter Fig.2b-e、Fig.3、ExtendedData Fig.5、Fig.6で使用されているが、小保方研とCDB若山研のストックのFI幹細胞を調査した限りでは、Acr-GFP/CAG-GFP遺伝子を持つものしかなく、Oct4-GFPを有するFI幹細胞が見当たらない。系統として樹立されなかったのではないか)」
    であったことが、今更ながら、合致しました(お恥ずかしいです)。
    報告書には薬剤実験の記述がなく、論文も確認していなかったので、「Oct4-GFPを有するFI幹細胞が見当たらない」という部分だけに関心を持ってしまっていたのですが、これがJAKi処理、MEKi処理をしたFI幹細胞だったのですね。調査報告書をどれだけ見ても、やはり原著に当たらないと誤解も多いのだと改めて思いました。
    この「Oct4-GFPを有するFI幹細胞が見当たらない」ということですが、小保方氏は薬剤実験で「FI細胞はES細胞ともES細胞+TS細胞とも異なる新規の多能性幹細胞である」という結論を得たのに、その実験の後、彼女はその大切なFI幹細胞をどこに保管したのでしょうか。(体内時計 2018年4月9日 8:33 PM)』http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=11480#comments

    Ooboeさん
    科学的な疑問や報告書の内容については、学さんに尋ねるよりも直接こちらのブログで質問された方がいいと思いますよ。
    今も、学さんはコメント欄で
    「インヒビターを用いたESとの比較実験は、若山研究室で、皆で分担して実験したことが報告書からわかります。」
    と書かれていましたが、そのような事実は報告書のどこにも書かれていません。

    1. レター論文は謎が多いですが、桂報告書は突っ込んだ検討をしていません。あえて避けたのか、不要と考えたのか不明ですが、放置されてしまったが故、色々な憶測を呼びました。きっちりけりをつけてもらった方が良かったと思います。

      少なくとも、報告書には「Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。」と記載されており、筆頭著者のコメント「若山氏から(Oct4-GFPを有す る)GOFマウスを渡されたものと思っていた」も合わせ考えると、Acr/CAG-GFPのCTS1を用いて、レターの実験は行われたと考えるのが妥当ではないですか?筆頭著者は、新規の幹細胞CTS1(及びCTS11-13) をきちんと保存していたと考えます。これらのFI幹細胞株を用いて、レターの実験の再現性を調べれば、レター論文の問題点はほとんど解決すると思います。

      レターでOct4-GFPのFI幹細胞を用いた実験とされている図表(Fig 2b、Fig 3a、Fig 3c-3d)を見ると、Acr/CAG-GFPのCTS1でほぼ説明できると思いますので、これは研究不正ではなくエラー(Acr/CAG-GFPをOct4-GFPと誤認)と考えるべきです。投稿前にこのラベルミスが共著者から指摘されていれば、展開が変わっていたかもしれません。

      保存されているCTS1及びCTS11-13を用いて、Oct4/Cdx2の発現 (Fig 2e)、JAKi処理によるそれらの発現変化(Fig 2j-2k)、JAKiに対する抵抗性(Extended Fig 5c-5d)、MEKiに対する反応(Fig 3e-3f、Extended Fig 6c)などの再現性を見るのに、一ヶ月もあれば十分だったと思います。科学的な見地から見ても、ここをスルーされたのは残念です。

      1. Lさん

        >報告書には「Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。」と記載されており、筆頭著者のコメント「若山氏から(Oct4-GFPを有す る)GOFマウスを渡されたものと思っていた」も合わせ考えると、Acr/CAG-GFPのCTS1を用いて、レターの実験は行われたと考えるのが妥当ではないですか?筆頭著者は、新規の幹細胞CTS1(及びCTS11-13) をきちんと保存していたと考えます。これらのFI幹細胞株を用いて、レターの実験の再現性を調べれば、レター論文の問題点はほとんど解決すると思います。

        調査委員会は論文の不正調査を行ったわけですから、Letterに使用されたとする「Oct4-GFPが挿入されたFI幹細胞」の調査をしたのだと思います。しかし、そのようなF1幹細胞は存在していなかったため、若山氏、小保方氏に聞き取り調査を行った結果

        「若山氏の聞き取り調査から、CAG-GFPを有する129B6F1マウス 以外(論文記載のOct4-GFPの挿入を持つマウスを含む)からFI幹細胞を樹立した記憶は ないことが明らかになった。なお、小保方氏は論文に使ったFI幹細胞を樹立したことは なく、以上のFI幹細胞株の樹立はすべて若山氏が行ったことが明らかになった。」(P.25)

        という謎に包まれた答えが返ってきました。
        FI幹細胞はFES1由来という調査結果が得られていますから、JAKi、MEKiの実験が本当に行われていたのであれば、「Acr/CAG-GFPのCTS1を用いて、レターの実験は行われたと考えるのが妥当」だというLさんのご意見には同意します。

        しかし、「これらのFI幹細胞株を用いて、レターの実験の再現性を調べれば」というご意見には同意できません。それは調査委員会の範疇ではないと思うからです。
        「捏造の科学者―完全版」には「不正の全貌解明は、なぜできなかったのか」として、複数の調査委員会のメンバーとの取材について記載されています。一部引用します。

        『「科学者としてSTAP現象のどこまでが正しいのかを知りたかった」。ある委員は引き受けた動機をそう語った。この委員によると、理研側は当初、「あくまで論文の調査です」と、約30項目の疑義についてのみ調べるよう求め、STAP現象の有無といった「研究内容の検証は対象外だと説明した。(中略)
        一方、調査の終了時期に関しては理研の意向が強く働いた。理研の規定では、調査委の設置後150日間で終えることになっており、2月下旬まで調査を続けることも可能だったはずだが、調査半ばの10月頃には「年内に」、12月の始めには26日という記者会見まで設定され、調査委はそのデッドラインから逆算して調査を進めることになった。理研からは、共著者がいるハーバード大学の調査が1月にまとまるとみられることが理由として挙げられたという。」(P.417~418)

        このほかにも調査委員会が如何に苦労されて不正調査を行ったのか、「捏造の科学者―完全版」に書かれています。
        個人的には「調査委員会」の権限を駆使し、小保方氏から全てのデータを出させてほしかったと思いますが、本書によると小保方氏に対して
        『調査委側は、面接による聞き取り調査と文書での質疑応答、生データの提出の三点を求めたが、生データは最後まで提出されず、文書での回答は調査終盤にようやく届いた』(P.418~419)

        とあります。
        Lさんは「一ヶ月もあれば十分だったと思います」と書かれていますが、調査委にこれ以上の調査を望むことは不可能だったのではないでしょうか。

        また、私見ですが、小保方氏の「若山氏から(Oct4-GFPを有す る)GOFマウスを渡されたものと思っていた」のコメントはあまり信用していません。論文の前半ではOct4-GFPが入ったGOFマウスを使用していたので混乱していたのか?とも思いますが、遠藤氏が言われた「その認識が論文出版時まで同じであったとしたら,あの原稿は書けませんし読むことすらできないはず」(ttps://srad.jp/~kaho/journal)に同意するからです。

        >レターでOct4-GFPのFI幹細胞を用いた実験とされている図表(Fig 2b、Fig 3a、Fig 3c-3d)を見ると、Acr/CAG-GFPのCTS1でほぼ説明できると思いますので、これは研究不正ではなくエラー(Acr/CAG-GFPをOct4-GFPと誤認)と考えるべきです。投稿前にこのラベルミスが共著者から指摘されていれば、展開が変わっていたかもしれません。

        このコメントの意味が分からないのですが、Acr/CAG-GFP入りのマウスがSTAP実験に使われたという記録はありません。CTS1にAcr/CAG-GFPが使われていること自体が問題だと思うのですが、共著者が何を指摘すれば良かった、と仰るのでしょうか。
        因みに、論文のチェックに対して、若山氏については以下の記事があります。

        『若山教授によると、最終稿が理研発生・再生科学総合研究センターの笹井芳樹・副センター長(52)らから届いたのは、英科学誌「ネイチャー」で掲載が決まってから1か月後の今年1月。すでに大幅な修正ができない時期で、若山教授は自分の研究部分以外はチェックしなかった。論文は1月30日付で同誌に掲載された。』ttp://scienceandtechnology.jp/archives/3390

        >筆頭著者は、新規の幹細胞CTS1(及びCTS11-13) をきちんと保存していたと考えます。
        >レター論文は謎が多いですが、桂報告書は突っ込んだ検討をしていません。あえて避けたのか、不要と考えたのか不明ですが、放置されてしまったが故、色々な憶測を呼びました。きっちりけりをつけてもらった方が良かったと思います。

        「捏造の・・」によると
        『小保方氏から元データが提出されなかった疑義を巡り、「(確認が取れないので)不正とは認められない」という記述が報告書に何度も登場したことについて、忸泥たる思いを吐露した委員もいた』(P.421)とあります。

        小保方氏がデータを出さなかったことに対して、調査委がどれだけ苦労したのか。
        小保方氏は試料を「きちんと」保存していたのなら、データも「きちんと」提出できたはずですし、するべきでした。
        小保方氏からデータが出されていれば、調査委はもっと突っ込んだ検討ができたのではないでしょうか。

        1. 体内時計さんに同意です。調査委員会は、調査を行うに当たって二重苦三重苦の障害があったと思います。
          1、実験記録がない。
          2、筆頭著者からは、データを作成したパソコン、その他のデータも提出されない。
          3、加えて筆頭著者の供述も信用できない。
          >小保方氏は答える努力はしているものの、記憶が断片的だったり、述べた内容が客観的な事実と明らかに違ったりすることもあった。「あとで冷静になって他の情報もつきあわせるととても理論が成り立たず、間違っている発言もかなりあったと思わざるを得ない」(捏造の科学者 文庫版 P420 須田氏が取材した調査委員の証言)
          4、筆頭著者の著者の精神状態が不安定で、最大限配慮をしなければならなかった。
          >小保方氏が話しやすいことや話したがることを自由にはなしてもらい、気持ちを落すわつち着かせると同時に、委員会との間で一定程度の信頼関係を作る。問い詰めるような質問の仕方はしない。それが委員会の基本方針だった。なるべくプレッシャーを与えないようにと、一、二回目の訪問では人数を抑えるなど、最大限の配慮もした。
          「ふたをあけてみたら、彼女はよく喋りました。時には嬉々として。」とある委員は語る。一回目では、STAP現象に関する持論や思い入れをとうとうと述べる場面もあり、予定の時間を30分超過した。
          「何かこう、自分の世界というのがあって、引き入れられてしまうという感じがあった。それなりの説得力があった。(前述の委員)
          一回目の聞き取り調査の終わり頃だった。論文を撤回することになった経緯を語るうち、話が共著者との行違いに及ぶと小保方氏は感情を抑えきれない様子で泣き出し、座ったままがっくりと下を向いたまま動かなくなってしまった。意識がなくなったようにも見えたという。最後はCDBの副センター長に抱きかかえられるようにして部屋を出た。(同書 P419)
          このような具合いで、論文に書かれていても、実験をしたかどうかも、経過も把握できたとは思えませんし、確証がない実験の再現をするなど調査委員も考えられなかったのではないでしょうか?以前結論ありきのブログでも、私は筆頭著者の供述は一貫性がなくコロコロ変わって調査が非常にむずかしかったのではないかと推測していたのですが、話が核心に触れるともっと深刻な精神症状を呈していたようですね。

          1. アノ姐さん

            私のコメントに対して、体内時計さんと同じ意見であるとの意見表明と受け取りましたので、お返事したいと思います。

            調査時の聞き取りで見られた、筆頭著者の精神的不安定さについて述べられていますが、かなり生々しい描写で、参考になります(須田さんの本を持ってないので、ありがたい情報です)。この精神的不安定さが故、十分な聞き取りができず、実験が実際に行われたかどうか確証が取れないという理由で、再現実験はしないという考えであれば、相澤先生や丹羽先生の実験はどう理解するのでしょう? そもそも、検証再現実験は、筆頭著者の聞き取りを終えてから計画されたものでしたっけ?

            私からすると、筆頭著者の精神状態とは関係なく、アーティクルの根幹データについては実験で再現性(本当の意味での再現実験ではないですが)を見るが、レターの再現性については無視したように見えるんですよ(もちろんNGSや画像については調べられてますけどね)。理由は何なんでしょうね? 培養実験はかなり容易と思われますし、CTS1を用いたキメラ実験も細胞塊注入よりは簡単と思われますが。

            そもそも実験というのは、「確証がない」仮説を検証するために行うものです。論文に発表されたデータに確証が得られないからこそ、検証実験で「どこまでが正しいのか」知りたいと思われた委員の方がおられた(体内時計さんの引用です)わけですよね。「確証がない実験の再現をするなど調査委員も考えられなかったのではないでしょうか?」というのが問いであれば、「全ての委員がそのように考えたとは、私は思いません」というのが私の答えになります。

        2. 体内時計さん

          やっぱりさんへのお返事と同じく、言い訳からですが、ちょっと忙しくて、返事が遅くなったことをお許し下さい。可能な限り、返答してみます。

          「科学者としてSTAP現象のどこまでが正しいのかを知りたかった」という、一委員の方のコメント、私も全く同感です。「あくまで論文の調査」として、保存されていたCTS1に、論文に記載されているような特徴が確認できるか、調べるべきだったのではないでしょうか? 

          検証実験は、本来3月下旬までの予定だったと理解しており、レターの調査不十分の状態で前倒しになった理由が理解不能でした。3月まであれば、レターの調査はかなりできただろうと思います。小保方さんの本も、須田さんの本も読んでないのですが、須田さんの本にはこの「前倒し」の理由が書かれているようですね。情報ありがとうございます。ハーバードの調査結果というのは、結局出たのでしょうか? ハーバードから先に報告が出たらまずい事があるのでしょうか? ハーバードと一緒に調査できたら、もっと広範で透明性の高い調査ができた気もするのですが。合同調査になっていたら、生データも出てきたかもしれませんよ。

          私は、CTS1をGOF-GFP由来と誤認識していたとしても、レターは書けたと思っています。遠藤先生がそのようにおっしゃる理論根拠を知りたいですね。誰が言ったかではなく、どのような理論構築により導かれた結論であるかが、重要と思います。

          若山先生の件については、あまりコメントしたくないです。「結論ありき」さんや「一研究者」さんのブログで過去にコメントしてきたので、そちらを見てもらえると幸いです(探すのが本当に大変とは思いますが)。一言だけ言うと、「自分の研究部分以外はチェックしなかった」というのが本当であれば、とても残念です。

          筆頭著者からデータが出なかった事が、この調査の最大の障害であっただろうとは思います。ここは体内時計さんと意見一致するところではないかと思います。須田さんの本では、これに対する筆頭著者の言い訳について、詳しく書かれていますでしょうか? 強制的にラップトップを回収できなかった理由とか、ラップトップの帰属がどこだったとか、そういう事も含めて、何か書かれていたら、教えてもらいたいです。

          1. Lさん

            お忙しい中、コメントをありがとうございます。

            >「あくまで論文の調査」として、保存されていたCTS1に、論文に記載されているような特徴が確認できるか、調べるべきだったのではないでしょうか?

            「2018年10月13日 12:15 PM 体内時計」で、「捏造の・・」のP.417~418を引用させていだだいていますが、Lさんへのお答えになる部分を省略していました。再度、該当部分を合わせて引用致します。

            『「科学者としてSTAP現象のどこまでが正しいのかを知りたかった」。ある委員は引き受けた動機をそう語った。この委員によると、理研側は当初、「あくまで論文の調査です」と、約30項目の疑義についてのみ調べるよう求め、STAP現象の有無といった「研究内容の検証は対象外だと説明した。しかし、調査委員はその要望には応じなかった。別の委員によれば、最初の調査委のメンバーも同席した初期の議論の途中、桂委員長が「前回の調査委員会が図の作成に関する不正のみを取り上げ、研究内容に関する科学的調査をしなかったことを、大部分の生命科学者は不満に思っている」と声高に述べる場面もあったという。
             一方、調査の終了時期に関しては理研の意向が強く働いた。理研の規定では、調査委の設置後150日間で終えることになっており、2月下旬まで調査を続けることも可能だったはずだが、調査半ばの10月頃には「年内に」、12月の始めには26日という記者会見まで設定され、(中略)
            残存試料などの解析結果がすべて出そろったのは、12月に入ってからだったが、実はES細胞の混入は、調査開始時にはほぼ判明していた。「委員会では最初から、混入の実行者を決められれば良いと考えて調査をした」とある委員は証言する。』

            前回のコメントでは、日程的にこれ以上の調査は無理だったのだ、ということをLさんにお伝えできればと思い、引用部分を最小限にしたのですが、改めて省略した部分を読むと、調査委は時間さえ許せばCTS1を調べたのかも知れない、と思いました。
            理研が何故、当初予定よりも早く調査を打ち切ったのか、思うところはありますが、ここでは書きません。

            >ハーバードの調査結果というのは、結局出たのでしょうか? ハーバードから先に報告が出たらまずい事があるのでしょうか? ハーバードと一緒に調査できたら、もっと広範で透明性の高い調査ができた気もするのですが。合同調査になっていたら、生データも出てきたかもしれませんよ。

            ハーバードの調査は今のところ公表されていませんね。先日、ハーバード大医学部のPiero Anversa氏の捏造問題についての記事が出ていましたが、米国の研究不正調査は日本と比べて時間がかかるのでしょうか。
            小保方氏は何度かハーバードに出向いていたようですから、ハーバードの方にも生データがあるかも知れませんね。小保方氏に聞けばわかるのではないでしょうか。

            >私は、CTS1をGOF-GFP由来と誤認識していたとしても、レターは書けたと思っています。遠藤先生がそのようにおっしゃる理論根拠を知りたいですね。誰が言ったかではなく、どのような理論構築により導かれた結論であるかが、重要と思います。

            私の言葉が足りなかったのだと思いますが、GLSはGOFマウスから作製したSTAP細胞を用いて樹立されていますし、CTS1もGOF-GFP由来だと誤認することはあり得ると思います。遠藤氏がブログ(ttps://srad.jp/~kaho/journal/588494/)で、「あの原稿は書けませんし読むことすらできないはずです。」と書かれたのは、「若山氏から(Oct4-GFPを有す る)GOFマウスを渡されたものと思っていたこと」ではなく、その前の「小保方氏はSTAP細胞を作製する際に若山氏から渡され たマウスの遺伝的背景を把握していなかった」についてではないでしょうか。遠藤氏は「CAG-GFPのSTAP細胞を得たのは,Oct4-GFPの細胞による観察に基づき細胞塊を取得することによって初期化した細胞が得られることを知っていたからというロジックですが,そのロジックを考えたのが筆頭著者ではないということになります」と書かれておりますが、私はこの意見に同意します。

            >一言だけ言うと、「自分の研究部分以外はチェックしなかった」というのが本当であれば、とても残念です。

            何度も言われていることですが、若山氏の会見によると、笹井氏に「責任著者を降りたい」と申し出たほど、若山氏には理解できない難しい論文になってしまった、ということでした。論文の最終稿が大幅修正できない時期に送られてきて、しかも、若山研では出すことのできないデータも多く含まれているのであれば、「自分の研究部分以外はチェックしなかった」ということが責められることだとは私には思えません。

            >筆頭著者からデータが出なかった事が、この調査の最大の障害であっただろうとは思います。ここは体内時計さんと意見一致するところではないかと思います。須田さんの本では、これに対する筆頭著者の言い訳について、詳しく書かれていますでしょうか? 強制的にラップトップを回収できなかった理由とか、ラップトップの帰属がどこだったとか、そういう事も含めて、何か書かれていたら、教えてもらいたいです。

            ラップトップを回収できなかった理由については、P.414~415の
            『最初の調査委員会は小保方氏にパソコンの提出を求めたが、小保方氏は研究で使っていたノートパソコンについて、私物であることを理由に提出を拒んだ。第二次調査委員会でも改めてパソコンの提出を求めたが、やはり提出されなかったという。
             調査委員会の五木田彬弁護士は「任意の調査委員会のため、令状を持って証拠物を捜査・差し押さえすることは当然できない。証拠資料の提出を求める場合も、趣旨を説明して自発的な提出をお願いする。これが調査委員会としての権限の限界だ。強制調査をできるわけではない」と理解を求めた。』

            くらいでしょうか。
            京大iPS細胞研究所の論文不正問題では、研究不正者が使用していたパソコン内のデータは消去されていましたが、調査委が復元し認定の決め手となったのですよね。何故、理研がそのようにできなかったのか、非常に残念です。

            捏造をしていないデータであれば、そのデータは研究者を守るために存在するものだと思います。
            それを小保方氏が出せなかった時点で、この問題は科学的に結論がでているのだと思いますが、ここまで議論が続いている理由が私にはわかりません。

            先日、「一研究者・教育者の意見」(ttp://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/archives/53638451.html)を久しぶりに読んでいて、感想さんのシンプルなコメントに納得しました。

            Lさん宛というわけではありませんが、引用させていただきます。

            ********************

            809. 感想 2016年02月08日 02:07 

            「あの日」を読みました。以前の記者会見に加えて著書の出版という機会があったこの期におよんでも、小保方氏が科学的な証拠(データ類)を提示できていない、あるいはしようとしていないというのは、小保方氏のSTAP現象には科学的な証拠がないということでしょう。これは、他の研究グループで再現が成功しなかったこととも矛盾しません。
             次に、科学的な決着でなく、捏造の有無については、すでに証拠が挙がっているように、小保方氏が不正なデータ提示を行ったことが示されています。肯定する本人の証言も記録に残されています。
             ということで、本来、もはや今回の問題については、議論することなど残っていないはずです。ES細胞の素性についても、些末な問題でしょう。藪の中に誘い込まれるだけです。残っているとすれば、当時の周囲の人間がどのような思惑でどう動いたか、人間観察的、政治的、教訓的興味だけであって、それについては、各人の証言から各者各様の様相が導き出されるだけでしょう。そして、どれだけ証拠を積み上げても、JFK暗殺や911などに陰謀論を唱える人たちがいなくならないように、ないものは否定できないという不毛な状況に陥るだけでしょう。

      2. Lさん

        マウスからSTAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞をつくる実験を初段としたら
        初段でつくった細胞を使った実験は2段ということになりますが、
        初段が事故か不正かは一旦置いて、2段の実験については、初段でつくった細胞の間の取り違えは、わざわざ違う細胞を使うことで明らかに有利な結果を得ようとしたということがなければエラーであると判定しても良いのでは、いうことですか?
        そうした観点で、2段の実験を何と何を取り違えたのか推定し、簡易にできる部分だけでも検証実験すれば謎として残されるものがぐっと減るであろうということですか?
        そういう話でしたら、そうして欲しかったと思いますね。
        調査委の発足より前に行われた細胞の解析を使わざるを得なかったのは辛いところでしょう。

        1. お借りします。

          学とみ子さん

          ご心配いただき恐縮です。
          「山中教授ってiPS細胞をつくった人でしょ?」と
          「このアップルパイをつくった人はだれ?」の
          つくったが同じ意味だと思う人は少ないと思っておりますのでこの文はこのまま置いておこうと思います。

        2. plus99%さん、ご質問の意味を正しく理解できている自信はないですが、自分なりにplusさんの意向を汲む努力をしてみました。その上で、コメントし直してみます。

          レターのOct4-GFPの件は、

          「若山先生から細胞Aを受け取って実験した筆頭著者が、細胞Bを用いた実験として論文を書いた。筆頭著者は細胞Bを受け取ったと思ったと説明している。」

          という話で、一段二段という感じでは捉えていません。もっと単純な構造で考えています。

          この場合、 細胞Aでも細胞Bでも同じ表現形になる現象を論文に記載するならば、意図的にAをBと書き換える動機を想定し得ず、単純なミスと考えるのが妥当と思います。一方、細胞Bでしか見られない表現形を記載する場合は、意図的なものも含め、色々な可能性が考えられるので、結論を保留する必要があると思います。

          レターのケースで、細胞Aと細胞Bの表現形の違いは、細胞分化誘導実験(キメラ実験を含む)におけるGFP蛍光維持の一点になります。よって、細胞分化に関わる内容ならば、「細胞Bでしか見られない表現形を記載」する事になり、問題になります。が、Oct4-GFPのFI幹細胞を用いた実験とされているFig 2b、Fig 3a、Fig 3c-3dでは、細胞分化実験は行われていないので、「細胞Aでも細胞Bでも同じ表現形になる現象」を記載していると考えます。この取り違えに意図的なものは感じないというのが、私の意見です。

          GFPプロモーターの表記ミスよりも、遺伝子発現や阻害剤に対する反応の再現性の方が、レターの問題を理解するのに重要と考えます。これらの実験は、細胞分化の評価を必要としないので、Oct4かAcr/CAGかは問題になりません。CTS1で良いので、 実験をして頂き、再現性を見てほしかったですね。再現すれば、129/GFP ES由来のCTS1であっても、新規の幹細胞としての性質を持つと結論して良いと思いますし、もし再現しなければ、筆頭著者のレターでの実験に何らかの問題があったと結論できると思います。この再現実験を行なっていないにもかかわらず、後者の論調の見解を見ることが結構あったように記憶しており、これも「ブリンカー」かな、と思っています。

          最後に、学さんの件ですが、彼女から見れば、私は「ため池一家」の一員です。一時期から、私のコメントは全部未承認となったため、気がついた点があった時は、未承認を前提とした「私信」としてコメントを送るようにしていました。ところが何故か、今回は承認されてしまい、困惑しています。学さんが私のコメントを選別する形になると、意図せぬバイアスになります。承認の権限は学さんにあるので、私にはどうにもできませんから、あそこでのコメントはやめます。

          1. Lさん

            細胞AがアクロシンGFPを有していたことの不正認定の判断と分けるために初段とおいただけなので、その構造で結構です。

            「2段の実験を何と何を取り違えたのか推定し」
            の内容が
            「若山先生から細胞Aを受け取って実験した筆頭著者が、細胞Bを用いた実験として論文を書いた。筆頭著者は細胞Bを受け取ったと思ったと説明している。」

            に当たると理解しました。
            丁寧なご説明を有難うございました。
            そうした形が実施されていれば中傷合戦も軽減され、手記や博論も違った展開になったかもしれません。残念なことです。
            学氏のことはコメントは控えますが、お気持ちはなんとなく。

          2. Lさん

            >GFPプロモーターの表記ミスよりも、遺伝子発現や阻害剤に対する反応の再現性の方が、レターの問題を理解するのに重要と考えます。これらの実験は、細胞分化の評価を必要としないので、Oct4かAcr/CAGかは問題になりません。

            私の理解が悪いのかも知れませんが、これは単純な「表記ミス」の問題なのでしょうか。
            もし小保方氏が阻害剤に対する反応の実験をCTSで行っていたのであれば、CTSはES細胞FES1由来という結論が出ていますから、小保方氏が行ったJAKi、MEKiの実験結果は矛盾していることになります。

            しかし、矛盾していないことを説明するために、CTSではなくOct4-GFPのFI幹細胞を実験に使った、と主張することは可能です。
            仮に、このFI幹細胞がCAG-GFPを持つ129B6F1マウスからのものだと論文に記載されていれば、MEKi、JAKiを添加した実験は不正とされたのではないでしょうか。その場合、小保方氏は自身が行った実験の矛盾をどのように説明するのでしょうか。

            擁護の方々は2012年7月9日に若山氏が作製したFI幹細胞株に使用したマウスの記載がないことから、このFI幹細胞がOct4のものだとし、若山氏に対して責任追及や中傷や行いました。
            さらに、遠藤氏に対しては、単に論文に記載されていたOct4-GFPのFI幹細胞を解析しただけであるのに、それが存在していない事について

            「じつは遠藤高帆論文もウソだった。」(ttps://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/12752526.html)
            という愚劣なブログを書く人間もいました。
            これらを考えると、簡単に「表記ミス」で済ませられるとは私には思えないのですが。

            >再現すれば、129/GFP ES由来のCTS1であっても、新規の幹細胞としての性質を持つと結論して良いと思いますし、もし再現しなければ、筆頭著者のレターでの実験に何らかの問題があったと結論できると思います。この再現実験を行なっていないにもかかわらず、後者の論調の見解を見ることが結構あったように記憶しており、これも「ブリンカー」かな、と思っています。

            前者であれば、「129/GFP ES由来のCTS1」はSTAP細胞ではなくES細胞由来の幹細胞となると思いますが、それは果たして「新規の幹細胞」といえるのでしょうか。少なくとも、論文に書かれてきたこととは明らかに異なるのではないですか?

            擁護の方の中には「STAP論文の内容を全部ES細胞で再現しろ」という乱暴な意見を仰る方もいました。
            Lさんのコメントの趣旨がそういう方とは異なるということは理解できるのですが、実験した本人にデータの提出を求めることはせずに、調査委員会にさらなる再現実験を求めるのも「ブリンカー」であるように私には思えます。

            plus99%さんへのお返事でしたのに、横からの割り込みで申し訳ありませんでした。
            この手のコメントには辟易されていると思いますので、スルーしていただいて結構です。

          3. 初めて投稿させていただきますm(__)m。

            Lさん

            >GFPプロモーターの表記ミスよりも、遺伝子発現や阻害剤に対する反応の再現性の方が、レターの問題を理解するのに重要と考えます。これらの実験は、細胞分化の評価を必要としないので、Oct4かAcr/CAGかは問題になりません。

            JAK inhibitorを使用した実験において、Oct4-GFPのFI幹細胞ならば、「ESでもTSでもない細胞が存在する」ことを証明できますが、もしCAG-GFPのFI幹細胞を使用したのであれば、「ESとTSの混合物でない」とは証明できません。Extended Data Fig.5のbとdは「Oct4、CAGで違いが出る部分=Oct4で都合の良い結果が出る部分」ではないでしょうか。これは、Lさんのおっしゃる「細胞Bでしか見られない表現形を記載する場合は、意図的なものも含め、色々な可能性が考えられるので、結論を保留する必要があると思います。」に該当すると思います。
            再現性はあっても解釈が全く異なり、論文の主張が成り立たなくなります。故意か過失か不明ではありますが、一例、上げさせていただきます。

          4. 横から失礼します。
            Lさん
            JAKi、MEkiでFI幹細胞を培養した実験は、ES細胞とは違うということを確認した実験ですよね。筆頭著者が行ったものですね。さて調査委員会の解析結果では、STAP細胞はES細胞とほぼ断定されたわけです。再現実験や検証実験でもSTAP細胞は作成できませんでした。論理的帰結はこの実験結果は捏造ということになります。FI幹細胞の元になるSTAP細胞の存在を否定する解析結果なわけですから。このような状況で筆頭著者立場での主張を考えると、
            1、FI幹細胞は若山先生が樹立したもので、その細胞を受け取って実験した=渡されたのが若山先生が保存していたFI幹細胞(CAG-ACr-GFP)なら実験結果は捏造と判断される。
            2、oct4のFI幹細胞と主張= 一度だけ筆頭著者がFI幹細胞を樹立したという話が出ていたが、筆頭著者も記憶にないし、実験記録もない。若山先生にもoct4のFI細胞を樹立した記憶も実験記録もない。つまりoct4のFI幹細胞は幻となり、不正認定できない。
            一方調査委員会としては、仮にこの実験をやってみて実験結果が捏造と判明したとしても筆頭著者の不正が1件増えるだけにしかならないから合理的ではないと考えたのたではと思えるのですが。それとLさんは、この実験は1ヶ月もあればできるとおっしゃっていますが、調査委員会の第一回目の会合が9月下旬で、10月頃には理研の意向にで年内に調査報告をするように求められていた(捏造の科学者P418)ということです。この間筆頭著者には3回の事情聴取が行われたようですが、この問題を聴取したのがいつ頃かにもよりますが、実質3ヶ月ほどしかなかった調査期間でそこまで求めるのは酷だと思います。やはり、実験記録もない、データも出さない筆頭著者の姿勢が調査の進展を阻んだ影響も大きいと思います。

          5. 失礼しましま。
            FI幹細胞は、CAG-ACr-GFPではなく、129b6F1のESでした。訂正します。

          6. Lさんへの疑問なんですが、この問題も 何も調査委員会に1ヶ月も掛かる実験をすることを求めず、筆頭著者にこの実験のデータを求めて公開してもらえば解決する問題のはずだと思うのですが、Lさんはそのことには全く触れていません。それはなぜなのでしょうか?

  13. 学さんからのコメントですが
    『インヒビターのコメントは、書きすぎた感があり数分アップでやめました。
    もう少し考えてからにします。
    止めたのは体内時計さんのコメントとは無関係です、
    体内時計さんはこの数分で当ブログをコピーしましたね、スゴワザです。』

    そうだったのですね。失礼しました。
    ただ、申し訳ありませんが、「書きすぎた感」には違和感があります。
    報告書に記載されていないものに対して「報告書からわかります」と書くのは「書きすぎ」ではなく「虚偽」ですね。
    「妄想だらけのブログ」と批判されたくなければ、きちんと事実を伝えることに尽力されるべきですし、ネットの情報は一瞬で世界中に拡散されますから、今後、コメントされる際にはきちんと推敲してからアップされることをお勧めします。

  14. >余計なことだったかしらん?

    余計だったようですね。
    あちらの人はプライドだけは高いようで、人の忠告など聞く方ではありません。自分は医者で医学博士でもあるから間違っていないと固く信じているようですね。医学博士なんて何の保障にもなっていないというのが分からないんですね。

  15. 学さんのコメントですが
    『以前、当ブログに、レター実験で行われたESとの比較実験の様相と簡単な解説を、図表番号順に載せています。
    これらの図表と記述は、STAP論文は著者らを守る貴重な証拠に満ちていると、以前から学とみ子が言ってきた論拠です。』

    恐らく、以下の記事かと思います。11月の記事を探したらすぐ見つかりました。

    「単独犯であれば、膨大な実験を一目につかぬよう、一人で管理しなくてはならず、ひとりで何種もの質の異なる実験を独占する手しかありません。」https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15258822.html

    論文にいくつも不正が見つかり、疑惑が向けられた実験に対してデータが出されなかったり、試料が見つからないことが明らかになった今、これらの図表や記述が著者らを守る貴重な証拠になるとは全く思えませんが。

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