性別・4種のゲノムの特徴で判定

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2019/8/7(水) 午後 11:30 学とみ子
「(下記の桂委員会の結論に至る過程は)十分に不十分だろう。BCA論文のExt Fig2を見てみよ!それぞれ別の日に作られた幹細胞とESの5欠損と1重複が同じじゃないか?実験動物はいくらでも同じ遺伝子異常を共有するのだ。」
意味不明ですな。「ESの染色体に見られる5欠損(当方が5欠損と書いたので5欠損としているが、実際の判定には2欠損を使っている)と1重複がSTAP幹細胞と同じ」だから共通のES細胞由来だとの論理が理解できないのかな?よくわからん。違うことを言っているのだろうか?

桂委員会報告書p10から【】は当方の加筆部分

異なる時期に作製された3種の細胞株、129B6 F1ES1、 STAP幹細胞AC129およびSTAP幹細胞FLS-T(AC129-1、AC129-2、並びに、FLS-T1、 FLS-T2)はそれぞれ独立の細胞株なので、5個の独立した細胞株、129B6 F1ES1、STAP幹細胞AC129-1、AC129-2、並びに、STAP幹細胞FLS-T1、FLS-T2)が偶然、性別および、4種のゲノムの特徴(欠失3、4、重複1【第4, 10染色体にある欠失、第1染色体にある重複】、第6染色体B6ホモ領域)を共有する確率は極めて低い。したがって、STAP幹細胞AC129-1、AC129-2、並びに、STAP幹細胞FLS-T1、FLS-T2は、129B6 F1ES1に由来すると結論づけた。

(注):欠失1は第19染色体の約9kb、欠失2は第1染色体の約5kb、欠失3は第4染色体の16kb、欠失4は第10染色体の約2kbをそれぞれ欠くこと。

学とみ子が何を考えているのが理解できない。この由来を決める過程に「実験動物はいくらでも同じ遺伝子異常を共有する」とはどういう意味だ?だれかこの桂委員会の結論を学とみ子に解説してあげて。ま、そんな阿呆な方はいないか。

桂委員会は(一部略);

GRASに持参し残されていたSTAP細胞由来ChIP-seq (input)サンプルを再度NGS解析した結果、STAP細胞由来とされるChIP-seq inputデータはCAG-GFPの挿入を持つ129xB6へテロ系統由来の細胞から取得されたものと判明した。さらにSNPsの解析、特異的な欠失変異の解析によりCAG-GFPが挿入された129B6 F1ES1とほぼ同一細胞由来のデータであることが明らかとなった。

としているのに対し、カツラ報告書さんはTs.Markerさんの指摘を引用しB6 homoの極一部が違っていることを根拠にChIP-seqは129B6 F1ES1ではないとのクレームを述べたわけだ。これが議論の発端だ。

学とみ子は同一ES細胞由来かどうかの判断において、「性別および、4種のゲノムの特徴(欠失4、重複1)、第6染色体B6ホモ領域)を共有する」ことと「B6 homoの極一部の違い」とで、どっちがウエイトが高いと思うの?

当方は専門家ではないので判断が正しいかどうかはわかりませんが、「B6 homoの極一部の違い」は増殖の際のDNA複製時のエラーで説明できる程度、複数の染色体で生じた同一部分の欠損・重複は、それぞれが独立して発生することだから、これらの複数の染色体の変異の組み合わせが複数の細胞株に独立して発生するとは考えられず、それらの細胞株の由来は同一とするのが当然と思うわけです。学とみ子は違うようですな。