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移転したら単純にうまくいかなかったこと

移転したけど、うまくいかなかったこと。
すべてのファイルは移転できたようだけど
1)コメント欄がみえない → 設定 → ディスカッション をいじっていたらみえるようになった。
2)画像などのリンク先が昔のまま →  Velvet Blues Update URLs というプラグインで一括変換した。

3)Light Box 系のプラグインをつかうと別ページが開いたのちオリジナルのサイズの画像をみることになっちゃう。本来のポップアップにならない。→これは前からで、原因は調査中。Light Box系のHuge IT lightbox をプラグインとしてインストールしているけど。

例えば、下の図をクリックするとオリジナルの解像度の図が開く…..

20160413elephant

はずだが開かない。この写真は移転後にアップした写真だ。前のサイトから移築した写真は、コメントページが開いて、さらにクリックするとオリジナルの解像度・大きさの図が提示される。

んが、わからんぞ。時間がないから、後回し。

4)古い記事をみてみたら、図・写真がでてこない。最近のは問題ないけど。

WordPress アップデート

One click でWordPressのアップデートができていたのだが、なぜか4.4.2からできなくなってしまい。アップデートをちとサボっていた。

ようやく、先ほどマニュアルで終了した。プラグインやテーマのアップデートはone clickでできるようになったから、次からは問題ないのではと期待している。

アップデート中はウイルス防御のプラグインを止めていたわけで、そしたら17:49:44 Probably hack/malware attempt! なんてのがあったよ。p8163-ipbfp1903tokaisakaetozai.aichi.ocn.ne.jp 名古屋からです。ボットに感染しているんでしょうな。

広告URLだらけのコメントが投稿されていたしています。

[ 追記 ] 2016.4.12

WordPressの更新に伴い、いままでのサイトから引っ越しました。これまでのac.jp のサーバは問題とされたことはないのですが、個人的な意見表明が多くなりすぎたので引越しです。匿名での情報発信は禁じられているので顕名で言いたいことを勝手にわめいていたわけですが、組織の財産を使ってこんな好き勝手なことわめいていいのかと判断され、管理者自身にペナルティがあってもしょうがないでところです。しかし、ネットワークを管理するほかの人には迷惑になりえます。そこで、クレームがつく前に所属部署に設置したサーバではなく、個人的な別サイトに移転させることにしました。

ほんの一部の関係者しか読んでないブログでしたので好き勝手に書いた結果、関係者には評判がよかったわけですが、最近は関係者でない方もアクセスしていますからね。変な抗議を当局にメールされても面倒なことになるだけですからね。個人的なサイトだったらいいでしょ。

エアブラシ?

STAP HOPE PAGEprotocolのページの典型例の緑の蛍光が明るすぎるというのが誰が見ても疑問に思うところだ。「STAP細胞を語る会 小保方さん擁護派も批判派も」の4月6日頃の投稿では、ブラシで描いたのでは?という疑問が呈されている。All or None のデータじゃないんだから、本当なら適当な露光時間で撮影すべきだからな。

理研の報告書の蛍光顕微鏡による酸処理後形成されるSTAP様細胞塊の緑色蛍光検出のpdfをブラウザ(Chrome)で開き、25%に縮小して(上)表示し、STAP HOPE PAGEのprotocolのページの典型的結果という写真の明視野とOct4が発現してGFPが発光したと称している写真をブラウザで500%に拡大し(下)スクリーンキャプチャで撮影して並べてみた。

20160409stap_compare

どちらもオリジナルの写真はないし、写真の倍率が違うから、明視野の細胞塊がだいたい同じになるように縮小/拡大したのだ。

明らかなように理研報告書の方はムラが見え、STAP HOPE PAGEの写真はムラがなく均一に緑色だ。

20160409stap_expand

Photoshopで明るさを-100%、コントラストを+100にして保存し、さらに明るさを+25%、コントラストを+100%にし、400%に拡大し、スクリーンキャプチャしたのが上の写真です。ムラが見えてきました。さて、このムラは左の明視野の写真の構造と対応するでしょうか?それともエアブラシの痕跡でしょうか?手作りかどうかは判断できないですけど….

こんなに騒ぎになったんだから捏造なんてありえないというのが当たり前ですが、主人公の行動については、普通の人なら〜のはずなんだけど、ユニークで、ことごとく期待と違うんだよね。

ガンガンに露光時間を長くする場合と、そうではない場合とか、この場合だったら、この細胞塊とネガティーブだった細胞塊も同一視野に収めるとか、要するにコントロールをしっかり提示しないと、たった1ケの写真示したってダメでしょと言われるだけですね。

しかし、提示されたデータが信用されない状況なんだから、誰からもクレームが付かないように十分検討して提示しないとまずいんじゃない?大学院とかポスドクの時期に学習するのが普通なんだけど、違ったんだろうね。現状は、誰も指導してくれないからこんな図を提示しちゃうんだろうね。

この写真は理研の検証実験の、理研が公開していない写真で、理研の許可がないと思われる。いいのかな?理研としては、もう結論のついたことなんで、クレームをつけて余計な騒ぎにしたくないのかな?それとも検証実験の写真でない?

それにしても、独自のページを立ち上げても、間違いだらけ、疑問だらけでインパクトがないので、どこも騒いでいないね。こんなページの公開を批判派が妨害したと擁護派が騒いでいたけど、こんな内容だったら、批判派が嫌がらせにしても公開を妨げる理由がないね。

突っ込めとヤジがあったので

コメント欄以外から突っ込めというヤジをいただきました。例のSTAPのブログは突っ込みどころ満載なんですが、漫才が商売じゃないし、新学期が始まって忙しくなりつつあるので、遠慮して一つだけ加えてみました。

管理人のジジイは英語ができるわけではない(というかできない部類に入る)のですが;

The character of STAP stem cells was quite similar to both ES cells and iPS cells.
という英文は学生さんのよくやる初歩的ミスですね。「ESやiPS細胞の ”それ that of ” とよく似ている」としないといけないのですが、日本語だと「Aさんの性格はBさんとよく似ている」で通じてしまうのでこれをを英訳にしちゃった結果ですね。日本語でも正確には「Aさんの性格はBさんのそれ(性格)とよく似ている」ですけど。

様々な項目について比較するとよく似ていると主張したいと思うので、複数にしたほうがよくて;

Characteristics of STAP stem cells were quite similar to those of ES cells and iPS cells.

のほうがいいかと愚考します。characteristics に定冠詞を付けるかどうかはよくわからないというのが管理者の情けないところで、多分いらないでしょ。ちなみにGoogle翻訳を実行すると問題の英語は

STAP幹細胞の特性の両方が、細胞やiPS細胞のESにかなり類似していました。

となり、both が書いた人の意図通りに訳されませんね。ジジイの英語は

STAP幹細胞の特性は、ES細胞やiPS細胞のものと非常に類似していました。

となりました。

でこれらの日本語を同じくGoogle翻訳で英語にすると、STAPブログ作者のは

Both of the characteristics of the STAP stem cells, was quite similar to ES cells and iPS cells.

となり、both が主語になっちゃっているのがわかります。ジジイのほうは

Characteristics of the STAP stem cells, were very similar to those of ES cells and iPS cells.

となりました。 cells の後の , (カンマ)はいらないと思うけどね。

自動翻訳はなかなかうまくいかないのですが、日本語を英語に翻訳して、その英語を日本語に翻訳すると、翻訳された英語のどこがわるいのか、日本語なので抽出できることがしばしばあります。

 

めちゃくちゃなプロトコル

例のSTAP細胞作成プロトコルだが;

1)ATP濃度がめちゃくちゃだというネットの批判を受けて 200 nM が 200 mM に訂正された。

April 5, 2016 の追加情報として「ATPはモル濃度の理論値ではなく、最も良い結果のでた測定値だ。ATPの重量はpH値の変化に基づいて決めた。」なんてわけのわからないことが加わってます。なんでしょね。1 mの水に110.57 mgのATP溶かしてどうやってpHを測定するんだろ?こうなのかな?「1 mLの液体のpHを測定しつつATPを加えていって、あるpH値にする。でそのときの重さが110.57 mgだ。」ということかな?ありえないだろ。できないだろ。

10.Carefully the discard the supernatant
11.Add 500μl of HBSS and suspend a cell pellet using a 1000μl-pipette***
12.Take out 6μl of the cell suspension for cell counting
13.Add 6μl of ATP solution

こんな有効数字1桁の実験に110.57と有効数字5桁の試薬量を加えて意味があるかよ。溶けるかどうか知らないけど「110 mg を 1 mL の水に溶かす」程度の精度で十分だ。真面目に 0.01 mgの精度で測定して200 mM溶液を作らないといけないのかよ。学生実習の電子天秤の使い方じゃないんだぜ。意味のないことやるな・やらせるな。

Vacanti のプロトコルでは200 mM ATP 溶液のpHは3.0 程度だそうで、これをHBSSにATP溶液を滴下してpHが5.0 になるようにする。その結果、ATP濃度は 3-5 mM になるそうな。こっちのほうが、STAP細胞ができるかどうかは別にして、本当らしい。

2)500 ml of HBSSを加えるというところが500 μl of HBSSに訂正された。これはネットの指摘がなかったようで、自分で気がついたようだ。

3)在米ポスドクさんの本ブログでの指摘 ATP がAdenosin5’-triphosphate disodium salt hydrate とadenosine の最後にe が抜けていることにはまだ気がついていないようだ。

4)管理者の指摘;数字と単位の間はスペースが必要 はまだ気がついていないというか、論文のコピペしたことはあるが、自ら書いたことがないから知らない様だ。

5)試薬の文中についての在米ポスドクさんの本ブログでの指摘;「Aliquot in 30μl incrementsあるいはAliquot in 10μl increments」 の意味はなんだ?

どのくらい分注して保存するかは、このあとの手順で、一度にどのくらいの量を使うか、試薬の価格は、保存に耐えるか等の要素で決まる。ATPはそんなに高価な薬品でないようだし、1培養皿に 6μl 加えるようで、これを一回の実験で5ケつくるから 30 μl に分注保存するんだろうか?6μl x 5ケ で 30 μL は無理ですな。4 ケ だな。分注することまでプロトコルに書くのがいいのか、書くのなら、その理由も加えて丁寧に記載したほうが親切だというものだ。どのくらい分注して保存するかは、実験手順できまるから、実験者によって様々になる。だからいちいち書く必要はない。

あるいは、他の人にSTAP細胞を作ってもらいたいんだだろうから、そして文章の長さに制限がないんだから、ミスのない丁寧な説明にすべきだよな。本当に実験やった・できたんだろうか?英文論文は書いたことがないようだ。英語については、丁寧な添削があるよ。「STAP HOPE PAGE、小保方晴子の英語が洒落にならない」だ。

細胞培養の実験なんかやったことの無いジジイの言いがかりかもね。

Erratum

STAP HOPE PAGE Nwes というタブが出来て、こここでも、あっちこっちでも問題になったATP濃度について、訂正が書かれている。本人が気が付いたのか、あちこちで問題にされているのを誰かがご注進したのかわからない。

当ブログでは200 nMは200 mMの間違いだろと指摘したがその通りだった。でそんなに高濃度になるかということについては、溶けると書いてある。しかし1 mLのミリQ水に溶かすというのは非現実的だろ。濃度はそうかもしれないが、プロトコルなんだから xx mg を溶かして10 mL にするとかにすべきだよな。pHは調整はしないのだろうか?

訂正があるのはいいことだが、それにしても、こんな誤植?があるのは、注目されたいのに、迂闊というか理解しがたい性格の人ですな。

挙足取りだけど、200mM、 500μL という表記は誤りである。数字と単位の間には半角スペースを入れるのが決まりだ。200 mM、 500 μL が正しい。卒論で指摘される、あるいは修士論文作成時に教わることだ。自分で論文書いたことないんだな。$40 とか 40%、40℃ の時は半角スペースが入らない。何故かは知らない。

被害者妄想?

STAP HOPE PAGE が立ち上がったら、すぐにアクセスできなくなった。サイバー攻撃だと騒ぎになった。「研究者が公開したプロトコルにサイバー攻撃をかけるというのは、「研究弾圧」であり「言論弾圧」でもある。」、「(小保方氏は)『それほど私の研究内容を阻止したいのか』と不思議がっていた」(小保方氏の代理人 三木秀夫弁護士)」、「https の証明書が書き換えられた」、「DoS攻撃だ」などといわゆる擁護派は批判派がやってるのではないかと大騒ぎ。

違うんじゃね。このページの著者は、早稲田での博論再提出がうまくできず、博士号が取り消しになった時、「今回の再提出した博士論文や関連するデータは年度内をめどに随時公開して参る所存です。」と27年度中に公開すると大見栄を切ったもんで、著者がページを立ち上げたら多くのアクセスがあるにちがいないと、サイト乗っ取りだけが目的の、STAPには何の関心もない誰かが、妨害しただけでしょ。サイト乗っ取り者は、公的サイトだったら大義名分があるかもしれないけど、今回は妨害/乗っ取り自体が目的だから話題になるところを攻撃したんだろ。批判派は、この著者の発表内容をコケにするような発言をするけど、肝心の著者の言い分が見えなかったら、コケにできないから、妨害なんかしないだろうね。被害妄想だよね。

こんな、科学的にも不十分な、かといって一般向けに解説したわけでもないページを立ち上げる目的はなんだ?博論公開できない代わりか?このページができたことで「STAP細胞問題はやっと科学的議論、検証の世界に戻った。」なんて頓珍漢なことを言う擁護派(上田眞実/ジャーナリスト)もいるけどね。科学ではすでに結論が出ているのに何をわめいているんでしょね。

理研もサイトの構成を変えてSTAP関係は奥まったところに押し込んじゃったしね。

著者がSTAP現象があると信じているのはわかったけど、科学界ではもはや新規に証明しないとダメだと諦めて、別の道を歩んだ方がいいのでは?理研の許可があるのかわからないデータの都合のいいとろだけつまみ食いして公開したりしても、結論をひっくり返すデータはないわけだ。まだ30歳そこそこで、人生の半分も終わっていないんだしね。著者よりはるかに年上の東大分生研の加藤元教授は、商売替えて、相馬でボランティアとか若い人の指導しているみたいだよ。

まだ続けたいのなら、助けてくれと表明して、擁護派が研究所を作ってあげたらいい。すでにご本人が本の売上3千万円以上あるようだから数年分の自身の給与はいらないでしょ。商売替えしない韓国の黄禹錫(ファン・ウソク)は支持者(宗教団体らしい)が研究所作ってくれてマンモス再生なんかやるようだ。ネットで騒ぐ擁護派どもは貧乏人だろうけど、名乗りを上げそうな宗教団体があるでしょ。

STAP HOPE PAGEーあの日 とどこが違う?

STAP HOPE PAGE が見えるようになった。

挙足取りだと言われてもいいけど:

Home
主語は I だ。んでもってcareless mistakesを恥じているそうな。増殖カーブとかメチル化などのデータの本人も認めている捏造は恥じていないらしい。
「まだ精神的にも肉体的にも鬱なのでSTAPに関する情報はこれから少しづつアップします。」嘘つけ!”あの日”がなんでdepresssion状態で書けたんだよ。

Past background of STAP
Findings
Our main findings … とか We named this … となっている。We とは誰だよ?このサイトは小保方だけの責任で作成しているんだろ?
Role-sharing in STAP study
「私のやったのは多能性幹細胞のマーカー(Oct4)を発現するSTAP細胞作成まで、キメラや胎盤までできるよという実験は若山先生ですよ」だって。問題のインチキテラトーマについてはなぜ触れない?
Investigation report of STAP in RIKEN
「理研の調査ではキメラもテラトーマもES細胞だと決めつけたけど、以前にバカンティ研究室でテラトーマはSTAP様細胞から作られると確認されている」じゃなんで理研でできなかったの?理研はSTAP様細胞からじゃなくてSTAP細胞からなんだろ?
STAP verification experiment in RIKEN CDB
「Even small nail holes in the wall of the experiment room were infilled.」”あの日”にもあった「壁の釘穴まで塞がれた」という表現が好きなんだよね。「こんな厳しい環境下でも、多能性幹細胞のマーカー(Oct4)を発現する細胞が出来たよ。独立して行った丹羽先生も同様だよ。だけど、若山先生は、理由がわからないけど、キメラを作ってくれなかった。」だって。違うでしょ、理研の再現実験では、「細胞の多能性獲得や、未分化性を分子マーカーの発現によって確認することは出来なかった。緑色蛍光を自家蛍光と区別することも困難。STAP 幹細胞、FI 幹細胞の樹立条件下でも、これら類似細胞出現の意義を判定することは出来なかった。若山氏ではない人がキメラを作ろうとしたが出来なかった。」でしょ。で、「このような結果に留まってしまったことに大変困惑しております。」と結果を本人は認めたんだろ?
Subsequent deployment
「早稲田に博士号を取り上げられちゃったけど、このページで将来のSTAP現象研究のお助けをしたいのです。私には研究環境がないから、レシピを公開することしかできないが、将来、誰かがSTAP現象を証明して人類に貢献することを信じています。」希望を持つのはいいけど、できないレシピを公開して、人様の研究の時間と経費を浪費させるのは犯罪的だよな。

Protocol for STaP cells
Investigation of the cellular reprogramming phenomenon referred to asstimulus-triggered acquisition of pluripotency (STAP)という丹羽氏の論文を引用して「多様性幹細胞のマーカーであるOct4、Nanogが発現させることができた」と言っているけど、この丹羽氏の論文の結論は「the STAP phenomenon as described in the originalstudies is not reproducible. STAP現象は再現できなかった」でしょ。ちょっぴり発現することがあっただけじゃ意味ないだろ?ノイズだろうが。

このプロトコルの

20160402ATPsolution

は、おかしい。Sigma-Aldorichのデータでは ATPは水に 50 mg/mL が溶ける。110.57 mg は溶けない。溶けたとして、Molecular Weight は551.14 だから110.57 mg/mL は110.57/551.14=0.20モル=200 mMだ。Vacanti のプロトコルは 200 mM だから n と m のミスタイプか?この実験では、このストック溶液を、細胞の入った溶液に 6 μL 滴下するので正確なモル濃度である必要はないが、それでもxx mg を溶かして xx mL にするという溶液の作り方知っているんだろうか?110.57 mgなんて、 0.01 mg まできちんと、ラボの電子天秤で測定するの大変だぜ。これに近い値を計測して加える水の量でモル濃度を決めるからな。最終濃度の有効数字がせいぜい2桁なんだからこんなに精密に計る必要ないだろ。「xx mol/L を100 ml、pHを1規定NaOH/HCl で調整して 作成する」と書きくのがプロトコルだろうな。100 mM溶液を -20度のストック溶液にするのが普通らしい。

[ 追記  ] 2016.4.3 訂正されました。200 mMだそうです。

Typical Result
典型例じゃないでしょ。主張に沿った一番きれいな写真でしょ。いいよ、自家蛍光でなくOct4発現を示す蛍光の細胞ができたことがあるでも。再現よく、あるいは効率よくできないんでしょ。こういう細胞塊が、確実にできる方法を開拓するのが目的なのでは?ゴミかもしれないでしょ?簡単に/確実にできるなんて言うからいけないのさ。アフリカの鉱山で1トンの岩石から1カラットのダイヤモンドを取り出すのはいいよ。経費がかかるけど確実に取り出す方法があるわけで、取り出したら利益があるからだ。このようなOct4陽性細胞塊のみを取り出す方法があるの?大量に作れるの?その方法とかどうしてOct4陽性になるのかが研究でしょうが。ビル工事で関東ローム層を掘ったら1トンの土から1カラットのダイヤを見つけたでは論文にならないのさ。昔、誰かが落としたのかも、だからね。

Results of the STAP verification experiment
「STAP cell clusters derived from spleen and their gene expression profiles」の上のATP-No1~ATP-No5 の写真は理研の相澤 慎一氏と丹羽 仁史の報告pptファイルのp10の写真で「緑色蛍光陽性細胞の出現が十分には得られなかった状況下において、再現性をもって自家蛍光と区別し、多能性細胞特異的分子マーカーの発現と対応づけることは出来なかった。」という結論の図だろ?引用もないぞ。博論と同じかよ。

「Immunohistochemistry of STAP cell clusters derived from spleen」の写真の意味はなんだ?E-cadherinで細胞膜の場所を、DAPIで核の位置を示したんだろ?そんでOct4がどこにあったと言いたいの?図説もないし、何のために行った実験で、何を示しているかの記載もないからわからんじゃん。

「These photos were taken during the STAP verification experiment in Riken CDB」「gene expression analyses were performed by other members in the STAP verification experiment team.」て、理研の許可得て図を出しているんだろうか?小保方の実験パートかもしれないが、理研のデータだろ?データはハーバードのもので、許可されないとかいう抗弁を調査委員会で言ったんじゃなかったっけ?

Announcement
「早稲田に博士号を取り上げられちゃったけど、そしてその論文を公開すると言ったけど、法廷に持ち込むとか他の大学で博士号を申請することを考えているので公開しません。ごめんね。」だそうで。Nature論文や理研の調査報告についてではなく、博論の方を公開すると言ったんだろうが。

結局、調査委員会の結果や、巷の批判/応援に応えるSTAPについての新規なデータはないわけで、 Natureの2つはもうどうしようもないのだから、”あの日”に図をつけただけ、英語にしただけのサイトじゃ意味ないでしょ。”科学的”にしたいのなら、もっとそれなりにまとめないとね。理研はできなかったと言っているのに、その理研のデータの中から一部の都合のいい写真だけつまみ食いで構成したらダメでしょ。

早稲田へ申請した博士論文くらい公開したら?博士論文だったら自分の取ったデータを公開したっていいでしょ。そもそも博士論文の図は、論文にすでに発表していても、共著者の了解があれば、そして、普通許可されるものだから、理研の図とは違って利用してもいいでしょ。他の大学でもこのままじゃ博士号取れない(どこの大学だって危険物を抱えたくない)し、博士号の合否判定は裁判に馴染まないからね。

[ 追記 ] 2016.4.3

新学期直前で、ちと暇があったもんで、長々と書いちゃいました。別に何かに怒り狂っているわけではありません。誤解のないように。