T cell STAP #2 は?

ゲルの切り貼りを検出するアプリとして、LPixel社のLP-examがSTAP事件当時有名になったけど、軒下管理人さんがコメントされたように、現在、オンラインではこれを使って解析することができない。

Digital Image Forensic Analyzer – imageforensic.org というのがあったけど何故かOperationFailureなので、こっちForensically, free online photo forensics tools – 29a.chが開くことができて Opne File からファイルを指定すると解析できる。

という写真の手袋が宙に浮いているように加工した写真

を解析してみた。

このアプリの右のコラムに解析のパラメータの設定があるが、この写真の場合は

である。いろいろ試して、改造した部分(木の枝を背景の一部をコピペして消した)のが明らかなので、この部分が最もはっきり抽出できるようなパラメータを選んだわけだ。枝を消した部分の背景のアスファルトの部分が何となくおかしい。わかっているからわかるのであって、比較できる原図がないとはっきりとはわからない。こういう写真は改変した部分がアスファルトのようなランダムドットに近いようなものになるとわかりにくい、

さて、ArticleのExtended Data Figure 2g
である。当方は素人でPCRも電気泳動も実際の実験現場を知らないから以下の記述はトンデモなのかもしれない。

Tcell STAP #1 のG.L.に相当するバンドがないのは何故?、他のバンドがLymphocyte とそっくり?と疑問が持ち上がったのだ。G.L.に相当するバンド部分をPhotoshopなどのお絵かきソフトの消しゴムで消したような跡はわからない。他のバンドがそっくりなのはありうるのだろうかと疑問になったわけだ。そこで上記のForensicallyで解析してみた。

解析パラメータは

である。

左のESとかLymphocyte では写真の上端部分にノイズが見えるが、3つ目と4つ目のレーンには見られない。これをもって消しゴムで消したとは言い切れないけど怪しい。そうではなくて、面白いのは4つ目の Tcell STAP #2 のレーンだ。原図では最下部のバンド以外、バンドが見えない。というか、例えばESのレーンで見るとG.L.の下に薄いボケボケのなにかが見えるのだが、このTcell STAP #2のレーンには、そのようなノイズすら見えない。

電気泳動ではDNAを含んだサンプルを流すわけで、滴下したDNAサンプルには不特定の大きさの様々なDNAの切れ端がごく少量だが混ざっているのが普通だろう。だからESのレーンのように、プライマーで挟んだ部分が増幅され大きなバンドになる部分の他に、バンドを構成しないようなボケボケ部分が出現するのが当然だと思う。またそのようなボケボケの部分でも、この写真のように強調するような操作をすると、少量のDNAだろうけど重さに従って流れるので、バンド様の縞が見えるようになるのは当然のように思える。しかしTcell STAP #2にはそのようなノイズあるいは縞が無く、のっぺりで消しゴムで縦に消したような痕跡?のような縦線が見られる。DNAの絶対量が少ないからなのだろうか。

さて、そもそもTcell STAP #2 のレーンを示して、著者等は何が言いたかったんだろうか。STAP細胞がT細胞だけで構成されているなんてことが言いたかったんだろうか?

CD45とCD90でソートした細胞からなる細胞塊なわけだ。このソートに使ったCDがT細胞として判定するのに適しているかどうかは、素人なのでわからないので適切だったとします。#1は細胞塊の複数のほとんどすべてのT細胞でTCR再構成が行われたのでG.L.バンドがなくTCR再構成を示すバンドは複数細胞由来なので複数(4本以上)あり、#2も複数のほとんどすべてがTCR再構成が行われた細胞群(だからG.L.バンドがない)なのだが、たまたま実験に使ったプライマーが適合していなかった…とか。まさか1ケのT細胞だけということではないでしょうね。

もし、あえて消しゴムで消したとすると、消す理由がなにかあったに違いない。論文にはTcell STAP #2について何ら記載がない。Tcell STAP #2にバンドが1本しかないことを示して何かを言いたかったのに違いないのだが、そして、もし消去したとすると、その消去の理由がわかる方は解説してくれるかな。

TCR専門家の学とみ子に依頼したら答えてくれるかな?