めちゃくちゃなプロトコル

例のSTAP細胞作成プロトコルだが;

1)ATP濃度がめちゃくちゃだというネットの批判を受けて 200 nM が 200 mM に訂正された。

April 5, 2016 の追加情報として「ATPはモル濃度の理論値ではなく、最も良い結果のでた測定値だ。ATPの重量はpH値の変化に基づいて決めた。」なんてわけのわからないことが加わってます。なんでしょね。1 mの水に110.57 mgのATP溶かしてどうやってpHを測定するんだろ?こうなのかな?「1 mLの液体のpHを測定しつつATPを加えていって、あるpH値にする。でそのときの重さが110.57 mgだ。」ということかな?ありえないだろ。できないだろ。

10.Carefully the discard the supernatant
11.Add 500μl of HBSS and suspend a cell pellet using a 1000μl-pipette***
12.Take out 6μl of the cell suspension for cell counting
13.Add 6μl of ATP solution

こんな有効数字1桁の実験に110.57と有効数字5桁の試薬量を加えて意味があるかよ。溶けるかどうか知らないけど「110 mg を 1 mL の水に溶かす」程度の精度で十分だ。真面目に 0.01 mgの精度で測定して200 mM溶液を作らないといけないのかよ。学生実習の電子天秤の使い方じゃないんだぜ。意味のないことやるな・やらせるな。

Vacanti のプロトコルでは200 mM ATP 溶液のpHは3.0 程度だそうで、これをHBSSにATP溶液を滴下してpHが5.0 になるようにする。その結果、ATP濃度は 3-5 mM になるそうな。こっちのほうが、STAP細胞ができるかどうかは別にして、本当らしい。

2)500 ml of HBSSを加えるというところが500 μl of HBSSに訂正された。これはネットの指摘がなかったようで、自分で気がついたようだ。

3)在米ポスドクさんの本ブログでの指摘 ATP がAdenosin5’-triphosphate disodium salt hydrate とadenosine の最後にe が抜けていることにはまだ気がついていないようだ。

4)管理者の指摘;数字と単位の間はスペースが必要 はまだ気がついていないというか、論文のコピペしたことはあるが、自ら書いたことがないから知らない様だ。

5)試薬の文中についての在米ポスドクさんの本ブログでの指摘;「Aliquot in 30μl incrementsあるいはAliquot in 10μl increments」 の意味はなんだ?

どのくらい分注して保存するかは、このあとの手順で、一度にどのくらいの量を使うか、試薬の価格は、保存に耐えるか等の要素で決まる。ATPはそんなに高価な薬品でないようだし、1培養皿に 6μl 加えるようで、これを一回の実験で5ケつくるから 30 μl に分注保存するんだろうか?6μl x 5ケ で 30 μL は無理ですな。4 ケ だな。分注することまでプロトコルに書くのがいいのか、書くのなら、その理由も加えて丁寧に記載したほうが親切だというものだ。どのくらい分注して保存するかは、実験手順できまるから、実験者によって様々になる。だからいちいち書く必要はない。

あるいは、他の人にSTAP細胞を作ってもらいたいんだだろうから、そして文章の長さに制限がないんだから、ミスのない丁寧な説明にすべきだよな。本当に実験やった・できたんだろうか?英文論文は書いたことがないようだ。英語については、丁寧な添削があるよ。「STAP HOPE PAGE、小保方晴子の英語が洒落にならない」だ。

細胞培養の実験なんかやったことの無いジジイの言いがかりかもね。